Dwójka amatorów wspinaczki zostaje zamordowana. Przy nich zostaje znaleziony duży diament. Don i jego ekipa poszukują morderców. W międzyczasie Charlie dochodzi do wniosku, że powinien ponownie otrzymać uprawnienia od FBI, zaś do zespołu dołącza nowa agentka.

Don i ekipa poszukują grupy porywaczy. Seria przestępstw staje się sprawą bardziej poważną, gdy podczas rabunku przy bankomacie ginie kobieta. Rozpoczyna się pościg za przywódcą gangu. Nowa agentka, Nikki, zgadza się wystąpić w roli przynęty. Zaangażowanie w sprawę Charliego przysparza kłopotów Donowi.

Osiem osób, w tym dwóch policjantów, zostaje zamordowanych w kawiarni. Wszystko wskazuje na to, że była to egzekucja. Bohaterowie odkrywają skomplikowaną sprawę, w której łączą się elementy szantażu, romansu i korupcji. Jednocześnie McGowan wciąż kontynuuje śledztwo w sprawie Charliego i Dona.

Ekipa Dona pomaga agentowi Bloomowi, staremu wydze z FBI, namierzyć oszusta, którego Bloom ściga od lat. W międzyczasie ogłoszona zostaje końcowa decyzja odnośnie pozwolenia dla Charliego. Jednak ma ona konsekwencje nie tylko dla niego - zagrożona jest również pozycja Dona.

Bohaterowie ścigają przestępcę, który pracuje w przemyśle transportowym. W międzyczasie ginie jeden z agentów Dona. Tragiczne wydarzenie sprawia, że Don zaczyna poważnie zastanawiać się nad swoją rolą przywódcy ekipy.

Ginie jeden z przyjaciół Dona i Charliego. Śmierć zostaje uznana za nieszczęśliwy wypadek. Bracia nie są jednak pewni, czy faktycznie był to tylko tragiczny zbieg okoliczności. Ich śledztwo odkrywa coś szokującego.

Dochodzi do zderzenia pociągu pasażerskiego z towarowym. Don i ekipa muszą ścigać się z czasem, by wydobyć z katastrofy wszystkie ofiary. Jednocześnie usiłują ustalić, czy kolizja była wypadkiem, czy też mają do czynienia z atakiem terrorystycznym.

FBI prowadzi dochodzenie w sprawie zamachu bombowego na siedzibę organizacji charytatywnej. To, co z początku wydawało się aktem terrorystycznym, okazuje się mieć zupełnie inne podłoże, a Don, Charlie i ich zespół odkrywają kolejne tajemnice, które skrywa organizacja.

Charlie musi współpracować ze swoim konkurentem, gdy FBI zostaje wezwane do pomocy oddziałowi policji w Los Angeles. Tam, samozwańcza grupa strażników prawa przeciwdziała przestępstwom zlecanym przez szefa mafii, Vica Toonera. Tymczasem Don rozważa, czy wiara w Boga i religijność pomoże mu w znalezieniu odpowiedzi na gnębiące go pytania.

Buck Winters, przestępca, którego Don posłał za kratki jakiś czas temu, uciekł właśnie z więzienia i zmierza w stronę Los Angeles. Współpracownicy Dona obawiają się, że Buck chce zemścić się na nim za zabicie jego dziewczyny, Crystal Hoyle. Zespół stara się wytropić Bucka i jego pomocników, natomiast Don przypomina sobie akcję zatrzymania Bucka i zastanawia się, czy nie nadużył wtedy swoich kompetencji.

Autobus z turystami zwiedzającymi Hollywood zostaje porwany, a FBI ma tylko 4 godziny na spełnienie ich żądań i zdobycie 18 milionów dolarów lub uwolnienie zakładników. Zespół otrzymuje nieoczekiwaną pomoc od byłego policjanta, który znajduje się w autobusie i przesyła im nagranie z wnętrza. Sprawy się jednak komplikują.

FBI współpracuje z Urzędem Imigracyjnym, gdy w chińskiej dzielnicy ich tajny agent zaginął w podejrzanych okolicznościach. Wybucha walka między konkurencyjnymi gangami o wpływy na czarnym rynku. Medium Samuel Kraft powraca, by pomóc w odnalezieniu agenta FBI. David i Colby trafiają na moment, w którym Jimmy, przywódca jednego z gangów, zabija swego rywala Henry'ego. Strzelają do Jimmy'ego, eliminując w ten sposób jedynego człowieka, który mógł wyjaśnić im, co zapoczątkowało wojnę gangów.

Ktoś włamał się do konsulatu Filipin i skradł wartą 250 000 dolarów parę sportowych butów. Konsul jest zdruzgotany i wyjaśnia agentom, że kolekcjonerzy limitowanych linii takiego obuwia są gotowi zrobić wszystko, by je mieć. Agenci skupiają się początkowo na głównym rywalu konsula, raperze Lil' Nutz, lecz wkrótce okazuje się, że drogocenna para butów jest w rękach albańskiego gangu.

