Akcja dzieje się 6 miesięcy po zakończeniu poprzedniego sezonu Kości. Na świecie jest już syn Bones i Bootha - Hank. Oboje nie pracują już w Instytucie Jeffersonian i FBI. Cam szuka zastępcy na miejsce Brennan, myśli o zatrudnieniu Arastoo. Tymczasem dawny zespół Cam zostaje wezwany do spalonego samochodu, a w nim spopielonych zwłok. Badania, rekonstrukcja twarzy oraz numer broni wskazują co bardzo dziwi, że jest to Booth. Jedynie Bones nie wierzy, że to jej mąż. Po poszukiwaniach okazuje się, że przeoczono jeden drobiazg, który różnił ciało młodego człowieka od Bootha.

Zespół jest coraz bliżej odkrycia miejsca pobytu Bootha (David Boreanaz).

Kilka młodych kobiet nielegalnie w nocy wchodzi na teren stawu-hodowli ryb, aby zwierzęta oskubały im stary naskórek na stopach. Niestety, do stopy jednej klientek przyczepiają się zwłoki. W instytucie okazuje się, że zwłokom brakuje niektórych narządów. Zaginęły również gdzieś prochy Jareda. Jak się okazuje, osobą wyłowioną ze stawu był wynalazca.

Zespół bada morderstwo sztukmistrza, którego ciało znaleziono w lesie. Odkrywają, że ofiara pracowała w Magicznym Pałacu i potajemnie wykonywała w swej pracy czynności, które mogły przysporzyć mu wrogów w społeczności magików. W międzyczasie Brennan i Booth radzą się przyjaciół, czy wróżka zębuszka powinna odwiedzić Christine, a Angela kontynuuje pracę z Sebastianem Kohlem nad swymi fotografiami.

Dla dobra śledztwa w sprawie o morderstwo Brennan i Booth incognito biorą udział w zawodach strzeleckich w stylu Dzikiego Zachodu. Tymczasem Angela i Hodgins dyskutują o przyszłości swojej rodziny, a Cam zacieśnia więzi z fotografem Sebastianem Kohlem.

Zespół bada morderstwo funkcjonariusza policji, które mocno odbija się zarówno na zespole Jeffersonian, jak i FBI. Analityk behawioralna Leslie Green współpracuje z Boothem w tej sprawie i służy profesjonalną oceną tego, kim może być zabójca policjanta. Tymczasem Cam musi podjąć kilka decyzji dotyczących życia osobistego, a zespół na nowo ocenia, co jest dla nich naprawdę ważne.

Minęło osiem tygodni, odkąd Hodgins został sparaliżowany w potężnym wybuchu i skazany na życie na wózku inwalidzkim. W międzyczasie Brennan i Booth prowadzą dochodzenie w sprawie śmierci obrońcy z urzędu, której wielu dawnych oskarżonych ma motyw, by ją zabić.

Zespół bada sprawę śmierci kilku ludzi, których łączy postać seryjnego zabójcy.

Zespół bada śmierć skazańca przeniesionego do ośrodka resocjalizacyjnego.

Ekipa dokumentalistów kręci zakulisowe sceny podczas pracy zespołu nad śledztwem.

Zespół bada zwłoki z diamentem osadzonym w szczęce znalezione w zakładzie recyklingu szkła. Francuski inspektor Rousseau zgłasza się do zespołu i oskarża markiza De Chaussina, który okazuje się mężem ofiary i mieszka w Wirginii. Tymczasem Booth odkrywa, że cierpi na chorobę oczu o charakterze przejściowym, a Hodgins myśli, że prześladuje go duch.

Zespół powraca do sprawy seryjnego zabójcy z przeszłości i próbuje znaleźć „Lalkarza”, który mieszka z ciałami swoich ofiar, zanim się ich pozbędzie. W międzyczasie Brennan zmaga się z poczuciem winy przez to, że wycofała się w zeszłym roku i nie powstrzymała seryjnego mordercy wcześniej. Jednak jeszcze nie wie, że sama może mieć kłopoty.