Kiedy sławny prywatny detektyw ogłasza w telewizji, że odnalazł ciało zaginionego przed siedmiu laty dziedzica fortuny McAllisterów, porucznika amerykańskiej marynarki i odbiera milion dolarów nagrody, Gibbs przejmuje oficjalne śledztwo. Ducky odkrywa kulę wystrzeloną z Colta .45, udowadniając tym samym, że porucznik padł ofiarą morderstwa, nie wypadku. Strzał został oddany przez świetnego strzelca. Brat ofiary, który miał w przeszłości problemy z prawem, odziedziczył cały majątek rodu po śmierci ojca, lecz nie ma alibi. Detektyw obciąża wróżkę odpowiedzialnością, lecz gdy jest przesłuchiwana bierze ją na cel snajper.

Sąsiad słyszy przypadkiem odgłosy walki w mieszkaniu bosmana Diona Lamberta. W środku widać ślady starcia i krew, lecz nie ma ciała. Tony odkrywa, że Lambert miał współlokatora, doskonale zarabiającego komputerowca. Kolejne dowody wskazują na to, że morderstwo zostało upozorowane. McGee i Abby odkrywają, że Lambert włamał się do medycznego systemu komputerowego marynarki, by wykradać leki. Dealer, który się u niego zaopatrywał, zaczyna mówić, gdy pojawiają się zwłoki bosmana.

Jimmy Palmer odkrywa, że duży paluch użyty jako proteza kciuka pozwala zidentyfikować zwłoki starannie pozbawione wszystkich znaków szczególnych. Ciało należy do prokuratora okręgowego z Baltimore, który zaginął osiem miesięcy wcześniej podczas wędrówki w Appalachach. Miesiąc później zniknął sędzia Roland Davis, prezydujący ławie przysięgłych skompletowanej przez Granta. Rozprawa toczyła się przeciwko studentowi medycyny, który został skazany, a wkrótce po ukończeniu odsiadki zginął w wypadku samochodowym. Ponieważ student zginał rok wcześniej, podejrzenie pada na jego rodzinę, prowadzącą zakład pogrzebowy.

Młoda kobieta jest świadkiem zbrodni popełnionej w mieszkaniu naprzeciwko, jednak nie wygląda na to, by na miejscu stało się coś złego. Choć policja nie chce podjąć śledztwa, McGee znajduje odcisk palca należący do zaginionego bosmana Dillona. Inne ślady wskazują, że mężczyzna zmarł w mieszkaniu. W jednym z mebli agenci znajdują składany pistolet snajperski i chemikalia. DiNozzo odkrywa, że zamordowany spotykał się z cierpiącą na drożdżycę żoną żołnierza stacjonującego w Iraku. Ciało ofiary wkrótce zostaje odkryte w kontenerze na śmieci.

Sierżant marynarki William Moore zostaje znaleziony martwy w parku narodowym Shenandoah w Wirginii. Przyczyną śmierci zdaje się być nieszczęśliwy upadek podczas kręcenia filmu z wycieczki. Widoczne na ciele rany są według strażnika parku dziełem drapieżników. Odzyskana taśma filmowa rzuca nowe światło na jego zgon. Żona i przyjaciel ofiary rozmawiali z narkomanem i alkoholikiem, który wdał się z Moore'em w bójkę. Kaseta z czasem odkrywa kolejne tajemnice...

Barman Willie Taylor budzi się pijany obok zakrwawionego ciała bosman Mandy King. Anonimowy telefon ściągnął mu na głowę policję. Taylor utrzymuje, że poderwał w parku inną dziewczynę, nóż nie należy do niego, i nie podał King żadnych środków. Brak dowodów i wiarygodne alibi przekonują Gibbsa, że mężczyzna został wrobiony. Mandy King zginęła zanim została pchnięta nożem. Krąg podejrzanych poszerza się w miarę, jak wychodzą na jaw kolejne ofiary

Gdy podoficer wywiadu otrzymuje przesyłkę, której zawartością jest para ludzkich oczu o niebieskiej barwie, zespół NCIS rozpoczyna dochodzenie. Jeden z marynarzy popełnia samobójstwo, co prowadzi agentów na trop jego wykładowcy w Panamie.

