Mija pięć miesięcy od wydarzeń z finału poprzedniej serii. Brennan jest w zaawansowanej ciąży. Nie zamierza jednak rezygnować z pracy. Na placu do gry w paintball odnaleziono szczątki kobiety. Booth i Brennan przesłuchują męża ofiary, pastora, od którego dowiadują się, że cierpiała ona na amnezję. Jednym z podejrzanych o popełnienie morderstwa jest także cierpiący na afazję skrzypek. Tymczasem Wendell przeprowadza analizę zwłok i dochodzi do wniosku, że kobieta została postrzelona cztery miesiące przed morderstwem. Odkrycie to zupełnie zmienia kierunek śledztwa.

Właścicielka jednego z mieszkań w Waszyngtonie znajduje w mieszkaniu swojej lokatorki jej zwłoki. W pomieszczeniu jest mnóstwo szczurów, gdyż kobieta była sympatyczką tych zwierząt. Okazuje się, że ofiara to mistrzyni... w jedzeniu hot dogów na czas. Była faworytką zbliżających się zawodów, których główną nagrodą jest 10 tysięcy dolarów. Booth i Brennan podejrzewają, że jeden z jej rywali postanowił w brutalny sposób wyeliminować konkurencję. Wkrótce wychodzi na jaw, że ofiara była w ciąży. Tymczasem pracę w Jeffersonian Institute rozpoczyna Finn Abernathy (Luke Kleintank). Dwudziestolatek jest niezwykle inteligentny i spostrzegawczy. Szybko zdobywa sympatię Cam i Brennan. Jedynie Hodgins jest od początku źle do niego nastawiony. Prokurator Caroline Julian także protestuje przeciw zatrudnieniu mężczyzny w instytucie. Powodem jej niechęci jest jego mroczna przeszłość...

W lodówce na wysypisku śmieci para bezdomnych znajduje ludzkie zwłoki w towarzystwie... lalki Zaczarowanego Księcia. Sekcja wykonana przez Angelę wykazuje, że ofiarą jest Debra Cortez, sławna projektantka zabawek. Booth i Brennan przesłuchują jej brata, Ricka. Następnie odwiedzają firmę, w której pracowała, gdzie poznają jej szefową Biancę Chiverton. Niebawem odkrycie, którego dokonują w laboratorium pracownicy Jeffersonian Institute sprawia, że na przesłuchanie zostaje wezwany... prawdziwy "Zaczarowany Książę". Tymczasem Sweets przygotowuje się do testu strzeleckiego, którego zdanie jest wymagane do otrzymania służbowej broni. Jego egzaminatorem ma być Booth...

Booth dowiaduje się, że jego ojciec nie żyje. Agent nie utrzymywał z nim kontaktów, więc reaguje na tę informację obojętnie. Wkrótce Hank, dziadek Seeleya, przekazuje mu ostatnią wolę zmarłego i niezwykły prezent. Tymczasem w kilku przesyłkach pocztowych znaleziono rozczłonkowane zwłoki. Dzięki odkryciu agentki Shaw Angela ustala, że feralne paczki nadano w Hyattsville, w stanie Maryland. Kilka miesięcy wcześniej zaginął tam pracownik lokalnego punktu ksero. Rekonstrukcja twarzy potwierdza, że zamordowany mężczyzna to właśnie on, Oliver Lawrence. Niebawem wychodzi na jaw, że narzędziem zbrodni była gilotyna. Pozostaje tylko pytanie o motyw zabójstwa. Booth i Brennan podejrzewają, że Oliver mógł paść ofiarą intrygi, jaką zawiązali jego koledzy z pracy, którzy wygrali razem z nim dużą sumę na loterii. Innym tropem jest romans, w jaki zabity wdał się z zamężną koleżanką z punktu ksero.

