Bailey wstrzymuje swój ślub i walczy o uratowanie życia Adele. Cristina i Owen nie mogą zdecydować, co zrobić ze swoim rozwodem, a Arizona i Callie starają się rozbudzić dawną iskrę w swoim związku. Tymczasem do szpitala trafia grupa motocyklistów, którzy brali udział w straszliwym wypadku.

Meredith, Derek, Cristina i Arizona otrzymują ważne informacje dotyczące pozwu związanego z katastrofą samolotu. Richard stara się unikać romantycznych podchodów Catherine, a Jackson przyjmuje jednego z dawnych pacjentów Marka Sloane’a. Tymczasem Derek rozpoczyna rehabilitację swojej ręki.

Lekarze ze szpitala Seattle Grace znajdują się ponownie na krawędzi, gdy w placówce pojawia się nowa osoba. Arizona zmaga się z bólem emocjonalnym i fizycznym fantomowej kończyny. Walcząc z huśtawką hormonalną spowodowaną ciążą, nadwrażliwa Meredith musi zmierzyć się ze swoimi najgorszymi obawami.

W miarę jak Derek i April pracują bez przerwy nad znalezieniem rozwiązania dla szpitala, Cristina zmaga się z uszanowaniem życzeń rodziny, której syn umiera. Tymczasem Arizona współczuje nastolatce, która staje w obliczu podobnych do jej własnych problemów.

Konkurencja staje się coraz ostrzejsza, w miarę jak kilkoro z lekarzy walczy o zostanie nową twarzą szpitala Seattle Grace. April sprowadza nagły przypadek, a Alex i Jackson pracują z nastoletnią parą transgenderową. Tymczasem szpital wprowadza nowe zasady, które okażą się testem cierpliwości dla personelu.

W miarę jak szpital coraz bardziej chyli się ku finansowej ruinie, Owen musi podjąć parę trudnych decyzji, w tym zrezygnować z kosztownej operacji, która mogłaby uratować życie dziecka. Tymczasem Alex i Jo pracują razem, chcąc uratować życie noworodka, a April prosi Jacksona o radę dotyczącą randkowania.

W miarę jak rozprzestrzeniają się pogłoski na temat finansowych problemów Seattle Grace, Catherine zachęca Jacksona, żeby ten przeprowadził się do Bostonu, a stażyści obawiają się, że mogą stracić pracę. Tymczasem lekarze spotykają się z potencjalnym inwestorem w ramach ostatniej próby ratowania szpitala, a Alex robi wrażenie na Jo, gdy zajmuje się pacjentem.

Rozdźwięk i chaos wytworzony przez nowy zarząd szpitala powodują, że jeden z lekarzy zaczyna kwestionować swoją przyszłość w Seattle Grace. Tymczasem doktorzy i stażyści muszą żonglować kilkoma operacjami przeszczepu narządów w tym samym czasie, a każda z nich przynosi jakieś trudności i przeszkody.

W miarę jak szpital kontynuuje wprowadzanie pozytywnych zmian pod nowym kierownictwem, lekarze zaczynają sobie zdawać sprawę, że bycie właścicielem takiej placówki wiąże się z właściwym sobie zestawem problemów i obowiązków. Tymczasem Meredith martwi się stanem swojego nienarodzonego dziecka, Callie i Arizona starają się przywrócić iskrę w ich związku, a Alex zaciekle konkuruje z nowym chłopakiem Jo.

Na autostradzie w Seattle wybucha cysterna z gazem, raniąc wiele osób, w tym Matthew, ratownika medycznego. Meredith i Jo pomagają zrozpaczonej matce (Sarah Chalke), której dziecko cierpi na tajemniczą chorobę, a Owen zaprzyjaźnia się z chłopcem, którego rodzice znajdują się w stanie krytycznym. Tymczasem prawda wychodzi na jaw, gdy Alex jest zmuszony do współpracy z chłopakiem Jo przy niedomagającym pacjencie

Po otrzymaniu niepokojących informacji, Meredith i Derek podejmują zapobiegawcze kroki w celu zabezpieczenia przyszłości swoich dzieci. Do szpitala Grey Sloan Memorial przyjeżdża grupa syryjskich lekarzy, aby wziąć udział w intensywnym kursie podstaw umiejętności chirurgicznych, które planują zastosować w terenie. April postanawia być uczciwa w stosunku do Matthew w kwestii swojego dziewictwa. Tymczasem wielu pacjentów oczekujących na operację ulega infekcji, co sprawia, że jedna z lekarek zastanawia się czy nie jest to jej wina.