Podczas konkursu piękności strojów bikini, za kulisami znalezione zostaje ciało kobiety - podoficer, która niedawno wróciła z kolejnego rejsu. Gibbs trafia na trop mężczyzny, byłego więźnia, który być może prześladował kobietę. Autopsja ujawnia potencjalny motyw zbrodni - ofiara była w ciąży.

Zespół bada sprawę samobójstwa, uważając, że główną przyczyną było załamanie nerwowe kobiety. Ducky uważa jednak, że osoba ta została zamordowana. Do śledztwa włącza się agent specjalny FBI, Fornell. Zespół odkrywa, że ofiara była wplątana w trójkąt miłosny, w którym jedną ze stron był jej dowódca.

Żołnierz marynarki ginie na terenie kampusu uniwersyteckiego. Agenci NCIS natychmiast odnajdują podejrzanego. Jednak ich teoria upada, gdy on także pada ofiarą morderstwa. Abby i McGee odkrywają na komputerze jednego ze studentów e-mail wskazujący na tajemniczą "Czerwoną Komórkę". Czyżby ofiary brały udział w grze, której konsekwencje mogą być śmiertelne?

Gibbs i jego zespół próbują oczyścić z podejrzeń zabitego w Iraku lekarza marynarki, który jest głównym podejrzanym w sprawie morderstwa w swym rodzinnym mieście. Po tym jak lekarz ginie na służbie ratując życie kilku żołnierzom, w jego szafce znalezione zostają zwłoki kobiety, która zaginęła, nim on poszedł do wojska.

Tony otwiera list zapieczętowany odciskiem szminki, myśląc, że przesyłka jest do niego. Z koperty wydostaje się obłoczek białego proszku, być może uwalniając zagrażający życiu wirus. Kate i Tony zostają zamknięci w izolatce, tymczasem McGee i Gibbs starają się za wszelką cenę znaleźć nadawcę listu, by dowiedzieć się, jak wyleczyć przyjaciół nim będzie za późno.

Sprawdzają się najgorsze obawy Gibbsa, gdy jego zaciekły wróg, podwójny arabsko-izraelski agent Ari pojawia się w Waszyngtonie. Jego zadaniem jest zabicie Gibbsa. Agenci NCIS starają się za wszelką cenę ocalić życie swego przełożonego. Może okazać się, iż jest już za późno, gdy odkrywają, że zlecenie to jest częścią większego spisku...

Po ataku terrorystów, członkowie zespołu NCIS nie mogą sie pogodzić z nagłą śmiercią Kate, a każdy z nich radzi sobie z zaistniałą sytuacją na swój sposób. Teraz ich działania skupiają się na zebraniu wszystkich możliwych informacji na temat Ariego, aby powstrzymać go, zanim wyrządzi jeszcze więcej szkód.

Podenerwowany śmiercią Kate, Gibbs cierpi jeszcze bardziej, gdy Ari porywa Ducky'ego i zaczyna igrać z jego umysłem. Tony zostaje wysłany w ślad za Zivą, a po akcji, z której Jenny i Gibbs ledwo uchodzą z życiem, zespół postanawia zrobić wszystko, żeby raz na zawsze skończyć z Arim.

Gibbs zostaje wyznaczony do przeprowadzenia rozmowy z więźniem skazanym na karę śmierci, w której ma ustalić miejsce ukrywanych przez niego ofiar. Plan nie przynosi jednak skutku, a zespół musi rozwiązać sprawę w inny sposób.

