W bazie marynarki zostają znalezione zwłoki marynarza łodzi podwodnej. Mimo to, skład załogi się zgadza, zatem istnieje podejrzenie, że na pokładzie okrętu jest podstawiony terrorysta. Gibbs wraz z Kate przybywają na pokład łodzi aby odnaleźć podstawioną osobę, natomiast agent DiNozzo pracuje na lądzie wraz z młodym technikiem komputerowym Timem McGee.