Samuraj Jack to samotny wojownik, którego życiowym celem jest zniszczenie Aku - istoty stanowiącej zło wcielone, dążącej do zniszczenia wszelkiego dobra i zapanowania nad światem. Jack posiada magiczny miecz - jedyną broń zdolną zranić Aku, a także jest mistrzem wschodnich sztuk walki. Niestety jego wróg przenosi samuraja w przyszłość, gdzie rządzi zło, okrucieństwo i chciwość. Jack robi więc wszystko, by wrócić do swoich czasów i zarazem ocalić świat...
Początek: Aku odradza się, żeby rozpocząć rządy terroru, a syn Imperatora wyrusza w podróż, by poznać zwyczaje samurajów. Chłopiec staje się mężczyzną i próbuje zabić Aku przy pomocy potężnego miecza. Niestety Aku wysyła go w przyszłość.
Jack w kosmosie: Jack przez pomyłkę niszczy szansę ucieczki grupy naukowców przed Aku. Teraz Jack i naukowcy łączą siły, żeby rozwiązać problem. Jack ma nadzieję, że pomoże to również jemu powrócić do domu.
Jack kontra Szalony Jack: Aku wyznacza nagrodę za głowę Jacka. Nikt jednak nie może równać się Jackiem. Aku postanawia stworzyć złą wersję samuraja do walki z nim. Oto Szalony Jack.
Jack i potwór z lawy: Tajemniczy głos wzywa Jacka do wejścia do jaskini, gdzie musi podjąć się serii wyzwań, żeby stanąć przed przerażającym stworzeniem zrobionym z lawy.
Jack i gangsterzy: Chcąc zbliżyć się do Aku, Jack dołącza do trupy malutkich gangsterów. Przed spotkaniem ze swoim nemezis musi jednak zdać test lojalności.