Starszy agent Jack Malone to twardy, lecz jednocześnie pełen współczucia szef nowojorskiego oddziału ds. osób zaginionych. On i jego zespół doskonale zdają sobie sprawę z tego, że gdy ktoś nagle znika, liczy się każda sekunda. Gdy Martin oraz Danny eskortują pewnego oskarżonego, nagle znajdują się się pod ostrzałem przestępców. Ich celem jest aresztowany, który znajduje się pod opieką Martina i Danny’ego. W wyniku strzelaniny eskortowany przez nich oskarżony, zostaje zabity, a Martin zostaje ciężko ranny. Jack, Samantha oraz Danny będą musieli zrobić wszystko by krytyczny stan ich kolegi nie przyćmił ich celu, jakim jest odnalezienie przestępców, którzy zaatakowali Martina i Danny’ego.

Zespół prowadzi śledztwo w sprawie pewnego 15-latka, który nagle zniknął. Jack podejrzewa, że chłopak mógł uciec by wprowadzić w życie swój plan podłożenia bomby w swojej szkole. W trakcie śledztwa, zespół dowiaduje się, iż 15-latek ma problemy z rówieśnikami oraz, że nie jest w szkole akceptowany. Ponadto wychodzi na jaw, iż od kiedy ojciec chłopaka został zamordowany w trakcie napadu rabunkowego, cierpi on na obsesję na punkcie bezpieczeństwa.

Najnowszy członek zespołu - Elena Delgado, która pracowała wcześniej w Policji, prowadzi śledztwo w sprawie zaginionej 20-latki - Diny Kingston. W trakcie śledztwa Elena zostaje wprowadzona w zawoalowane niuanse pracy w oddziale ds. osób zaginionych. Zespół wkrótce dowiaduje się, iż Dina jest prostytutką, a jej dom został niedawno splądrowany. Ponadto agenci znajdują zwęglony dziennik Diny, w którym były dany wszystkich jej klientów. Późniejsze śledztwo pokazuje, że Dina niedawno próbowało popełnić samobójstwo.

Gdy po 7 latach odnajduje się plecak oraz dokumenty zaginionego przed 7 laty Skye’a Petersena Jack oraz prokuratura podejrzewa, że została ona zamordowana przez swojego wykładowcę, z którym krótko przed swoja śmiercią zakończyła romans. Zespół Jacka decyduje się ponownie zająć się tą sprawą i ponownie przeprowadzić śledztwo, które doprowadzi ich do prawdy.

Zespół poszukuje 25-letniej Amerykanki pochodzenia Koreańskiego - Wendy Kim, która zaginęła po nocnej kłótni ze swoim chłopakiem. W trakcie śledztwa wychodzi na jaw, iż Wendy czuła się przytłoczona oczekiwaniami swojej rodziny, które opierały się na koreańskiej kulturze i tradycji. Rodzina była bardzo rozczarowana i niepocieszona, gdy Wendy zerwała zaręczyny z jednym z kandydatów, który należał do społeczności.

Jack (Anthony LaPaglia) i Danny (Enrique Murciano) jadą do Meksyku w poszukiwaniu bogatego Amerykanina, który został porwany na strzelnicy. Świadkiem całego zajścia była jego młoda żona - Lydia Costin.

Jack wraz z zespołem poszukuje mężczyzny Billa Shieldsa. Córka Billa Shieldsa niedawno zmarła z białaczkę i od tego czasu życia Billa legło w gruzach - jego małżeństwo i kariera całkowicie się rozpadły. Śledztwo prowadzi zespół do tajemniczej dziewczynki, której nagie zdjęcia agenci znaleźli w domu Billa.

Zespół poszukuje przyjaciela Jacka - Maxa Cassidy, który od lat jest agentem FBI. Max zaginął po tym jak odsłuchał wiadomość, w której jego żona przekazuje mu, że partner Maxa - Jimmy Haggerty został zamordowany. Zespół Jacka prześledzi czy sprawa, którą prowadził Max i Jimmy jest związana z tą zbrodnią.

Samantha bada sprawę kobiety, która cierpi na zanik pamięci. Samantha nie tylko najprawdopodobniej jest osobą zaginiona, ale również morderczynią. W międzyczasie ojciec Jacka - Frank, cierpiący na chorobą Alzhaimera, odmawia dalszego leczenia, w obliczu wciąż pogarszającego się stanu jego zdrowia.

