Cezar, który prawdopodobnie winien jest nie tylko zamordowania swojego brata, ale także pozbawienia życia kochanka swojej siostry Lukrecji, Pedro Caldesa, wyjeżdża do Królestwa Neapolu, gdzie jako kardynał koronuje Ferdynanda II. W Neapolu prowadzi życie pełne zbytków i ekscesów, a konieczność sprawowania urzędu kościelnego jest dla niego wielkim ciężarem. Również i matrymonialne plany Cezara mogą wkrótce przynieść mu rozczarowanie. Młody kardynał ubiega się o rękę córki króla Neapolu Carlotty, ale ona jest już przeznaczona innemu mężczyźnie. Lukrecja, która zaszła w ciążę ze swoim, nie żyjącym już, kochankiem Pedro Caldesem, ukrywa się w domu swojej matki Vannozzy Cattanei. Nikt nie może się dowiedzieć, że spodziewa się dziecka, ponieważ jej ojciec, papież, chce ponownie wydać ją za mąż.

Jak pozbyć się Gaceta, papieskiego powiernika znienawidzonego przez wrogów Rodrigo Borgii - papieża Aleksandra VI? Kardynałowie mają już perfidny plan! Jeden z nich, Flores oskarża Gaceta o molestowanie. Za homoseksualizm w ówczesnym Rzymie grożą wysokie kary. Rodrigo jest zmuszony zaaresztować swojego doradcę. Kto zaopiekuje się nowo narodzonym dzieckiem Lukrecji? Chłopca mogłaby wziąć pod opiekę Giulia Farnese, metresa Aleksandra VI - wówczas Rodrigo Borgia mógłby zostać uznany za ojca dziecka, co umożliwiłoby wydanie Lukrecji za mąż. Młoda matka ostatecznie przystaje na tę propozycję, chociaż rozłąka z pierworodnym synem sprawia jej ogromny ból. Tymczasem papież Aleksander VI walczy o uwolnienie Gaceta.

Wśród nowo mianowanych kardynałów najbardziej elokwentny i ambitny jest Juan Borgia Lanzol. W niedługim czasie udaje mu się doskonale zorientować w sytuacji mieszkających w Rzymie krewniaków. Od służących Lukrecji dowiaduje się, że mały Giovanni jest jej synem, co miało być pilnie skrywaną tajemnicą... Tymczasem Cezar wyrusza do Toskanii, by spotykać się z Savonarolą - charyzmatycznym kaznodzieją, któremu udało się nakłonić Florencję - niegdyś stolicę sztuki, piękna i przepychu - do pokuty. Jak się wkrótce okaże, w starciu z elokwencją mnicha Cezar ma niewielkie szanse. Sprytny kaznodzieja doskonale wie, jak wykorzystać wątpliwości i słabości młodego człowieka i jak sprawnie nim manipulować.

Próba ognia - przejście między dwoma płonącymi stosami ma udowodnić słuszność tez Savonaroli. Podobne wyzwanie czeka także i Cezara Borgię. Kaznodzieję będzie reprezentował mnich dominikański. Cezara - franciszkanin. Gdy wszystko jest przygotowane, z nieba na zebranych spada ulewny deszcz, który gasi ogień. Cezar musi uznać zwycięstwo Savonaroli. Lukrecja wciąż jest niezamężna. W imieniu kilkuletniego spadkobiercy Henryka VII o jej rękę prosi arcybiskup Cantenbury. Jednak Lukrecja godzi się na mariaż wyłącznie z dorosłym mężczyzną. Tymczasem do Rzymu przybywa jej dawny kochanek - Alfonso D’Este. Jak się okazuje, namiętność między nimi nie wygasła.

Po zwycięstwie nad Savonarolą Cezar Borgia triumfalnie wraca do Rzymu. Sukces uważa za punkt zwrotny w swojej karierze. Nie rezygnuje z planów poślubienia Carlotty d'Aragon i włożenia na głowę korony króla Neapolu. Oto Borgiowie i ich tajemnice w kolejnym odcinku serialu poświęconego jednemu z najpotężniejszych rodów dawnej Europy. Aby zrezygnować z godności kardynalskiej, Cezar Borgia potrzebuje zgody wszystkich kardynałów, której na razie nie udaje mu się uzyskać. Ale od czego są przekupstwo, szantaż, morderstwa? Sprawnie intrygując, papieski syn uzyskuje w końcu jednomyślność głosujących i zrzuca kardynalski kapelusz.

Wrogowie Rodriga po raz kolejny atakują. Della Rovere chce sprokurować kompromitujący dokument, który pozbawi Borgię tronu papieskiego. Oto Borgiowie i ich tajemnice w kolejnym odcinku drugiego sezonu serialu „Prawdziwa historia rodu Borgiów". Tymczasem kuzyn della Rovere dogaduje się z najbliższym doradcą i powiernikiem papieża Gacetem. Jeśli Gacet uzyska dla niego stanowisko, gotów jest dostarczyć papiery, które mają skompromitować Borgię. Tymczasem trwają poszukiwania uprowadzonego dziecka Lukrecji.

Lekarstwo, którym Rodrigo Borgia leczy smutek po śmierci syna, okazuje się mieć poważne skutki uboczne. Pod jego wpływem następca świętego Piotra traci kontrolę nad swoim zachowaniem. Miewa też halucynacje. Musi odstawić lek. Na odwyku przechodzi straszliwe męki, a po Rzymie krąży plotka, że papież umiera... Czy poddający się leczeniu odwykowemu papież odzyska siły? Podczas gdy Rodrigo przechodzi męki związane z odstawieniem narkotyku, syn papieża Cezar udaje się do Lyonu, gdzie na drodze sprawnych manewrów zamierza uzyskać tak przez niego pożądaną rękę Carlotty d'Aragon.

