Ostatni odcinek III serii zakończył się wypadkiem samochodowym Maksa Kellera. Maks trafił do szpitala i będzie walczył o życie. Czy Lekarze z Copernicusa zdołają uratować swojego kolegę? W nowym sezonie pojawia się nowy ordynator chirurgii, którym zostaje syn docenta Karkoszki – Michał (w tej roli Wojtek Mecwaldowski). Michałowi udaje się uzyskać zgodę komisji bioetycznej na przeprowadzenie potrójnego przeszczepienia nerek. Niemal wszyscy lekarze będą zaangażowani w operacje, więc Alicja za namową Leona, też dołącza do zespołu. Bosak nie ma zaufania do nowego ordynatora. Florczykowi zależy, aby zmieniła swoje nastawienie. Wanat oczekuje na proces. Ginekolog jest załamany, bo mimo że sprawa się jeszcze nie odbyła, już uciekają od niego pacjentki zniechęcone niekorzystnymi opiniami na temat lekarza w internecie.

W tym odcinku zobaczymy kontynuację przypadku medycznego z poprzedniego odcinka, czyli operację przeszczepienia nerek dawcom niespokrewnionym. Niestety, trud lekarzy może pójść na marne, a szanse pacjentów na odzyskanie zdrowia stają pod dużym znakiem zapytania z powodów uprzedzeń rasowych jednego z członków rodzin biorców. Okazuje się jednak, że prawda jest bardziej skomplikowana… Tymczasem Jivan zaczyna naukę jazdy i otrzymuje od swojego natrętnego pacjenta niezwykłe wsparcie w zakresie trudnej teorii kodeksu drogowego. Zawodowe kłopoty Piotra nie ustają, Wanat traci kolejne pacjentki, cierpliwość i wiarę w swoje umiejętności lekarza. Daniel wciąż nie może się zebrać i zacząć normalnie żyć, na pomoc mu wyrusza matka. Alicja podejmuje trudną decyzję o powrocie do pracy i próbie łączenia obowiązków matki z obowiązkami chirurga.

Nowy ordynator zaczyna wprowadzać porządki, które nie spotykają się z aprobatą większości zespołu. Część osób buntuje się przeciwko praktykom, które według nich mogą naruszyć zasady solidarności zawodowej. Alicja po egzaminie kończącym staż transplantologiczny chce skupić się na swojej specjalizacji, co pozwoliłoby jej pogodzić obowiązki zawodowe z opieką nad małym Kubą. W nocy przed egzaminem Kuba zaczyna chorować i Alicja czuwa przy dziecku. Zmęczona i wciąż niespokojna o zdrowie chłopca jedzie na ustny egzamin do Warszawy. Niestety nie zdaje. Przez to musi zostać na chirurgii, a to oznacza nocne dyżury i nieprzewidywalny grafik w pracy. Krzysztof, Leon i Elżbieta są przekonani, że przyczyną niepowodzenia Alicji jest jej żałoba po Maksie. Elżbieta wymusza na kobiecie podjęcie terapii.

Basia oświadcza się Leonowi. Alicja znajduje sposób, aby wciąż pracować w szpitalu i mieć więcej czasu dla Kuby – przyjmuje stanowisko zastępcy ordynatora pod warunkiem, że codziennie o 16.00 będzie w domu. Filip obawia się, że nie stanowią z Beatą dobranej pary – on jest tylko mechanikiem, a ona lekarką i córką ordynatora. Jasińska chciałaby mu pomóc coś osiągnąć, ma nawet pewien pomysł. Na oddział trafia starszy mężczyzna. Pacjent nie chce, aby córka wiedziała o jego problemach ze zdrowiem. Ta jednak otrzymuje informację od ciotki i przylatuje ze Stanów. Do szpitala zostaje przyjęty bezdomny mężczyzna. Jego jedynym oddanym przyjacielem jest pies, który wciąż czuwa pod szpitalem. Wanat zostaje oczyszczony z zarzutów. Cały personel szpitala cieszy się wraz z nim. Magda przypadkiem podsłuchuje rozmowę Izy z informatykiem...

W Copernicusie panuje nerwowa atmosfera, bo szpital przygotowuje się do przyjęcia uczestników konferencji transplantologicznej. Największym problemem jest zaginięcie na lotnisku torby profesora Euguchiego. W bagażu znajdował się nóż harmoniczny niezbędny do przeprowadzenia pokazowej operacji przeszczepienia. Alicja robi wrażenie na Eguchim, który proponuje jej asystowanie przy operacji, lecz dziewczyna musi zająć się Kubą i nie wykorzystuje okazji. Michał Karkoszka jest rozczarowany jej postawą. Filip zaczyna pracę w warsztacie samochodowym Bartka i szybko zdobywa klientów. Magdzie udaje się zmusić informatyka do wyznania prawdy...

