Akcja filmu dzieje się w 1581 r. Po tym jak umiera matka królowej Szkotów, Maria Stuart (Clemence Poesy) wraca z wygnania z Francji do Szkocji. W jej rodzinnym kraju obecnie są zamieszki religijne. Powodują one rozdarcie narodu na dwie odrębne grupy. Przywódcą protestantów staje się lord James Stuart (Robert Carlyle), jej przyrodni brat. Obiecuje on pomóc Marii w zaprowadzeniu porządku w Szkocji. Jednak nowa królowa Szkotów szuka pomocy u swoich współwyznawców katolicyzmu. Stuart powoli zdobywa uznanie wśród mieszkańców jej rodzinnego kraju. Królowa Elżbieta I (Catherine McCormack) musi szukać nowego sposobu na pokonanie Marii, swojej kuzynki.