Miasto Los Angeles zostało zniszczone przez trzęsienie ziemi i zamienione w więzienie. Zsyłani są tam najróżniejsi kryminaliści, którzy w niedługim czasie tworzą silną armię. Na ich czele staje Cuervo Jones, a przyłącza się do nich córka prezydenta Utopia (która kradnie ojcu klucz do tajnej broni). Agenci odnajdują byłego komandosa Snake′a Plisskena, któremu zlecają odzyskanie tajnej broni. Snake nie ma wyjścia, ponieważ wszczepiony zostaje mu zabójczy wirus...