Do Copernicusa trafia mężczyzna, któremu grozi amputacja nogi na skutek błędu medycznego popełnionego w prywatnej klinice. Okazuje się, że w klinice operował go Tadeusz Karkoszka. Nogę pacjenta udaje się uratować, ale Michał postanawia ujawnić zaniedbanie swojego ojca. Młody Ordynator również popełnia błąd podczas operacji, ale nakłada na siebie wysoką karę finansową. Sylwia wkracza w świat snobistycznych znajomych Daniela, gdzie nie czuje się dobrze w przeciwieństwie do Ordy, który zaczyna coraz bardziej lubić swoją nową pracę i znajomych. Wanat zajmuje się swoją 24-letnią kuzynką. Dziewczyna obawia się, że jest ciąży, co jest jej bardzo nie na rękę. Prawda okazuje się jednak okrutna – młoda kobieta cierpi na nowotwór. Filip prosi Beatę, aby razem zamieszkali.

W Copernicusie pojawia się tajemnicza znajoma Michała Karkoszki. Kobieta budzi ciekawość Alicji i Sylwii. Basia zaczyna staż na pediatrii. Już pierwszego dnia naraża się ordynatorowi. Profesor Pekold jest jednak wyrozumiała i wie, że Torzewska musi się jeszcze wiele nauczyć. Lekarze zmagają się z przypadkiem 50-letniej kobiety, która odczuwa silne bóle brzucha. Przeprowadzają kolejne badania, lecz nie potrafią jej zdiagnozować. Alicję i Kubę odwiedzają Kellerowie. Gustaw jak zwykle zachowuje się wobec wszystkich arogancko. Krystyna wyznaje synowej, że zamierzają zabrać wnuka do Szwajcarii i zająć się jego wychowaniem. Alicja nie zamierza oddawać im chłopca, postanawia walczyć. Bartek – szef Filipa ma problemy – zaciągnął pożyczkę u gangstera i teraz musi zajmować się nielegalnymi pracami na jego rzecz. Czy wciągnie ukochanego Beaty w niebezpieczną grę?

Do Copernicusa trafia kolejny pacjent po niewłaściwie przeprowadzonej operacji w prywatnej klinice. Tym razem również operował Karkoszka senior. Alicja nie zgłasza sprawy do okręgowej izby lekarskiej, lecz informuje o fakcie Michała. Ordynator rozmawia z dyrektorem prywatnej kliniki o tym, aby odsunąć jego ojca od operacji. Tadeusz jest wzburzony zachowaniem syna. Gustaw i Krystyna zamierzają przejąć opiekę nad wnukiem. Mężczyzna nie chce przebierać w środkach i decyduje się na ostrą walkę. Alicja nie wyobraża sobie, że mogłaby stracić Kubę. Jivan wciąż ma problemy z prowadzeniem samochodu, lecz za namową żony postanawia się nie poddawać. Iza bardzo chce zajść w ciążę. Robi wszystkie badania i prosi Jivana o zioła oczyszczające organizm. Magda nie rozumie, dlaczego Piotr wrócił do żony. Aneta Grabowska cierpiąca na bóle nieznanego pochodzenia w końcu zostaje zdiagnozowana.

Lekarze zajmują się 18-latką, która na skutek przedawkowania paracetamolu cierpi na ostrą niewydolność wątroby. Dziewczynę może uratować tylko przeszczepienie. Jej chłopak postanawia jej pomóc, lecz aby zostać dawcą musi wejść do rodziny ukochanej, czyli wziąć z nią ślub. Wanat obawia się, że żona wpadła w obsesję. Pewnego dnia Piotr zaskakuje Izę w łazience, kiedy ta wysypuje do toalety biały proszek. Wanat sądzi, że żona wróciła do nałogu, a ta stara się wyjaśnić mu, co naprawdę się dzieje – narkotyki zostały jej podrzucone przez Magdę... Kellerowie zaczynają nieczystą grę – nasyłają na Alicję prawnika, który ma udowodnić w sądzie, że jej małżeństwo z Maksem było pomyłką, a ich syn nie chciał, by zajęła się jego dzieckiem. Krzysztof staje się coraz bliższy Elżbiecie. Czy ich romans przerodzi się w coś więcej? Filip zostaje pchnięty nożem przez bandytów, z którymi Bartek prowadzi interesy.

