Dwa lata temu wydawało się, że głównemu bohaterowi filmu udało się już zerwać ze swoją mroczną przeszłością. Oczekiwania te okazują się być błędne – przeszłość powraca bowiem jak bumerang. Bourne’owi i Marie (Franka Potente) przez dłuższy czas udawało się utrzymywać swoją anonimowość, żyjąc nieco na uboczu. Jednak nękany koszmarami z przeszłości, której nadal nie jest w stanie w pełni zrozumieć, Bourne nigdzie nie może dłużej zagrzać miejsca. Przenosi się zatem z jednego miasta do drugiego w swoim mniemaniu starając się być zawsze o krok przed zagrożeniem, jakie w jego głowie budzi każde niewytłumaczalne, podejrzane spojrzenie, każdy tajemniczy telefon. Kiedy zatem pewnego dnia w sennym miasteczku, będącym kolejnym przystankiem Bourne’a i Marie pojawia się podejrzany osobnik, nie pozostaje im nic innego, jak tylko zebrać się i uciekać. Jednak, kiedy gra w kotka i myszkę na arenie międzynarodowej toczy się o wyjątkowo wysoką stawkę, do akcji ponownie wkracza Jason Bourne stworzony przez Treadstone – tajną, obecnie rozwiązaną organizację, która wykreowała zastępy zimnych, bezwzględnych profesjonalnych zabójców. Jak się okazuje, nie jest tak łatwo zerwać ze swoją przeszłością...