Załoga Prometeusza, z major Carter w charakterze doradczyni, natyka się na statek kosmiczny nieznanego pochodzenia.

Jonas i współpracująca z nim zdolna, młoda uczona, Kianna, są sobą wzajemnie zauroczeni. Dziewczyna nie jest jednak tym, kim się wydaje.

Samantha Carter zaczyna romansować z detektywem, przed którym musi ukrywać swój udział w Dowództwie Stargate. Daniel staje twarzą w twarz z Goa'uldem, który przejął na własność ciało jego byłej dziewczyny.

Kiedy wojownicy Anubisa przypuszczają atak na placówkę Alpha, procedura autodestrukcji nie zostaje zainicjowana. Nie wszystko idzie zgodnie z planem, ponieważ nie udaje się ewakuować na czas całego personelu stacji. Teal'c i Jack przeczesują teren w poszukiwaniu majora Cartera.

Do bazy dowództwa Gwiezdnych Wrót przybywa ekipa filmowa, by nakręcić dokument. Filmowcy nie zostają jednak przyjęci zbyt entuzjastycznie.

Na pomoc członkowi oddziału SG, który nie zdołał dotrzeć do portalu, wyrusza misja ratunkowa. Podczas akcji ponosi śmierć jeden z przywódców.

Sam i Daniel postanawiają odnaleźć opuszczony magazyn, gdzie może być przygotowywana kolejna operacja NID. Sam i Daniel dowiadują się, że Keffler jest człowiekiem. Kim jest jednak tajemnicza Anna, która maluje to, co zobaczy w swoich snach?

Stany Zjednoczone Ameryki mają nowego Prezydenta. Wiceprezydent (i były senator), Kinsey raz jeszcze próbuje przejąć kontrolę nad programem Stargate, przekonując swojego nowego zwierzchnika, że pozostawienie tego przedsięwzięcia w rękach Hammonda może okazać się fatalne w skutkach.

Bra'tac wyjawia Tau'ri, że za trzy dni Anubis zaatakuje Ziemię. Mimo całego zamieszania, drużyna robi wszystko, aby ją uratować, korzystając z nauk Starożytnych. Generał Hammond zostaje oddelegowany od swoich obowiązków w SGC. Zamiast tego, dostaje pod swoją opiekę program Prometheus. Teal'c wraca do Chulaka w towarzystwie Bra'taca, aby zgromadzić wojowników i zyskać poparcie kilku statków, przy pomocy, których chce stworzyć sojusz przeciwko Anubisowi.

Jack rozwiązuje kolejną krzyżówkę, która tak naprawdę nią nie jest. To klucz, który prowadzi go na ślad Zaginionego Miasta. Pierwsze miejsce okazuje się sprytną mistyfikacją. Aby dotrzeć do celu, drużyna będzie musiała roztopić milę lodu, i przy okazji stanie się świadkami największej bitwy w historii Stargate.

Aby stawić czoło atakującym siłom Anubisa, O'Neill aktywował starożytną broń znajdującą się na Antarktyce. Jack nadal jest w śpiączce, a stanowiska SG-1 na Północy zostały doszczętnie spalone. SG-1 próbuje nawiązać kontakt z Asgardami. W międzyczasie ich nowy przywódca rozważa propozycje zawarcia układu pokojowego, zgłoszoną przez Lordów Goa'uld.

Flocie Asgardów udało się zniszczyć statek Replikatorów, z Carterem na pokładzie. Rozmowy pokojowe z Lordami zostają przerwane, a Ha'tak zostaje oddelegowany, aby przetestować nowe możliwości systemu ochronnego na Ziemi. Prometeusz oczekuje przybycia następnego wroga, tymczasem na horyzoncie pojawiają się Thor, Daniel Jackson i Teal. Z pomocą przebywającego nadal w śpiączce Jacka, planują razem zniwelować zagrożenie, jakie płynie ze strony Replikantów dla nowej ojczyzny Asgard.

