Oskarżona o zabójstwo Brennan, wraz z córką Christine, wciąż ukrywa się przed FBI. Pomaga jej w tym ojciec, Max. Koledzy z Instytutu Jeffersona robią wszystko, co w ich mocy, aby dowieść, że kobieta została wrobiona w morderstwo przez diabolicznego geniusza, Christophera Pelanta. Sprawa nabiera tempa dzięki anonimowej wskazówce, która prowadzi do odkrycia szczątków zaginionej przed ponad dziesięcioma laty szkolnej pedagog. Rozwiązanie zagadki jej śmierci może prowadzić do oczyszczenia Brennan z zarzutów.

Zespół z Instytutu Jeffersona prowadzi śledztwo w sprawie zabójstwa wpływowego i bezwzględnego adwokata rozwodowego, który miał wielu wrogów. Wszystko jeszcze bardziej się komplikuje, gdy okazuje się, że młoda asystentka prawnika zniszczyła ważny materiał dowodowy, mogący przyczynić się do rozwiązania sprawy. Tymczasem Brennan usiłuje powrócić do normalnego życia. Jej stosunki z Boothem robią się coraz bardziej napięte. Nie ulega wątpliwości, że trzymiesięczna separacja odbiła się negatywnie na ich związku.

W hotelowym, podziemnym parkingu dochodzi do eksplozji. Zespół z Instytutu Jeffersona musi zbadać szczątki znalezione w miejscu wybuchu, aby ustalić kim jest ofiara. Dochodzenie robi się jeszcze bardziej pogmatwane, gdy okazuje się, że zidentyfikowany przez śledczych mężczyzna wcale nie jest martwy. Na prośbę Carolyn, Booth musi zająć się pracą przy biurku i uzasadnić wysoki poziom wydatków w budżecie wydziału. Sweetsowi zostaje przydzielona tymczasowo nowa partnerka, agentka Olivia Sparling.

Zespół z Instytutu Jeffersona prowadzi śledztwo w sprawie śmierci Jareda Drew, byłego właściciela sklepu z narzędziami, który dorabiał jako pracownik targów zoologicznych. Mężczyznę zastrzelono, ponadto wykryto u niego zatrucie krwi. Okazuje się również, że ofiara została zaatakowana przez tygrysa syberyjskiego – gatunek zagrożony, którego sprzedaż jest nielegalna. Tymczasem ku rozbawieniu Bootha, Brennan zastanawia się czy powinna w przyszłości kandydować na Prezydenta i wciąż wylicza swoje zalety.

W miejskim pojemniku na śmieci zostaje odkryte porzucone i straszliwie okaleczone ciało kobiety. Ofiarę wypatroszono i żywcem obdarto ze skóry. Zmarła to Jessica Pearson, współzałożycielka firmy produkującej sos jabłkowy, jednego z wielu biznesów działających w ramach rzemieślniczej społeczności. Kobieta była prześladowana przez miejscowego rzeźnika i skrywała wiele sekretów. Tymczasem od momentu zerwania z Daisy, Sweets pomieszkuje w swoim biurze. Booth proponuje mu zatrzymanie się u niego i Brennan dopóki nie znajdzie sobie nowego mieszkania.

Brennan zaczyna fascynować się koszykówką oraz filozofią legendarnego trenera Phila Jacksona, który stworzył koncepcję pracy zespołowej. W tym duchu wyznacza swoim pięciu najlepszym stażystom zadanie przeanalizowania nieprzebadanych dotąd szczątków ze zbioru Instytutu Jeffersona oraz podjęcia próby identyfikacji ofiar. Podczas śledztwa młodzi badacze odkrywają tożsamość mężczyzny, który zginął w wyniku ataku terrorystycznego z 11 września. Muszą ustalić czy był on sprawcą przestępstwa czy ofiarą.

