Bitwa o Ziemię zakończyła się, ale bitwa o wszechświat właśnie się rozpoczęła. Po powrocie do Cybertronu, Starscream przejmuje dowodzenie nad Deceptikonami i decyduje się na powrót na Ziemię z nowymi siłami. Autoboty, wierząc, że pokój był możliwy, dowiadują się, że ciało Megatrona zostało skradzione z armii Stanów Zjednoczonych przez Skorpinoxa, który przywraca go do życia. Teraz Megatron wraca szukając zemsty razem z Starscreamem i innymi Decepticonami. Autoboty będą musiały stawić im czoła.