Pułkownik Alexi Vaselov przybywa do SGC, po rozmowie z Jacksonem, nagle zapada na tajemniczą chorobę. Kiedy Generał O'Neill próbuje umieścić go w kwarantannie, Daniel otwiera ogień i rani dwóch strażników. Carter i pokładowy lekarz Dr Brightman dochodzą razem do wniosku, że to co wywołało schorzenie Vaselova i sprowokowało Jacksona z pewnością nie było zwyczajną chorobą: to sprawka Anubisa, który próbuje odzyskać swoje imperium. Plan O'Neilla, aby zamknąć SGC i czekać na reakcję Anubisa, zaczyna działać przeciwko niemu.

Jako nowy szef SGC, generał O'Neill (Richard Dean Anderson) zaczyna odczuwać, że ciężar całego świata spoczywa na jego barkach. Zaczyna mieć wątpliwości co do całego przedsięwzięcia i kwestionuje swoje kompetencje.

Pojawienie się zespołu wywołuje wojnę. Daniel próbuje pomóc społeczności, która ucierpiała podczas bitwy.

Dr Lee i jego współpracownicy wprowadzili poprawki do jednego z krzeseł wirtualnej rzeczywistości, ostatnio widzianym w serialu w odcinku "The Gamekeeper". Wszystko po to, aby stworzyć wojenną symulację dla przeprowadzenia treningu personelu Stargate. Tael'c twierdzi jednak, że projekt symulacji nie jest realistyczny i zgadza się pomóc naukowcom wprowadzić wymagane poprawki, co może się dla niego fatalnie skończyć.

Teal'c ratuje młodego mężczyznę przez fatalnym pobiciem. Jest to już kolejny "wypadek", którego był świadkiem po tym jak postanowił zamieszkać poza terenem bazy. Daniel Jackson próbuje wytłumaczyć przyjacielowi, jak żyć, aby nie być zbytnio "widocznym" dla niepowołanych oczu. Teal'c nie potrafi się zastosować do jego zaleceń, ponieważ niedługo później zaczyna umawiać się z kobietą, która ma wybuchowego chłopaka. W ten sposób Tael'c wpada w ręce tajemniczej grupy, która ma dostęp do wiedzy Gwiezdnych wrót...

Właściciel i szef firmy Colson Industries organizuje konferencję prasową, na której ogłasza, że ma dowody na istnienie życia pozaziemskiego. SGC nie udaje się powstrzymać go przed wyjawieniem szczegółów bitwy o Antarktykę. Jednak członkowie SGC nie kryją zdumienia, kiedy okazuje się, że jednym jego dowodem nie są satelitarne zdjęcia, lecz żyjący Asgard.

Teal'c jest niezadowolony, że jego syn zamierza się ożenić. Ishta przybywa z niepokojącymi informacjami, że kryjówka Hak'tyli właśnie została ujawniona. Kiedy O'Neill wyraża zgodę, aby Hak'tylowie do czasu znalezienia kolejnego bezpiecznego miejsca, zamieszkali w SGC, na horyzoncie pojawiają się poważne problemy.

Kiedy nagle w środku nocy Gwiezdne wrota znikają z SGC, Teal'c (Christopher Judge) zostaje uwięziony gdzieś w przestrzeni pozaziemskiej. Dr Jackson (Michael Shanks) i Carter (Amanda Tapping) próbują odnaleźć zaginioną bramę.

Po wyposażeniu statku Prometeusz w technologię z doskonałym napędem, załoga składająca się jedynie z generała Hammonda i Daniela Jacksona wyrusza na poszukiwania zagubionej ekipy z Atlantydy. W czasie podróży w przestrzeni kosmicznej, załoga otrzymuje sygnał sos dochodzący z dwóch poważnie uszkodzonych statków Goa'uldów. W trakcie przeszukiwań tych pojazdów, udaje się jedynie zlokalizować ciała zamordowanych Goa'uldów.

Podczas gdy ekipa SG-1 przygotowuje się do ostatecznych testów nowego super napędu Asgard, przychodzi szokująca informacja od Replikatora, który wygląda dokładnie jak podpułkownik Carter. Replikantka Carter została stworzona przez replikatora o imieniu Fifth. Miała służyć mu do pomocy, pod wpływem osobowości Carter, szybko usamodzielniła się od swojego twórcy. Przekazuje załodze SG-1, że Fifth wraz z całą swoją armadą podąża w stronę ich galaktyki.