Zespół z Instytutu Jeffersona musi ustalić okoliczności śmierci specjalisty, który zajmował się porządkowaniem miejsc zbrodni. Jego szczątki zostają znalezione w wyrzuconej przez morze na plażę zamkniętej szczelnie kapsule. Tymczasem Arastoo ujawnia zamiłowanie do poezji. Booth i Brennan starają się przekonać sceptycznie nastawionego Sweetsa do oddzielenia życia prywatnego od zawodowego. Natomiast Angela i Hodgins podejrzewają, że Cam ma sekretny romans.

Uliczny artysta, który potajemnie okleja billboard reklamowy swoją sztuką, spada z rusztowania i ląduje we własnym kleju oraz ludzkich szczątkach. Zespół musi nie tylko ustalić tożsamość ofiary, ale również znaleźć skuteczny sposób na usunięcie części zwłok, które są wciąż przyklejone do pleców pechowego graficiarza. Tymczasem Booth prowadzi poszukiwania potencjalnych podejrzanych i próbuje swoich sił w stand-upie. Angela zauważa, że podoba jej się uliczny artysta.

W szklarni zostaje znalezione porzucone ciało chłopca, którego dusza nie przeszła jeszcze na drugą stronę. Avalon Harmonia uważa, że zmarły ich obserwuje i będzie ich nawiedzał dopóki sprawa nie zostanie zakończona. Obecność jasnowidzki sprawia, że zespół zaczyna zastanawiać się nad swoimi przekonaniami odnośnie życia po śmierci. Brennan, która ma teraz własne dziecko, bardzo emocjonalnie podchodzi do ofiary. Okazuje się, że chłopiec to zaginiony przed dwoma laty czternastolatek – Colin Gibson.

Zespół z Instytutu Jeffersona bada okoliczności śmierci tancerki tańca towarzyskiego, która zginęła w przeddzień ważnego, telewizyjnego konkursu tanecznego – programu z nagrodą w wysokości pół miliona dolarów, gwarantującego zwycięzcom sławę i kontrakty reklamowe. W kręgu podejrzanych znajdują się były partner zmarłej, jego obecna partnerka oraz inni uczestnicy show. Booth, który dorabiał na studiach ucząc tańca towarzyskiego, wraz z Brennan postanawiają wziąć udział w konkursie i tym samym zbliżyć się do potencjalnego sprawcy. Tymczasem Hodgins i Wendell desperacko szukają sposobu na usunięcie kryształów pokrywających kości ofiary.

Słynny podróżnik, autor książek i archeolog o wątpliwej reputacji zostaje zamordowany wkrótce po dokonaniu ważnego odkrycia naukowego. Zmarły znalazł mające tysiące lat kości przedstawicieli Neandertalczyków i Homo sapiens, którzy żyli ze sobą w tej samej jaskini. Być może jest to pierwsza tego typu para w historii. Brennan i dr Edison walczą o to, kto powinien zbadać starożytne szczątki. Sweets i Booth martwią się, że ambitne podejście Brennan do rozwoju Christine może odbić się niekorzystnie na psychice dziecka.

Hodgins i Angela zostają odurzeni gazem podczas snu, a po przebudzeniu się ze zgrozą odkrywają leżące na baldachimie ich łóżka wypatroszone i obdarte ze skóry zwłoki mężczyzny. Ponadto w kołysce ich synka ktoś rozsypuje nasączone krwią płatki kwiatów. Hodgins obawia się, że sprawcą może być żądny zemsty Christopher Pelant. W ramach śledztwa, zespół z Instytutu Jeffersona odkrywa, że ciało należy do agenta służb specjalnych powiązanego z organizacją werbującą najemników. Hodgins i Angela ignorują prośbę Bootha, by zgodnie z protokołem sprawą zajęło się FBI i rozpoczynają dochodzenie na własną rękę.

W pobliżu szlaku turystycznego znalezione zostają szczątki ciał, a doktor Brennan (Emily Deschanel) odkrywa, że są to kości dwóch kobiet. Agent Seeley (David Boreanaz) zwraca uwagę na właściciela pobliskiego zakładu pogrzebowego, który budzi jego podejrzenia. Wraz z rozwojem śledztwa okazuje się, że kobiety były ofiarami morderstwa.