Gdy Robin Brooks przegrywa sprawę sądową o morderstwo informatorki, zespół przyjmuje to bardzo emocjonalnie. Rozpoczyna się śledztwo mające udowodnić zabójstwo Damonowi Lake'owi, handlarzowi bronią. Mężczyzna zabił informatorkę FBI, która była jego dziewczyną. Zwracają się do Charliego po pomoc w zrozumieniu, jak ława przysięgłych mogła uniewinnić Lake'a.

Charlie ma plan, który ma powstrzymać rozprowadzanie niebezpiecznego narkotyku na ulicach Los Angeles. Wymaga to jednak udziału jednego z agentów w tajnej akcji wewnątrz gangu, co w przypadku ujawnienia równa się z jego śmiercią. Czy Liz, która podejmuje się tego zadania, będzie w stanie wykonać je pomimo utrudnień, których Charlie nie przewidział w swoim planie?

Zamordowany zostaje programista, który stworzył skomplikowany system sztucznej inteligencji. Głównym podejrzanym staje się superkomputer - jego dzieło. FBI bada sprawę. Cały projekt wykonany był na zamówienie Departamentu Obrony i pomimo morderstwa, jego szefowa, Susan Calvin, nie widzi przeszkód, by go kontynuować. Amita i Charlie sprawdzają techniczny aspekt projektu. Odkrywają, że jest to pierwsza maszyna, która przeszła pozytywnie test Turinga, pomagający stwierdzić, czy komputer ma świadomość swego istnienia.

Zespół prowadzi wyścig z czasem, sprawdzając podaną w ostatniej chwili informację, która może zapobiec egzekucji szefa mafii. David Coburn ma zginąć dokładnie w południe następnego dnia. Tymczasem Charlie pomaga drużynie koszykarskiej przełamać złą passę. W odcinku pojawiają się gwiazdy NBA, Pau Gasol i Jordan Farmar.

Grupa radykalnych aktywistów na rzecz obrony praw zwierząt włamuje się do CalSci - Instytutu, gdzie na co dzień pracuje Charlie. Na widok pracującego po godzinach profesora Prestona Horowitza wpadają w panikę i zabijają go. Zespół FBI wpada na trop Josha Landona. To cierpiący na schizofrenię student CalSci oraz aktywista walczący o prawa zwierząt. David i Nikki udają się na wykład, na którym jest Josh. Ich wizyta powoduje u niego wybuch agresji, który kończy się wzięciem dwóch profesorów jako zakładników i zabarykadowaniem się w laboratorium.

Charlie myli się w obliczeniach na temat sprawy włamań do domów i w konsekwencji Don zostaje ranny podczas akcji. Według Charliego na miejscu powinno być czterech przestępców - nie przewidział on jednak obecności piątego, który właśnie zaatakował Dona. Charlie obwinia siebie i stara się ze wszystkich sił złapać szajkę, podczas gdy jego brat walczy o życie w szpitalu. Po pewnym czasie okazuje się, że jego kalkulacje były prawidłowe, a za obecnością piątego mężczyzny kryje się zupełnie inny motyw.

Charlie nadal czuje się odpowiedzialny za to, że jego brat niedawno otarł się o śmierć. Poświęca się pracy dla FBI i sam wpada na trop seryjnego mordercy grasującego w Los Angeles. Jego odkrycie bazuje na skomplikowanych wyliczeniach matematycznych. Zastępujący Dona, David, domaga się dowodów, zanim będzie mógł przydzielić ludzi do tej sprawy. Do pomocy Charliemu zgłasza się Ron McGill, detektyw-amator, którego hobby to tropienie przestępców. Wspólnie odkrywają, że seryjny morderca może być odpowiedzialny za kilkadziesiąt spraw nierozwiązanych przez FBI.

Zespół Dona prowadzi śledztwo w sprawie napadu na bank, który jest dokładnym odzwierciedleniem napadu z 2002 roku. Tamta sprawa nie została nigdy rozwiązana. Nikki i Colby przesłuchują agenta FBI, który prowadził śledztwo w 2002 roku. Jednak wkrótce okazuje się, iż to właśnie agent Bloom może być głównym podejrzanym, gdy pozbywa on się z archiwum FBI akt dotyczących napadu z 2002 roku oraz dwóch innych włamań.

Amita zostaje uprowadzona przez sektę. Jej założyciel wykorzystuje kobiety do popełniania przestępstw i tym razem chce, by Amita włamała się do internetowego systemu bankowego i wykasowała wszystkie kredyty, co doprowadzi do załamania ekonomii USA. W śledztwie pomaga agent Edgerton, który od jakiegoś czasu obserwuje poczynania sekty. Charlie odkrywa, że Amita używa jego konta i chce w ten sposób przekazać mu wiadomość.