Prom Tripa pada ofiarą ataku nieznanego agresora. Oba statki są zmuszone lądować na pobliskim księżycu, gdzie o świcie zapanują śmiertelnie niebezpieczne warunki.
Kapitan Archer i Trip zostają oskarżeni o przemyt i trafiają do kolonii karnej Canamar. Podczas negocjacji o ich uwolnienie na terenie kolonii wybucha bunt.
Travis Mayweather opuszcza Enterprise, gdy statek napotyka transportowiec Horizon, na którym chorąży spędził dzieciństwo. Jednak spotkanie z rodziną nie przebiega dobrze.
Na prośbę Phloxa załoga Enterprise próbuje uratować trzech naukowców z planety Xantoras, skąd wszyscy przybysze z innych planet muszą się ewakuować w ciągu trzech dni.
Podczas badania pierwszego napotkanego przez ludzi hiperolbrzyma załoga Enterprise nawiązuje kontakt z Vissianami — wysoce rozwiniętą rasą o trzech płciach.
Załoga pomaga uciec z niewoli przedstawicielce obcej rasy, która na pokładzie statku wykorzystuje swoje nietypowe zdolności do gromadzenia ludzkich danych biometrycznych.
Załoga Enterprise odkrywa laboratorium Xindi, w którym prowadzona jest rafinacja kemocytu — głównego składnika broni budowanej w celu zniszczenia Ziemi.
Nie chcąc zostawić T’Pol na pastwę losu, kapitan Archer pada ofiarą anomalii. Zaraża się pasożytem mózgu, który uniemożliwia mu tworzenie nowych wspomnień.
Enterprise dostaje się w pole cząstek nukleonicznych. Kapitan Archer postanawia stworzyć klon Tripa o błyskawicznym tempie rozwoju, co może uratować mu życie.