Brennan i Booth prowadzą śledztwo w sprawie śmierci profesjonalnej zawodniczki wyścigów na wrotkach. Jej poćwiartowane i potraktowane kwasem ciało zostało znalezione w rzeźni. Aby lepiej przyjrzeć się środowisku denatki, angażują do pomocy Angelę, która pod przykrywką wstępuje do drużyny wrotkarek. Tymczasem Cam stara się odkryć powód potajemnych wizyt Bootha w szpitalu, a Hodgins docieka, co dręczy Wendella.

Brennan zostaje postrzelona, pracując do późna w laboratorium. W stanie ciężkim przebywa w szpitalu, gdzie przez moment doznaje przeczących logice wizji zmarłej matki. Lekarze nie są w stanie znaleźć kuli, ani rany wylotowej. Zespół z pomocą agentki Olivii Sparling stara się ustalić tożsamość strzelca i dochodzi do wniosku, że sprawcą musi być ktoś pracujący w Instytucie Jeffersona.

Zespół z Instytutu Jeffersona bada szczątki piętnastolatka. Przez matkę i bliskich przyjaciół chłopak uznawany był za inteligentnego, choć miał problemy z nawiązywaniem kontaktów z innymi. Zespół odkrywa jednak, że ten rzekomo niewinny nastolatek wplątany był w nielegalną działalność i dwa tygodnie wcześniej brał udział w licealnej imprezie, podczas której brano narkotyki. W śledztwie dochodzi do nieprzyjemnego zwrotu po tym, jak nieletnia dziewczyna wyznaje, że została zgwałcona, co jeszcze bardziej pogrąża chłopaka. Tymczasem Finn zastanawia się czy powinien powiedzieć Cam, że jej córka przyjechała na weekend do Waszyngtonu.

W Instytucie Jeffersona pojawia się świetnie wykształcony nowy stażysta, Oliver Wells. Radość z wykonywanej pracy często pozbawia go zdrowego rozsądku, a wybitny intelekt sprawia, że bywa arogancki. Jego ekscentryczne aczkolwiek trafne uwagi działają Brennan na nerwy. Pomimo to Temperance stara się być bardziej otwarta na naukowe teorie i wziąć pod uwagę te, które wcześniej wykluczyła. Tymczasem Booth postanawia zainwestować w kosmiczne górnictwo, usiłując zapewnić Christine dobrą przyszłość. Brennan jednak uważa, że jej partner niepotrzebnie szasta pieniędzmi.

Zespół z Instytutu Jeffersona zajmuje się sprawą śmierci Symchaya Conteha. Jego szczątki odkryto w beczce na terenie zakładu, zajmującego się utylizacją niebezpiecznych odpadów. Młody mężczyzna był imigrantem z Sierra Leone, który pracował w kilku miejscach, starając się wiązać koniec z końcem. W miarę jak zespół zagłębia się w śledztwo, okazuje się, że Symchay jako siedmiolatek został wcielony do armii i zmuszony do zabijania. Arastoo, który również dorastał w rozdartym wojną kraju, podchodzi do całej sprawy bardzo emocjonalnie i ściera się z Hodginsem, ponieważ nie zgadza się z wynikami jego testów. Brennan i Booth zastanawiają się, gdzie pojechać na wakacje. Cam i Arastoo coraz trudniej jest ukrywać swoją zażyłość w tajemnicy.

Zespół bada okoliczności śmierci kobiety o imieniu Deanna, byłej sierżant piechoty morskiej, której zwęglone ciało znaleziono w uzbrojonym bunkrze. Ofiara została rok wcześniej zwolniona z wojska z powodu bójki z inną żołnierką. Miała także na swoim koncie inne przewinienia, w tym napaść na oficera. Podczas śledztwa okazuje się również, że kobieta wierzyła w nadchodzący koniec świata i należała do grupy osób przygotowujących się do apokalipsy. Tymczasem Sweets znajduje mieszkanie, które mu się podoba, ale Brennan i Booth wciąż wątpią w to, że przyjaciel wyprowadzi się z ich domu.

