Zespół z Instytutu Jeffersona prowadzi śledztwo w sprawie zgonu Lany Brewster, dziewczyny, której zwłoki dostarczone zostały do domu Brennan i Bootha przez kogoś, kto nie uznał tego, co wydarzyło się przed 18 laty za wypadek. Gdy naukowcy odkrywają, że ofiarę zamordowano, a jej śmierć zatuszowano, osoby z przeszłości kobiety stają się głównymi podejrzanymi. Jedną z nich jest jej były chłopak, z którym Hodgins się kiedyś przyjaźnił. Tymczasem Brennan zaczyna ponownie mieć koszmarne sny związane z Pelantem i zdaje sobie sprawę, że psychopata mógł mieć coś wspólnego z zabójstwem Lany.

Zespół z Instytutu Jeffersona prowadzi śledztwo w sprawie śmierci Colina Haynesa, zmagającego się z trudnościami piosenkarza country, którego szczątki znaleziono w płytkim grobie. Informacje na temat kariery muzycznej ofiary naprowadzają śledczych na wytwórnię płytową, która, jak się okazuje, nie traktowała swoich podopiecznych w uczciwy sposób. Tymczasem stażysta Wendell Bray łamie sobie rękę podczas gry w hokeja. Brennan przygląda się bliżej jego urazom i odkrywa coś szokującego.

Zespół z Instytutu Jeffersona odkrywa ciało słynnego, aczkolwiek nielubianego mistrza szachowego w świńskich pomyjach. Sweets zaskakuje resztę ekipy swoimi umiejętnościami szachowymi i pod przykrywką wkracza w świat zawodowych rozgrywek szachowych, by odszukać zabójcę. Cam zostaje umieszczona w rankingu wybitnych kobiet nauki w specjalnym dodatku czasopisma branżowego, ale nie chce uznać tego zaszczytu, ponieważ obawia się, że tym samym urazi Brennan, która uważa, że to ona powinna zostać wyróżniona. Tymczasem ku niezadowoleniu Brennan, w laboratorium pojawia się dr Douglas Filmore, zawsze pogodny podiatra z Kanady.

Zespół z Instytutu Jeffersona prowadzi śledztwo w sprawie zabójstwa Lauren Frank, ofiary porywacza, której szczątki zakopano w parku. Po odkryciu nieszczęśliwych relacji dziewczyny z jej macochą, śledczy zaczynają podejrzewać, że zabójcą był ktoś z jej najbliższego otoczenia. Tymczasem Hodgins odkrywa szokującą tajemnicę dotyczącą jego rodziny. Brennan i Booth muszą zmierzyć się z powszechnym dylematem par – czy połączyć swoje fundusze.

Zamordowany zostaje informator pracujący dla Centralnej Agencji Wywiadowczej. Booth i agent CIA Danny Beck muszą ze sobą współpracować, by namierzyć afgańskiego terrorystę. Tymczasem Brennan chce pracować bliżej z Boothem w terenie i para musi rozważyć, w jaki sposób może się to odbić na ich rodzinie.

W septycznym zbiorniku znalezione zostają szczątki komornika. Zespół z Instytutu Jeffersona musi ustalić, kim jest zabójca. Gdy śledczy odkrywają, że ofiara miała burzliwą przeszłość, kluczowi świadkowie z jego młodości stają się potencjalnymi podejrzanymi. Tymczasem przystojny i czarujący Rodolfo Fuentes, który uciekł z Kuby, gdzie pracował jako antropolog sądowy, musi odbyć staż, by uzyskać stopień naukowy. Temperance zgadza się, by go wypróbować przy obecnej sprawie. Brennan i Booth prowadzą dyskusję dotyczącą religijnego wychowania Christine.

Znalezione zostają zwłoki aktora z dziecięcego programu telewizyjnego. Zespół z Instytutu Jeffersona udaje się za kulisy, by odkryć, kto zamordował ulubioną przez wszystkich postać Billa Marchewki. Gdy śledczy odkrywają, że aktor znany był ze swej rozwiązłości, zaczynają odkrywać mało prawdopodobnych podejrzanych. Tymczasem Booth i Brennan planują pierwsze przyjęcie urodzinowe dla Christine. Clark prosi członków zespołu o opinie na temat jego powieści.

