Agenci Mulder i Scully powracają po 13 latach, by na żądanie gospodarza internetowego programu telewizyjnego przeprowadzić kolejne śledztwo dotyczące rządowego spisku. Prowadzący show zapoznaje ich z kobietą, która twierdzi, iż została porwana przez obcych i dzieli się z nimi zaskakującymi informacjami.

Gdy Mulder i Scully starając się ustalić, jaka niewidzialna siła mogła zmusić pewnego naukowca do popełnienia samobójstwa, odkrywają laboratorium, w którym wskutek ekstremalnych eksperymentów genetycznych powstały podmioty posiadające niebezpieczne moce.

Gdy w lesie zostaje znalezione martwe ciało, Mulder i Scully zostają wezwani, by przeprowadzić śledztwo i ustalić, czy był to atak zwierzęcia, seryjny zabójca czy może dziwny stwór, jak opisał go naoczny świadek. Tymczasem Mulder jest w stanie skonfrontować się z niektórymi z własnych demonów, w tym poczuciem rozczarowania swoimi życiowymi dokonaniami.

Mulderowi i Scully zostaje zlecone przeprowadzenie śledztwa w sprawie zamordowania wysoko postawionego urzędnika władz miasta, przy czym wydaje się, jakby tej zbrodni nie była w stanie popełnić żadna ludzka istota. Tymczasem Scully musi poradzić sobie z głębokimi emocjami związanymi z dzieckiem, które oddała do adopcji.

W galerii sztuki, wystawiającej dzieła, które można uznać za potencjalnie obraźliwe, dochodzi do zamachu bombowego. Prowadzący dochodzenie Mulder i Scully szukają sposobu na skomunikowanie się z przebywającym w stanie śpiączki bombiarzem, w celu powstrzymania kolejnego ataku. Tymczasem para młodszych agentów FBI, współpracujących przy tej sprawie, skłania Muldera i Scully do zrewidowania własnych poglądów. Podczas gdy Scully stara się znaleźć odpowiedzi w ramach nauki o mózgu, Mulder skłania się ku mistycyzmowi.

Śledztwo, które Mulder i Scully wszczęli wraz ze zwolennikiem teorii spiskowych i gospodarzem internetowego show Tadem O’Malleyem, ściąga im na głowę potężnych wrogów. Po tym, jak w całym kraju ludzie zaczynają poważnie chorować, dochodzi do wybuchów paniki. Scully musi zajrzeć w głąb siebie zanim podejmie się próby szukania stosownego lekarstwa. Tymczasem Mulder konfrontuje się z człowiekiem, którego uważa za odpowiedzialnego za to, co się dzieje. Jednak kluczem do zbawienia może okazać się całkiem inna postać z przeszłości Muldera i Scully.