Ta nowa przygoda słynnego detektywa rozgrywa się na morzu, niedaleko wyspy Hachijô w Tokio. Inżynierowie z całego świata zebrali się, aby przeprowadzić zakrojoną na szeroką skalę operację, morskiej instalacji łączącej kamery bezpieczeństwa należące do sił policyjnych na całym świecie. Ponadto testowana jest tam nowa technologia wykorzystująca system rozpoznawania twarzy. W międzyczasie Conan, który odwiedza wyspę z Młodszymi Detektywami, otrzymuje telefon od Subaru Okiyi z informacją, że pracownik Europolu został zamordowany w Niemczech przez Gina z Organizacji Facetów w Czerni. Zaniepokojony Conan zakrada się na statek policyjny dowodzony przez Kurodę i odkrywa, że ​​Organizacja porwała inżyniera. Żałosne skrzypienie odbija się echem od dna morskiego, gdy czarny cień wisi nad Ai Haibarą...