Pragnąc ustanowić pokój w Rzymie, Aleksander VI utrzymuje kardynalstwo Della Rovere, obłaskawiając w ten sposób jego sprzymierzeńców. Brzemienna Lukrecja opuszcza klasztor. Juan zostaje zamordowany. Wstrząśnięty śmiercią syna Aleksander przysięga posłuchać ostrzeżenia Boga i raz na zawsze skończyć z przekupstwem w Kościele. Śledztwem kieruje Cezar, choć przez niektórych jest uważany za podejrzanego. Udaje mu się nakłonić ojca, by pozwolił mu zrezygnować z kardynalstwa i budować imperium Borgiów jako żołnierz.
Karol VIII niespodziewanie umiera, a nowy król wygania ze dworu kardynała Della Rovere, którego czeka proces w Rzymie. Lukrecja zakochuje się w hiszpańskim żołnierzu, którego na jej drodze postawił ojciec, by udowodnić, że jej powołanie nie jest dostatecznie silne. Juan przypisuje sobie bohaterskie czyny pewnego hiszpańskiego generała, co zwiększa nienawiść Cezara do brata. Aleksander wysyła Cezara do Florencji, aby zaproponować stanowisko kardynalskie Savonaroli. Ten odmawia i jest ekskomunikowany. Cezar zawiera przeciw niemu przymierze z franciszkanami.