Booth razem z ekipą Jeffersonian Institute prowadzi śledztwo w sprawie tajemniczej śmierci członka grupy łowców tornad. Śledczy przyjmują hipotezę, że zginął on podczas huraganu, który nawiedził ostatnio okolicę. Sekcja zwłok wykazuje jednak, że mężczyzna padł ofiarą morderstwa. Booth staje się nadopiekuńczy w stosunku do Brennan. Chcąc ją chronić, przeszkadza jej w pracy, co bardzo nie podoba się pani antropolog. Tymczasem w laboratorium zjawia się ojciec Angeli, sławny muzyk rockowy, który przywozi jej dziecku oryginalny prezent - elektryczną gitarę. Na jej widok maluch wpada w zachwyt. Angela i Hodgins są coraz bardziej zmęczeni rodzicielskimi obowiązkami. Mało śpią, co przekłada się na ich efektywność pracy. Ojciec Angeli oferuje im pomoc. Proponuje, że zajmie się wnukiem.

W waszyngtońskim muzeum u stóp pomnika Abrahama Lincolna znaleziono ludzkie zwłoki. Na posągu widnieje informacja napisana ludzką krwią. Brennan intryguje dziwny porządek kości kręgosłupa ofiary, które pochodzą od... pięciu osób. Wszystko wskazuje na to, że morderca zostawił zaszyfrowaną wiadomość. Wkrótce Cam ustala, że krew z pomnika należała do pięciu zaginionych agentów FBI. Sweets tworzy profil psychologiczny mordercy, który idealnie pasuje do hakera Christophera Pelanta. Okazuje się jednak, że przebywa on w areszcie domowym. Tymczasem znany reporter telewizyjny Ezra Krane poznaje szczegóły śledztwa i ujawnia je opinii publicznej. Na domiar złego w laboratorium Jeffersonian Institute wybucha pożar. Sytuacja staje się coraz bardziej napięta. Okazuje się bowiem, że morderca bardzo dobrze zna procedury postępowania w zespole Cam oraz metody działania FBI. Wkrótce uderza on ponownie. Tym razem miejscem zbrodni jest jeden z najważniejszych budynków w Waszyngtonie...

W toalecie w domu na przedmieściach znaleziono oko człowieka. Okazuje się, że w rurach jest więcej ludzkich szczątków. Specjaliści z Jeffersonian Institute ustalają, że ofiarą jest Rob Lazebnik. Ten oszust finansowy oficjalnie zbiegł z więzienia kilka tygodni temu. Wkrótce wychodzi na jaw, że to nieprawda. Zabito go w zakładzie karnym, a jego ciało wrzucono do kanalizacji. Booth i będąca w dziewiątym miesiącu ciąży Brennan jadą tam, by poznać szczegóły zbrodni. Niestety, trafiają na fatalny moment. W więzieniu wybucha bowiem bunt, a Temperance zaczyna rodzić.

Brennan wraca do pracy po urodzeniu córeczki. Tymczasem na autostradzie znaleziono zwłoki kobiety. Najprawdopodobniej została śmiertelnie potrącona przez wielką ciężarówkę. Uwagę śledczych zwraca fakt, że zwłokom brakuje głowy. Zagubiona część ciała zostaje wkrótce odnaleziona niedaleko supermarketu. Na interesujący trop naprowadza śledczych mąż denatki. Okazuje się, że kobieta była łowczynią promocji. Zbierała kupony i polowała na atrakcje w sklepach, by kupować jak najtaniej. Booth, Brennan i pomagająca zespołowi instytutu w śledztwie agentka Genny Shaw, podejrzewają, że kobieta mogła zginąć przez swoje oryginalne hobby.

