Austin Powers (Mike Myers) nie docenił Doktora Zło (również Mike Myers), który powrócił na ziemię z jej orbity. Doktor Zło pogodził się – po ostrej sprzeczce – ze swym zadziornym synem Scottem Zło (Seth Green), któremu miał do zarzucenia, że jest za mało zły. Z radością powitał również własny, ośmiokrotnie mniejszy od siebie klon (Verne Troyer). Nazwał go Mini-Mój. To wszystko dzieje się w Londynie w roku 1999. Jednakże Doktorowi Zło współczesność już nie wystarcza. Konstruuje wehikuł czasu, którym cofa się do roku 1959. W przeszłości spotyka szkockiego ochroniarza, zwanego Grubą Świnią (znów Mike Myers). Zleca mu wykradzenie ikry ("mojo"), czyli libido – siły życia Austina Powersa, bez której agent będzie bezbronny. Kradzież się udaje i Doktor Zło, pełen nowych sił witalnych, powraca do współczesności, aby po raz kolejny podjąć próbę podbicia świata...