Więźniowie odzyskują wolność, by znowu wrócić do więzienia. Bracia wydają na siebie wyroki śmierci, członkowie rodziny porywają się nawzajem, a papież zaskakuje swoich współpracowników. Co stanie się z uwięzionym Cezarem? Czy małżeństwo Lukrecji przetrwa mimo oporu wśród krewnych Alfonso? Czy jedną decyzją Giulia przekreśli zarówno swoją przyszłość, jak i karierę Alessandro? Jaki los czeka całą rodziną Borgiów? Ostatni odcinek trzeciego sezonu w pełni uzasadnia zestawianie Prawdziwej historii rodu Borgiów z Grą o Tron. Zemsty, zdrady, zakazana miłość – to tylko część wydarzeń, które na zawsze zmienią życie wszystkich bohaterów.
Lukrecja jest zszokowana położeniem brata. Jej problemy nie kończą się jednak na tym – rodzina jej męża pogrąża się w konfliktach, a po śmierci ostatniego dziecka, Alfonso chce się z nią rozwieść. Rozpadowi małżeństwa może zapobiec tylko kolejna ciąża. Gdy d'Este stara się o dziedzica, Cezar spiskuje, by odzyskać wolność. W jego plany zostaje wmieszany król Ferdynand, Joanna Szalona i cały ród Habsburgów. Nagłe śmierci, zmiany w następstwie tronów i zdrady wśród najbliższych krewnych – jeśli komuś wydaje się, że widział już wszystko, będzie zaskoczony. Czy Cezar zdoła się uratować? A może kolejne intrygi jeszcze pogorszą jego sytuację?