Załoga Atlantis wraz z żołnierzami została uwięziona pod gruzami zniszczonego kompleksu medycznego Michaela. Pułkownik Samantha Carter wysyła ekipę ratunkową, w której skład wchodzi najnowszy członek zespołu, kapitan Alicia Vega. Nagle okazuje się, że Michael wie o zniszczeniu jego kompleksu i wysyła swój krążownik, żeby zbadać sprawę. Na krążowniku jest też uwięziona ciężarna Teyla, która w każdej chwili może zacząć rodzić.

Doktor Keller budzi się po ciężkiej zmianie i odkrywa, że jej ręka pokryta jest czerwoną, lepką substancją. Kiedy nie pojawia się na swoim stanowisku, zostaje wysłana ekipa, która znajduje ją owiniętą w kokon. Dochodzą do wniosku, że to ta sama substancja, z której powstają statki Widm, i że może ona wkrótce przejąć kontrolę nad całą stacją.

Ronon zostaje schwytany przez swego dawnego przyjaciela, Tyre'a. Tyre niegdyś służył Widmom, ale przestał być im potrzebny i został odtrącony. Aby odzyskać względy swoich dawnych panów, Tyre chce im ofiarować ich wroga - Ronona. Kiedy Widma dostają go w swoje ręce, rozpoczynają proces, który ma go zamienić w lojalnego sługę. Tymczasem Teyla zastanawia się nad powrotem do drużyny.

Drużyna z Atlantydy zostaje wysłana na opuszczony statek Dedal, który krąży po orbicie planety. Kiedy dostają się na pokład, znajdują tylko tajemniczą wiadomość od kapitana statku. Nagle statek zostaje przeniesiony do alternatywnej rzeczywistości. Podczas gdy McKay stara się zrozumieć sytuację, statek kontynuuje przeskakiwanie z jednej rzeczywistości do drugiej. Jeśli bohaterowie nie opanują sytuacji, mogą już nigdy nie wrócić do siebie.

Podczas powrotu z kosmicznej misji, czujniki statku nagle zaczynają wariować. Sheppardowi i jego ekipie z trudem udaje się opanować statek i powrócić na Atlantydę. Po powrocie okazuje się, że kosmiczne miasto ma podobne problemy jak statek. Nagle wszystkie urządzenia i systemy miasta, poza jednym laptopem, zostają wyłączone.

McKay zostaje zaatakowany przez dziwną chorobę, na skutek której traci pamięć. Okazuje się, że wywołuje ją pasożyt, którego nie da się usunąć. Ronan przypomina sobie o magicznej świątyni, w której jego ojciec powrócił na jeden dzień do zdrowia, ale transport McKaya do świątyni jest bardzo niebezpieczny, bo planeta, na której się znajduje, jest opanowana przez Widma.

Major Anne Teldy i jej zespół (sierżant Dusty Mehra, kapitan Alicia Vega i dr Alison Porter) meldują Atlantydzie, że w labiryncie podziemnych tuneli natknęli się na jedno z laboratoriów Michaela. Doktorzy Beckett i Sheppard kierują się na ich pozycję, gdzie odnajdują tajemnicze kapsuły. Podczas gdy doktorzy Beckett i Porter badają laboratorium, pozostała część drużyny udaje się na rekonesans.

Keller i drużyna z Atlantydy spotykają się z Widmem Toddem i składają mu nietypową propozycję. Dzięki danym zdobytym w opuszczonym laboratorium Michaela, Keller uważa, że udało jej się znaleźć sposób na likwidację potrzeby spożywania ludzkiej siły życiowej przez Widma. Todd jest zaintrygowany, ale uważa, że zanim podejmą jakiekolwiek próby, muszą uzyskać zgodę Królowej Widm.

McKay i Ronon, nieświadomi swoich wzajemnych motywów, zgadzają się pomóc doctor Jennifer Keller, która znika w niewyjaśnionych okolicznościach. Ślady stóp, odnalezione w okolicach wioski, potwierdzają jednak przypuszczenia, że została ona porwana. Ronon natychmiast wyrusza śladami porywaczy, podczas gdy McKay wraca do bazy, aby wezwać pomoc.

W wyniku prowadzonych badań, doktor Daniel Jackson odkrywa, że na Atlantydzie może się mieścić ukryte laboratorium zbudowane przez zbuntowanego naukowca, Janusa. W trakcie badań nowo odkrytych obiektów, Jackson i McKay uruchamiają sygnał na odległej planecie. Kilka godzin później miasto nawiedza grupa tajemniczych obcych.

Jackson i McKay zostali zmuszeni do ponownej aktywacji urządzenia, które tysiące lat temu zostało zaprojektowane z myślą o unicestwieniu Widm. W tym samym czasie Todd wraz ze swoimi oddziałami trzymają w niewoli Woolseya, Keller, Ronana i pozostałą część załogi Deadalusa. W obawie przed zniszczeniem urządzenia, które doprowadzi do śmierci Jacksona i McKaya, Sheppard postanawia wezwać na pomoc dawnych sojuszników.

