Rok 2015, piętnaście lat po kataklizmie, który ludzkość nazwała drugim uderzeniem. Czternastoletni Shinji Ikari przybywa do Tokio-3 na wezwanie swojego ojca, którego nie widział jakiś czas i do którego ma mieszane uczucia. Okazuje się, że ojciec Shinjiego – Gendō – chce powierzyć mu pilotowanie evangeliona: robota, którego zadaniem jest walka z aniołami – istotami chcącymi zniszczyć ludzkość. Niechętny temu na początku Shinji ostatecznie zgadza się pilotować robota. Pozostaje w Tokio-3 na dłużej, na wypadek ataku kolejnego anioła, zamieszkuje ze swoją nową opiekunką, Misato Katsuragi, idzie do nowej szkoły. Shinji jest jednak outsiderem, nawiązywanie kontaktów z innymi przychodzi mu bardzo trudno, ze wszystkich sytuacji stara się wyjść w ten sam sposób – robiąc to, o co się go prosi. Wkrótce jednak okaże się, że nie można żyć tak przez cały czas – spotka nowych ludzi, stanie przed nowymi zadaniami. „Neon genesis evangelion” oprócz znakomitej rozrywki jest także dziełem głęboko filozoficznym – oprócz tego, co dzieje się na ekranie, widz poznaje także rozterki, radości, smutki, sukcesy i niepowodzenia bohaterów, bardzo mocno zagłębiając się w ich psychikę i osobowość. Jeśli dobrze przeanalizuje się serial, znajdzie się w nim drugie, a może nawet trzecie i czwarte, dno.