Mąż Lukrecji Borgii jest o nią szalenie zazdrosny. Aby skierować na siebie uwagę żony, uwodzi jedną z towarzyszących jej dam. Jego plan przynosi jednak odwrotny skutek - Lukrecja jest poirytowana i donosi o zdradzie swemu ojcu papieżowi. Cezar kontynuuje swoją batalię o rękę Carlotty. Musi przeciągnąć na swoją stronę Annę Bretońską, kochankę Ludwika XII. Zamierza to uczynić podejmując aktywne starania o anulowanie małżeństwa Ludwika i Joanny, tak, by dla kochanków otwarła się droga do małżeństwa. Jak zakwestionować sakramentalny związek? Należy w tym celu stwierdzić deformację fizyczną małżonki - staje się zadaniem Cezara i della Roverego. Ich misja kończy się powodzeniem, a Ludwik jest zachwycony. Jednak ręka Carlotty wciąż nie jest dla Cezara.

Wielka porażka Cezara Borgii! Choć starania papieskiego syna o rękę Carlotty d'Aragon stają się coraz skuteczniejsze, bo, jak się okazuje, dziewczyna odwzajemnia jego uczucia, wkrótce wskutek podstępnych manewrów kardynała Briconneta zostanie ona żoną innego mężczyzny! Cezar Borgia stracił szansę na rękę Carlotty d'Aragon. Zraniony i pokonany poprzysięga krwawą zemstę kardynałowi Briconnetowi - człowiekowi, który udzielił ślubu wybrance papieskiego syna z innym mężczyzną. W życiu Lukrecji zachodzą duże zmiany. Papież mianuje ją gubernatorem Spoleto. Choć córka Borgii nie jest przekonana, czy nadaje się do pełnienia tej funkcji, wkrótce okaże się, że w roli władcy radzi sobie zupełnie nieźle.

Cezar Borgia nie zna litości. Syn papieża szykuje się do podboju Mediolanu. Na drodze sprytnych manipulacji zmusza weneckiego ambasadora, by zobowiązał się zatrzymać oddziały cesarza Maksymiliana, które mogą stanąć mu na drodze. A co z życiem prywatnym młodego Borgii? Król Ludwik XII sugeruje mu małżeństwo z Carlottą d’Albert, siostrą króla Nawarry Jana III, spokrewnioną z francuskim monarchą. Czy tym razem małżeństwo Cezara dojdzie do skutku? Spór między zarządzanym przez Lukrecję Borgię Spoleto a sąsiednim Terni nie wygasa. Jak się okazuje, konflikt między społecznościami tych miast ma długą historię. Lukrecji udaje się jednak w końcu zapanować nad sytuacją. Młoda kobieta nie najlepiej się czuje - jak się wkrótce okaże, przyczyną jej dolegliwości jest ciąża. Mąż Lukrecji, Alfons d’Aragon, nie posiada się z radości. Jej ojciec, Rodrigo Borgia, chce, by wróciła do Rzymu. Córka papieża spełnia wolę ojca z ciężkim sercem. Wie, że gdy opuści Spoleto, spór międzysąsiedzki z Terni rozgorzeje na nowo.

Nieudany zamach na papieża? Historia zna takie przypadki. Księżna Caterina, w zemście na papieżu Aleksandrze VI – Rodrigo Borgii – planuje otruć go chorą krwią. Próba kończy się jednak niepowodzeniem. Niedoszła zabójczyni papieża ucieka. Syn papieża Cezar Borgia spędza miłe chwile z niedawno poślubioną Carlottą d’Albert, siostrą króla Nawarry Jana III, szykując się do natarcia na Mediolan. Czy uda mu się zgromadzić odpowiednią ilość wojsk? Do jakich podstępnych manewrów się odwoła? Czy znajdzie sojuszników? Czy wesprze go jego ojciec? Córka papieża, Lukrecja Borgia, która przybyła właśnie do Rzymu i spodziewa się dziecka, podejmuje działania, by pogodzić zwaśnionych członków swojej rodziny. Działa w tym celu wraz z nią Izabela - córką papieża, która nie została przez niego uznana. W trakcie spotkania kobiet z ich ojcem Rodrigiem, niespodziewanie pojawia się syn Izabeli Aurelio. Czy papież uzna swojego wnuka? Czy Lukrecji uda się doprowadzić do pojednania rodziny?

Cezar Borgia szykuje się do kolejnego ataku - tym razem jego celami będą Imola i Forli, ale jego najsilniejsza broń pozostanie niezmieniona... będzie nią, jak zwykle, podstęp... Lukrecja Borgia kontynuuje swoją misję pojednania rodziny. Przekonuje byłą kochankę swojego brata, Cezara Borgii, Fiamettę, by ochrzciła synka, który stał się owocem ich romansu. Uroczystość odbywa się w Kaplicy Sykstyńskiej. Incognito i przez nikogo nie zauważony na miejscu zjawia się także ojciec dziecka, Cezar Borgia. Nowy członek rodziny, niedawno uznany wnuk Aleksandra VI Aurelio, dostrzega, że papież spogląda na swoją córkę Lukrecję nie jak ojciec, ale jak rozpustnik. Młody mężczyzna pozostanie na to obojętny...