Tysiące lat temu mieszkańcy Atlantydy stworzyli kwitnącą cywilizację. Atlantyda była u szczytu swej potęgi, kiedy król postanowił użyć swych niezwykłych mocy do przejęcia władzy nad światem. Wybuchł otwarty konflikt, który doprowadził do zagłady miasta. Atlantyda zniknęła bez śladu i wszelki słuch o niej zaginął. Aż do teraz. Rok 1914. Milo James Thatch, młody kartograf i lingwista, stara się przekonać kolegów z muzeum, w którym pracuje, że wie, gdzie znajduje się legendarna Atlantyda. Jego nieżyjący już dziadek, Thaddeus Thatch, opowiedział mu o tajemniczym "dzienniku Shepherda", starożytnej księdze, która zawiera klucz do odnalezienia zaginionego lądu.