Gdy Todd, zamożny kolekcjoner dzieł sztuki, pojawia się na własnym pogrzebie, zespół z Instytutu Jeffersona musi się dowiedzieć, do kogo należą skremowane zwłoki wystawione podczas ceremonii. Śledztwo zaczyna się komplikować po tym, jak naukowcy ustalają, że w urnie znajdują się szczątki trzech osób. Tymczasem Finn cieszy się swoim nowo odkrytym bogactwem, zdobytym dzięki sprzedaży jego pikantnego sosu. Druzgocące wiadomości od Michelle złamią mu jednak serce.

Zespół z Instytutu Jeffersona prowadzi dochodzenie w sprawie zgonu niedoszłej absolwentki uczelni artystycznej, która chorowała na tocznia. Jej zwłoki znaleziono wewnątrz pnia w lesie. Śledczy dowiadują się, że ofiara paliła marihuanę, by uśmierzyć ból, co naprowadza ich na ambulatorium, w którym pracowała. Odkrywają również bardziej szokujące szczegóły, które mogły przyczynić się do jej śmierci. Tymczasem po rozpoczęciu leczenia raka, Wendel Bray wraca do laboratorium i pracując przy sprawie, otwiera się bardziej na temat swojej choroby. Ujawnia przy tym szokujące informacje, które mogą spowodować wyrzucenie go z pracy. Booth przygotowuje się...

Zespół z Instytutu Jeffersona prowadzi śledztwo w sprawie zabójstwa kobiety, której szczątki znaleziono na mokradłach. Gdy naukowcy zdają sobie sprawę, że jej ciało zostało kriogenicznie zamrożone zanim je porzucono, trafiają do zakładu przechowującego ciała ludzi w warunkach kriogenicznych, gdzie dowiadują się więcej na temat osobistego życia ofiary. Tymczasem Cam ma opory przed pierwszym spotkaniem z ojcem i matką Arastoo. Bootha czeka duży awans, który może wiązać się z przeprowadzką.

Zespół z Instytutu Jeffersona prowadzi dochodzenie w sprawie zabójstwa pochodzącej z bogatej rodziny Stephanie McNamara, której szczątki znaleziono w parku narodowym. Po zapoznaniu się z okolicznościami śmierci kobiety , śledczy dochodzą do wniosku, że mogła być ostatnią ofiarą Zabójcy Ducha. Tymczasem zastępca dyrektora FBI szczególnie interesuje się tą szeroko nagłośnioną przez media sprawą. Kariera Bootha może wkroczyć na nowe tory.

Zespół z Instytutu Jeffersona prowadzi dochodzenie w sprawie śmierci Briana Thomasa, głównego trenera pływania w publicznym college’u, którego zwłoki porzucono na dnie studni. Gdy prawdopodobni podejrzani mówią Brennan i Sweetsowi, że Brian miał romans, śledczy szukają kolejnych dowodów i poznają szczegóły sekretnego życia ofiary. Tymczasem Sweets zastępuje Bootha w prowadzeniu śledztwa, podczas gdy ten przygotowuje się do zeznawania przed podkomisją Kongresu. W laboratorium pojawia się nowa stażystka, która zwraca na siebie uwagę Sweetsa.

Zespół z Instytutu Jeffersona prowadzi śledztwo w sprawie zgonu Wesleya Fostera, blogera piszącego na temat teorii spiskowych, który przed swoją przedwczesną śmiercią miał spotkać się z Boothem, by przedyskutować poprzednią sprawę. Wiedząc, że ktokolwiek zabił Fostera, nie chciał, żeby doszło do jego rozmowy z Boothem, zespół musi ustalić, kto stoi za zabójstwem i jakie ma ono powiązania z poprzednią sprawą. W miarę jak śledczy zagłębiają się w spisek związany ze śmiercią mężczyzny, staje się jasne, że Booth znalazł się w trudnej sytuacji, a jego przyszłość w FBI stoi pod znakiem zapytania.