Alicja wciąż ma problemy z teściami. Kellerowie chcą się codziennie zajmować wnukiem i nie uprzedzają jej o swoich wizytach. Na spotkaniu z adwokatami dziewczyna dowiaduje się, że jej małżeństwo z Maksem było sfingowane, a ona nie ma czasu na wychowywanie dziecka. Beata czuwa nad Filipem. Alicja i Michał operują matkę Jerzego Łąckiego (przewodniczącego rady miasta, z którym kiedyś umawiała się Elżbieta), kiedy dochodzi do awarii laparoskopu. Orda, za którego namową szpital kupił sprzęt, odkrywa, że jego firma dopuściła się oszustwa. Basia zaprzyjaźnia się z małą pacjentką cierpiącą na małopłytkowość. Dziewczynka zostaje podana operacji, w której uczestniczy Torzewska. Basia rozmawia z Michałem na temat wyboru specjalizacji. Stają się sobie coraz bliżsi. Wanat odkrywa, że to Magda podrzuciła Izie narkotyki. Elżbieta, Krzysztof i Janek wybierają się na wycieczkę. Podczas treningu dochodzi do wypadku – nastolatek spada z konia.

Janek ma złamany kręgosłup. Część kości się przemieszcza i uciska na rdzeń, przez co chłopak odczuwa postępujący niedowład. Florczykowi udaje się sprowadzić do Torunia znakomitego lekarza, który podejmuje się trudnej i ryzykownej operacji. Lekarze z Copernicusa pomagają pięcioletniemu Franiowi, który uległ wypadkowi. Podczas operacji okazuje się, że chłopiec cierpiał na wrodzoną wadę serca. Ojciec Franka znajduje się pod nadzorem kuratora i może stracić prawo do opieki nad dzieckiem. Daniel postanawia działać przeciwko swojej firmie i pomóc szpitalowi w sprawie uszkodzonego laparoskopu. Leon dowiaduje się prawdy o wypadku Filipa. Chciałby, aby chłopak zniknął z życia jego córki. Gustaw dalej prowadzi nieczystą grę przeciwko Alicji – tym razem nachodzi opiekunkę Kuby, aby skłonić ją do zeznawania na jego korzyść. Sytuacja między Leonem, Basią i Karkoszką staje się nieco napięta.

W Copernicusie pojawia się dziennikarz z "Wiadomości Toruńskich". Michał dowiaduje się od niego, że jego ojciec z Łąckim szykują przewrót – chcą usunąć Bosak ze stanowiska i powierzyć je Tadeuszowi. Janek czuje się coraz lepiej i zaczyna chodzić. Gustaw podczas rozmowy z Alicją dostaje zawału. Do Copernicusa trafiają kobiety w średnim wieku – siostry po terapii nieatestowanymi pijawkami. Jedna z nich zapada na poważną chorobę. Jivanowi udaje się zdiagnozować dolegliwość i pomóc pacjentce. Basia rozstaje się z Leonem. Jasiński oskarża Karkoszkę, że podrywa młode lekarki na "pana ordynatora". Beata też ma problemy – Filip chce ją zostawić, ponieważ do siebie nie pasują. Orda i Iza Wanat walczą o nowy laparoskop dla szpitala z nieuczciwą firmą handlującą sprzętem medycznym. Piotr Wanat uświadamia Magdę, że wie o narkotykach, które podrzuciła jego żonie.

Jivan odkrywa, że pacjent, którego wszyscy brali za hipochondryka, faktycznie jest chory. Do Copernicusa trafia Zofia Grzelak. Starsza kobieta cierpi na hemoroidy. Bardzo jej zależy na tym, aby rodzina nie dowiedziała się o jej wstydliwym schorzeniu. Orda spędza ostatnie dni w firmie handlującej sprzętem farmaceutycznym. Podczas pokazowej operacji, dochodzi do komplikacji. Daniel przejmuje prowadzenie zabiegu i ze zdumieniem odkrywa, że jego dłonie znowu są sprawne. Gustaw mimo szczerych rozmów z Alicją, Leonem i Krystyną, nie chce dać za wygraną i zamierza za wszelką cenę przejąć opiekę nad wnukiem. Michał Karkoszka wyznaje Florczykowi, że jego ojciec i Łącki chcą pozbawić Elżbietę stanowiska. Krzysztof grozi Tadeuszowi, lecz ten ma wszystko i wszystkich za nic. Beata dowiaduje się, dlaczego Filip chciał popełnić samobójstwo. Okazuje się, że Michał Karkoszka ma życie prywatne – związany jest z piękną chirurg plastyczną z Gdańska…