W trakcie poszukiwań zaginionej nauczycielki, zespół zaczyna podejrzewać, że mogła mieć ona romans ze swoim 14-letnim uczniem, który również zapadł się pod ziemię. Clarie Hunter ginie bez śladu, po bójce w siłowni z pewnym mężczyzną...

Gdy Andy Reynolds - były żołnierz Marines ginie bez śladu, Jack dowiaduje się, że Andy był oskarżony o gwałt. W wyniku tego oskarżenia został wydalony ze służby i był 5 lat przetrzymywany w Japonii. Gdy zespół odnajduje nagranie,w którym Kimiko Asakawa zeznaje, że Andy nie jest mężczyzną, który ją skrzywdził, Jack leci do Japonii w poszukiwaniu Andy’ego i prawdy.

W trakcie poszukiwań Leah Robinson - pobożnej kury domowej i matki 12-letniego chłopca, zespół dochodzi do wniosków, że Leah mogła nie być tak niewinna jak sądzi jej mąż i ksiądz. Leah była widziana, gdy wychodząc z galerii na Manhattanie pewien mężczyzna kłócił się z nią. Jack i zespół podejrzewają, że zniknięcie Leah mogło mieć związek z zerwaniem romansu z mężczyzną, z którym była widziana.

Zespołowi udaje odnaleźć się Ethana Hellera - 5-letniego chłopca, który znajdował się na tylnym siedzeniu samochodu jego rodziców, gdy złodzieje ukradli pojazd. Początkowo agenci podejrzewali, że przestępcy zażądają okupu za Ethana od jego dobrze sytuowanych rodziców. Jednak później uwagę zespołu przykuwa ojciec Ethana, który dziwnie zachowywał się w ostatnich tygodniach.

Agenci oddziału ds. osób zaginionych poszukują Rachel - cierpiącej na agorafobię dziewczynę, która od 2 lat nie opuściła swojego mieszkania. Rachel na co dzień zajmuje się korespondencyjnymi poradami. W trakcie przeszukiwania jej mieszkania, agenci znajdują walkie-talkie, pudło z amunicją oraz górę listów od ludzi, którzy potrzebowali jej pomocy i rady.

W trakcie poszukiwań pewnego 18-latka, agenci znajdują swojego prawdziwego zaginionego, którym jest 15-letni Matt James, który więził swojego kolegę z drużyny baseballowej, by móc pracować jako woźny i młodszy ślusarz.

Członkowie zespołu poszukują ciężarnej nosicielki wirusa HIV - Megan, która zaginęła po badaniu ultrasonograficznym, na którym ona i jej mąż widzieli swoje nienarodzone dziecko. Agenci zaczynają podejrzewać, że jej mąż, który wyjechał w delegację odrazu po badaniu, może mieć coś wspólnego z zaginięciem żony.

Zespół poszukuje Brecka Muligana, bogatego młodego mężczyznę, który zniknął z przytułku dla kobiet, w którym pomagał na mocy wyroku w procesie o posiadanie narkotyków. Agenci próbują ustalić czy Breck, był zastraszany przez mężów mieszkanek przytułki, czy może przez dilerów narkotyków. Zespół bierze pod uwagę jeszcze jedną hipotezę - że Breck znowu zaczął brać narkotyki.

Jack wraz z zespołem pracują nad sprawą zaginięcia młodej łyżwiarki figurowej - Kelly McMurphy. W trakcie śledztwa agenci dowiadują się, że brat Kelly, który jest hokeistą, zginął niedawno w wypadku samochodowym. Ich ojcu, bardzo zależało na sukcesie Jasona i wywierał na nim ogromną presję. Niedługo przed śmiercią Jason brał sterydy.

Gdy zespół prowadzi poszukiwania wdowca Teda oraz jego dwóch nastoletnich dzieci, udaje im się ustalić kto jest odpowiedzialny za strzelaninę w ich domu. Ostatni raz widziano całą rodzinę przed ich domem, wyraźnie czymś zdenerwowanych.

Gdy biała dziewczynka oraz chłopiec pochodzenia afroamerykańskiego giną bez śladu, Jack stara się by media skupiły się na zaginięciu obojga, a nie tylko na dziewczynce. Jednak pomimo działań Jacka, media skupiają się tylko na zaginięciu dziewczynki.

W trakcie poszukiwań byłego asystenta prokuratora okręgowego, Jack rozmawia z chłopakiem zaginionej - Alanem Daviesem. Gdy Davis przeczuwa, że stał się głównym podejrzanym w sprawie, wpada w szał i wszczyna strzelaninę w biurze FBI.