Pułkownik Sheppard wraz ze swoją załogą odnajdują doktora Becketta na planecie obcych, gdzie zajmuje się on grupą osób ocalałych z epidemii. Tego samego dnia przed wioską pojawia się oddział Widm, który domaga się wydania pacjentów, grożąc całkowitą zagładą planety. Pomimo wysiłków Shepparda, wszystko wskazuje na to, że mieszkańcy planety mają zamiar poświęcić przybyszy, aby ratować siebie.

Pułkownik Sheppard wraz z załogą zostają zaproszeni na kolejne spotkanie liderów ludzkich populacji, na którym mieliby reprezentować Atlantydę. Okazuje się jednak, że zostali tam zwabieni, aby stanąć przed trybunałem i odpowiedzieć za zbrodnie, jakich się dopuścili. Richarda Woolseya odwiedzają przedstawiciele nowej koalicji planet, którzy informują go o położeniu pułkownika Shepparda. W tej sytuacji, umiejętności dyplomatyczne Woolseya mogą nie wystarczyć do ustrzeżenia ekspedycji przed wyrokiem skazującym.

Atlantyda tonie w mroku, a jedyna strefa, która nie została dotknięta przez ciemność, znajduje się na górnych kondygnacjach wieży centralnej. Pułkownik Sheppard wraz z doktorem McKayem muszą przejść ponad 70 poziomów, aby dostać się do pokoju kontrolnego, lecz na ich drodze staje pole siłowe, które uniemożliwia im dalszą podróż. Teyla i jej syn, Torren, zostają porwani przez dwie ciemne postaci. Przytomność odzyskują w biurze Woolseya, gdzie czeka na nich żądny zemsty Michael.

Woolsey przyznaje się przed Teylą, Ronanem i doktorem McKayem, że ma obawy, co do zbliżającej się kontroli. Niedługo potem dowiaduje się jednak, że obejmie nowe stanowisko na Ziemi. Pułkownik John Sheppard przewozi kilku astrobiologów, którzy mają przeprowadzić dwudniowe badania. W drodze powrotnej zostaje wzięty do niewoli przez „starego znajomego", który za wszelką cenę stara się zdobyć kod identyfikacyjny Shepparda.

Załoga Atlantydy dostaje dwa tygodnie wolnego. Doktor Rodney McKay otrzymuje zaproszenie od Malcolma Tunneya, który chce, aby wziął on udział w naukowym pokazie, stanowiącym rozwiązanie problemu globalnego ocieplenia. Po przybyciu do tajnego ośrodka badawczego, zlokalizowanego na środku pustyni, Tunney prezentuje swoją technologię, nad którą wcześniej pracował już doktor McKay. Jak się później okazuje, urządzenie doprowadza do spadku temperatury na terenie ośrodka, co może spowodować zamarznięcie znajdujących się tam osób w niecałą godzinę.

W orbicie nad Atlantis pojawia się Statek-rój Widm. Przesyła sygnał SOS. Sheppard bierze ze sobą zespół i postanawia zbadać sprawę. Statek wydaje się opuszczony, jednak porucznik Williams odkrywa ukryty korytarz. Nagle atakuje go stworzenie Widmo bez swojej maski. Okazuje się, że Widma zostały zarażone dziwną chorobą.

Niezwykłe zachowanie dr Keller skłania dr Becket do jej zbadania. Testy nie wykazują niczego podejrzanego, jednak Becket obawia się, że Keller cierpi na poważne zaburzenia psychiczne. Załoga nie zdaje sobie sprawy, że pewna złodziejka, Neela Casol, użyła przyrządu Pradawnych, by zamienić się osobowością z dr Keller. Podczas gdy przestępczyni próbuje uciec z Atlantis, dr Keller musi stawić czoła jej wspólnikom oraz ścigającym ją, rozeźlonym wieśniakom na odległej planecie.

W alternatywnej rzeczywistości, detektyw John Sheppard i agent FBI - Richard Woolsey, prowadzą śledztwo w sprawie serii nietypowych morderstw w Las Vegas. Siedem ofiar nosi ślady napromieniowania. Sheppard dociera do człowieka posiadającego nadludzkie umiejętności. Zachodzi podejrzenie, że za zabójstwa odpowiedzialne są Widma.

Ostatni odcinek, zamykający historię Atlantydy. Todd informuje Atlantis, że grupa Widm ma w posiadaniu kilka ZPM, którymi mają zamiar zasilić nowy, potężny Rój. Mówi Woolseyowi, że powinien natychmiast zniszczyć statek. Jednak gdy ekipa dociera do Roju, ten ucieka w hiperprzestrzeń. Okazuje się, że zmierza w kierunku Ziemi...