Mortal Kombat - ostateczna rozgrywka opowiada o finałowym starciu Raydena, obrońcy królestwa ziemskiego i Shao Khana, cesarza zaświatów. Rayden zostaje podstępnie wciągnięty do krainy zaświatów Shao Khana. Staje do nierównej walki z jego władcą. Pozbawiony swojej mocy toczy ostateczną walkę miedzy dobrem a złem.