W żelaznej trumnie z okresu wojny secesyjnej zostaje znalezione ciało mężczyzny, a po bliższym zbadaniu sprawy okazuje się, że został on pochowany żywcem. W toku śledztwa Abby sprawdza w poszukiwaniu poszlak telefon, który znalazł się w trumnie. Gibbs dowiaduje się od swojej nowej przełożonej, że do jego zespołu dołączy Ziva David.

Podoficer piechoty morskiej zostaje zastrzelony. Gdy jego śmierć zgłoszono dowódcy, okazało się, że za zmarłego podoficera podaje się ktoś inny. Kto jest zatem kim? Podczas rozwiązywania zagadki kradzieży tożsamości, wiele kompromitujących szczegółów z życia obu osób ujrzy światło dziennie.

Gdy znika żona sierżanta piechoty morskiej, wszystkie dowody wskazują na to, że została porwana. Drużyna Gibbsa odkrywa jednak, że prawdopodobnie została bestialsko zamordowano na oczach internautów. Dalsze dochodzenie pokazuje, że żona oficera mogła nie być jedyną ofiarą psychopatycznego zabójcy.

Gibbs zaprzyjaźnia się z chłopcem, którego ojciec zaginął. Podczas gdy wszyscy są przekonani, że komandor podporucznik okazał się zdrajcą, zbiegłym z tajnym kodem do niebezpiecznego projektu, Gibbs wierzy w jego niewinność. Jego zdaniem nie zostawiłby on ukochanego syna na pastwę losu. Czy silna więź ojca z synem okaże się wystarczającym dowodem na to, że komandor podporucznik został porwany?

W tragicznym wypadku ginie małżeństwo. Nie jest to jednak małżeństwo, jak każde inne, lecz para zamachowców. Ziva i Tony przebierają się za nich i udają się na przyjęcie, na którym miało dojść do zabójstwa. Wierzą, że w ten sposób znajdą osobę, która za tym wszystkim stoi. To, co odkrywają, przechodzi ich najśmielsze oczekiwania.

W bazie piechoty morskiej zostaje odnaleziona para nóg. Bohaterowie są wstrząśnięci, gdy wszystkie dowody zdają się wskazywać na Tony'ego jako głównego podejrzanego o morderstwo. Aby mu pomóc, zespół tworzy listę ludzi, którzy mogą mieć mu coś za złe. Lista podejrzanych jest bardzo długa. Abby martwi się, że pogrążyła Tony'ego przez dostarczenie dowodów, więc nie zamierza się poddać, dopóki nie dowiedzie jego niewinności.

Podczas gdy ekipa chroni szefa operacji morskich, McGee jest świadkiem ulicznej kłótni. Strzela do jednego z mężczyzn, przekonany, że tamten do niego celował. Zabity mężczyzna okazuje się detektywem, który prowadził tajną misję. Kiedy ekipa nie może odnaleźć na miejscu pocisków ani broni innej niż ta należąca do McGee, zaczynają podejrzewać, że agent popełnił błąd żółtodzioba. Podczas gdy McGee wątpi sam w siebie, Gibbs ma podejrzenia co do spotkania, które miało miejsce w nocy. Po rozmowie z partnerem zabitego ekipa dochodzi do wniosku, że wersja wydarzeń McGee może być bliższa prawdy, niż im się wydawało.

W bazie piechoty morskiej zostaje odnalezione ciało supermodelki, która zmarła po przedawkowaniu fencyklidyny. Kręcono tam reality show, w którym dziewczyna brała udział. Jej chłopak zostaje znaleziony martwy w pobliskim motelu, po tym jak przedawkował heroinę, co pozwala bohaterom przypuszczać, że zgony miały coś wspólnego z ich związkiem. Gdy jednak okazuje się, że instruktor musztry, odpowiedzialny za reality show, również miał powiązania z modelką, ekipa musi dokładnie przyjrzeć się wszystkim, którzy pracowali przy nagraniu.