W zaparkowanym na pustej działce SUVie zostaje znalezione ciało funkcjonariusza policji, który jako tajniak prowadził śledztwo w sprawie szeregu napadów na bankomaty. Mężczyznę zastrzelono, po czym wyjęto kule, aby uniknąć identyfikacji. W okaleczonym ciele ofiary znaleziony zostaje także woreczek diamentów. Przebieg śledztwa filmowany jest przez żądnego mocnych wrażeń Andrew Jursica. Dokumentalista został zatrudniony do nakręcenia filmu, którego celem ma być zebranie środków na działalność Instytutu Jeffersona. Niestety sztywniacka osobowość Brennan nie robi najlepszego wrażenia i bardziej przeszkadza niż pomaga w ukazaniu przyjaznego oblicza Instytutu. Tymczasem Andrew zadurza się w Caroline Julian.

Zespół prowadzi śledztwo w sprawie zamordowania telewizyjnej producentki. Kobieta pracowała przy tworzeniu sądowego reality show. Jej zadaniem była rekrutacja uczestników, których celowo podżegała, aby program był bardziej widowiskowy. Tymczasem Brennan jest zszokowana zachowaniem Christine, gdy ta zostaje posądzona o ugryzienie innego przedszkolaka. Hodgins wykorzystuje laboratorium Instytutu Jeffersona do odtworzenia receptury pikantnego sosu Finna.

Zespół z Instytutu Jeffersona prowadzi śledztwo w sprawie zamordowania Jacka Spindlera, odnoszącego zawodowe sukcesy maklera, który wieczorami dorabiał na boku jako striptizer. Ciało mężczyzny, przebranego za strażaka, porzucono w budynku przeznaczonym do rozbiórki. Zabójca miał nadzieję, że wyburzenie za pomocą ładunków wybuchowych spowoduje zniszczenie dowodów zbrodni. Gdy śledczy dowiadują się, w jaki sposób dodatkowe zajęcie wpływało na życie osobiste denata, zaczynają przesłuchiwać najbliższych, w tym jego przyjaciela Storma, również striptizera. Tymczasem matka Bootha, której ten nie widział od 24 lat, pojawia się bez zapowiedzi i ma do niego szczególną prośbę.

Zespół z Instytutu Jeffersona gorączkowo stara się zapobiec rozprzestrzenieniu się zabójczego wirusa, jednocześnie prowadząc śledztwo w sprawie zabójstwa dziennikarki Mii Garrett. Kobieta była blogerką, piszącą o przemyśle farmaceutycznym i badaniach medycznych. Jak twierdzi jej chłopak, przed śmiercią zajmowała się jakąś dużą sprawą, o której nie chciała z nikim rozmawiać. Gdy wirusem, który zabił Mię zaraża się stażysta Arastoo Vaziri, jedyną szansą ratunku okazuje się rozwiązanie zagadki morderstwa.

Zespół musi zmierzyć się z kolejną perfidią ze strony Christophera Pelanta, który najprawdopodobniej odpowiada za zabójstwa agentów FBI z najbliższego otoczenia Bootha. Pierwszą ofiarą morderczego geniusza jest zastrzelony w parku były partner Bootha, Alan Friedlander, który niedawno odszedł na emeryturę. Po kolejnych morderstwach, Sweets zdaje sobie sprawę, że Pelant włamał się do jego komputera i wykorzystuje wyniki jego własnych badań do zadawania kolejnych ciosów Boothowi i FBI. Podczas gdy Pelant drwi sobie z Bootha, zespół z Instytutu Jeffersona stara się odkryć sposób działania zabójcy, który napędza jego morderczy szał. W obawie o bezpieczeństwo Bootha, Brennan podejmuje ważną decyzję osobistą, która doprowadza Pelanta do wściekłości.