Na wysypisku śmieci zostają znalezione zabarwione na niebiesko zwłoki. Zespół instytutu ustala, że zabójca oblał ofiarę łatwopalnymi chemikaliami. Dzięki komputerowej rekonstrukcji twarzy wykonanej przez Angelę udaje się ustalić tożsamość zabitego - to Santiago, lokalny donżuan i stylista fryzur. Główną podejrzaną o zabójstwo jest jedna z jego klientek i kochanek. Booth bierze też pod uwagę sytuację, w której Santiaga zabił inny stylista, zazdrosny o jego sukcesy. Zwrot w śledztwie następuje, gdy okazuje się, że denat był uzależniony od narkotyków. Tymczasem Brennan ma problem z zaakceptowaniem własnego ciała po porodzie. Czuje się nieatrakcyjna. Sweets podpowiada Boothowi, co powinien zrobić, by Brennan znów odzyskała pewność siebie.

Zamordowano Tony'ego Cole'a, sprzedawcę wysokiej jakości narzędzi metalowych. Zginął od ciosu nożem o nietypowym kształcie. Podobne przedmioty ma w swojej ofercie główny konkurent Tony'ego w branży, Karl Singler. Niestety, śledczym brakuje dowodów jego winy. Tymczasem wychodzi na jaw, że Cole miał kompleksy z powodu swojego niskiego wzrostu. Stając w obronie syna, został upokorzony. Potem postanowił zrobić coś, by inni przestali go wyśmiewać. Prawdopodobnie z tego powodu zginął. Tymczasem z Anglii wraca Parker, syn Seeleya. Booth i Brennan starają się, by chłopiec dobrze czuł się w nowej rodzinie. Ich uwagę zwraca jednak jego dziwne zachowanie.

Zbieracz trufli znajduje w lesie zwłoki mężczyzny. Brennan i Booth powinni udać się na miejsce zbrodni, ale nie mają z kim zostawić swojej córeczki, Christine. Seeley nie mając wyjścia, prosi o pomoc Maksa, ojca Brennan. Tymczasem udaje się ustalić tożsamość ofiary - to Tug Babcock. Jego rodzina jest pewna, że zabił go ktoś z familii Mobleyów. Oba rody są ze sobą skłócone od XIX wieku. Podejrzanych jest więc wielu. Temperance po powrocie do domu odkrywa, że Christine i jej dziadek zniknęli. Booth informuje o tym policję.

Rozpoczynają się zdjęcia do filmu na podstawie jednej z książek Brennan. Ona i Booth mają pełnić funkcję konsultantów. Tymczasem na planie zostają znalezione zwłoki mężczyzny. To Hanson Stevens, dyrektor studia filmowego odpowiedzialnego za produkcję. Głównym podejrzanym o zabójstwo jest jego asystent, który uparcie broni dostępu do gabinetu szefa. Także aktorzy wcielający się w role pracowników Jeffersonian Institute mają bogate kartoteki. Wkrótce śledczym udaje się ustalić motyw zbrodni. Pomaga im w tym... liść wawrzynu. Booth dostaje propozycję pracy w Hollywood.

Oskarżony o dokonanie serii zbrodni haker komputerowy Christopher Pelant domaga się zwolnienia z więzienia. Gdy jego wniosek zostaje odrzucony, zaczyna nękać Brennan i Bootha, używając telefonu. Zwabia ich do parku narodowego. Na miejscu znajdują oni zbezczeszczone ludzkie zwłoki. Ofiarą jest dr Ethan Sawyer, chory na schizofrenię matematyk i przyjaciel Brennan. Mężczyzna uważał jej córkę za zagrożenie dla świata i chciał ją zabić. By uniemożliwić mu spełnienie gróźb, władze zamknęły go w izolatce. Niestety, awaria systemu komputerowego sprawiła, że wyszedł z niej przez nikogo niezatrzymywany. Analizując nagranie ze szpitala psychiatrycznego, Angela odkrywa, że Temperance... potrzebuje solidnego alibi. Antropolog nie zaprzecza, że dla dobra swojego dziecka byłaby w stanie nawet zabić. Kolejne dowody pogrążają ją coraz bardziej. Prokurator Caroline Julian wydaje nakaz aresztowania. Brennan zostaje oskarżona o morderstwo z premedytacją.