W skutek kontaktu z pewnymi chemikaliami szczur Splinter i cztery małe żółwie ulegają mutacji. Rosną, zaczynają mowić i zachowywać się jak ludzie. Ukrywają się w kanałach, gdzie ćwiczą karate i objadają się pizzą. Kiedy miasto popada w ręce gangu, którego szefem jest Shredder, dawny wróg Splintera, Michaelangelo, Leonardo, Donatello i Raphael muszą wykorzystać swe umiejętności i stawić czoła zagrożeniu.