Booth przebywa w areszcie, oczekując na proces. Członkowie zespołu z Instytutu Jeffersona zastanawiają się, czy szczątki zmarłego przed 16 laty mężczyzny mogą mieć coś wspólnego ze spiskiem, w wyniku którego ich przyjaciel trafił do więzienia. Tymczasem Sweets i Daisy dzielą się niespodzianką z pracownikami laboratorium.

Agent Aubrey pomaga członkom zespołu w poszukiwaniach, których celem jest ujawnienie trwającego od wielu dziesięcioleci rządowego spisku oraz ustalenie, kto wrobił Bootha w morderstwo. Sprawa przybiera niespodziewany obrót wraz z odkryciem materiału dowodowego w postaci DNA, mającego powiązania z pewnym skandalem.

W kanale burzowym znalezione zostają szczątki konserwatywnego gospodarza programu radiowego. Śledztwo ujawnia pewne zaskakujące aktywności zmarłego, co pozwala zawęzić krąg podejrzanych. Tymczasem agent Aubrey stara się zdobyć zaufanie Bootha. Brennan martwi się o stan psychiczny swojego męża.

Dochodzenie w sprawie zamordowania programisty gier wideo ujawnia majątek, który ofiara zgromadziła podczas swojej kariery zawodowej. Z tego powodu podejrzenia padają na wszystkie osoby z najbliższego otoczenia zmarłego. Tymczasem stażystka Jessica mówi swoim kolegom o pewnej inicjatywie edukacyjnej, w którą jest zaangażowana. Brennan i Booth rozmawiają na temat przyszłości Christine.

Brennan wygłasza wykład podczas konferencji dla kryminologów. Po tym, jak na klatce schodowej odkryte zostają ludzkie zwłoki, wszyscy uczestnicy zgromadzenia oferują swoją pomoc w przeprowadzeniu śledztwa. Członkowie zespołu z Instytutu Jeffersona nie mogą ukryć zaskoczenia, gdy okazuje się, że Hodgins staje się podejrzanym o morderstwo. Tymczasem Brennan spotyka swojego rywala, a Wendell wraca do pracy, z nowymi informacjami na temat stanu swojego zdrowia.

Na skraju drogi znalezione zostają szczątki zamordowanej pokojówki. Podejrzanym staje się jej zamożny, były pracodawca. W śledztwie dochodzi jednak do zaskakującego zwrotu, gdy zespół odkrywa, że zmarła prawdopodobnie przebywała w Stanach nielegalnie. Tymczasem Arastoo przygotowuje swoją dysertację do zatwierdzenia przez Brennan, co zbiega się z rozmową na temat małżeństwa pomiędzy nim i Cam.

Pod karuzelą znalezione zostają szczątki pracownika funduszu hedgingowego. Głównym podejrzanym w sprawie staje się szef ofiary. Aubrey martwi się z powodu emocjonalnych powiązań ze sprawą. Tymczasem Christine po raz pierwszy przeklina, a Brennan i Booth nie mogą dojść do zgody, jak w tej sytuacji postąpić z córką.

Na miejskim terenie wierceń hydrogeologicznych znalezione zostają szczątki mistrza rozwiązywania krzyżówek. Poszukiwania zabójcy pośród jego rywali ujawniają, że w chwili swojej śmierci, zmarły cierpiał na chorobę umysłową. Tymczasem położna Daisy udziela jej wsparcia, gdy przyszła mama tego najbardziej potrzebuje.

Śledztwo w sprawie zamordowania profesora psychologii w college’u ujawnia kontrowersyjne eksperymenty społeczne, które ten przeprowadzał na swoich studentach. Z tego powodu lista podejrzanych znacznie się wydłuża. Tymczasem Booth zostaje wykluczony z gry z powodu konieczności ukończenia kursu przepisów drogowych. Wendell musi poradzić sobie u uczuciami w stosunku do pielęgniarki, która podaje mu chemię w ramach leczenia raka.

Dwusetny odcinek serialu jest hołdem złożonym filmom Alfreda Hitchcocka. Jego akcja ma miejsce w Hollywood z lat 50. Brennan, detektyw z wydziału policji Los Angeles nawiązuje współpracę ze złodziejem biżuterii Boothem, który został wrobiony w morderstwo zamożnej bywalczyni salonów.