Na Ziemi zaczynają pojawiać się statki kosmiczne obcych, którzy porywają ludzi do swoich eksperymentów. By zażegnać nowe zagrożenie powstaje organizacja S.H.A.D.O. Dziesięć lat później dowodzący nią komandor Ed Straker rozpoczyna wojnę z kosmitami, wykorzystując powstała na księżycu bazę, oraz wiele supernowoczesnych samolotów i statków, a także satelitę S.I.D.