Bailey znajduje się w samym środku śledztwa CDC (Centrum Zwalczania i Zapobiegania Chorobom), dotyczącego śmierci kilku jej pacjentów. Jackson i reszta członków zarządu spierają się o to, w jaki sposób poinformować opinię publiczną o kryzysie. Tymczasem Cristina drażni się z Alexem w kwesti jego niewypowiedzianych uczuć do Jo, a Owen wciąż w szczególny sposób opiekuje się Ethanem, jako że stan jego rodziców pozostaje niepewny.

Lekarze starają się dotrzeć do Bailey, ale ona nadal odcina się od każdego. Po incydencie z babką Ethana, Owen obawia się, że dziecko może trafić do opieki zastępczej. Do Grey Sloan Memorial Hospital przyjeżdża nowa specjalistka od chirurgii czaszkowo-szczękowo-twarzowej (Hilarie Burton), żeby zająć się młodym pacjentem. Tymczasem asystentka iluzjonisty trafia na ostry dyżur po tym, jak magiczna sztuczka wymyka się spod kontroli.

Lekarze ze szpitala Grey Sloan Memorial przygotowują się na potężną burzę, która zbliża się do Seattle. Pragnienie Owena, by stać się rodzicem tym mocniej się pogłębia, im bardziej zbliża się do Ethana. Jeden niewłaściwy ruch powoduje zagrożenie dla życia Meredith i jej dziecka. Tymczasem Jo, w kryzysowym momencie, zwraca się do Alexa o pomoc, a jedna z lekarek doznaje największego szoku w swoim życiu.

W finale dziewiątego sezonu, na zewnątrz rozpętuje się gwałtowna burza, a w miarę jak na ostry dyżur przybywa coraz więcej jej ofiar, zasoby szpitala Grey Sloan Memorial stają się coraz bardziej ograniczone. Tymczasem życie jednego z lekarzy jest zagrożone.

Lekarze ze szpitala Grey Sloan Memorial stają w obliczu zniszczeń pozostawionych przez burzę. Gigantyczna lawina błotna w Seattle rani grupę ratowników i mieszkańców, zmuszając przepracowany oddział ratunkowy do działania. Tymczasem Meredith musi podjąć trudną decyzję, która wpłynie na życie ukochanej osoby, Callie jest poruszona niewiernością Arizony, a życie Richarda wisi na włosku.

Nadal trwa walka o uratowanie ofiar burzy, Callie (Sara Ramirez) podejmuje śmiałą decyzję odnośnie swojego związku, a lekarze zbierają się razem po otrzymaniu przerażających informacji.

Meredith i Derek przyzwyczajają się do życia w domu z noworodkiem, ale trudno im pozostawać z dala od szpitala. Arizona stara się podjąć kroki w celu naprawienia swojego rozbitego małżeństwa. Alex i Jo starają się odnaleźć drogę w swoim nowym związku, a Owen ściera się z Jacksonem z powodu problemów finansowych w szpitalu. Tymczasem April z niepokojem czeka na wyniki egzaminu lekarskiego.

Lekarze ze szpitala Grey Sloan Memorial organizują galę charytatywną, która przeradza się w ostrą rywalizację po tym, jak Jackson składa pochopną obietnicę. Z powrotem w szpitalu, cierpliwość Bailey zostaje poddana próbie, gdy musi poradzić sobie z kilkoma bardzo trudnymi pacjentami. Tymczasem Shane i Stephanie zajmują się sami niesamowicie zapracowanym oddziałem ratunkowym, a Alex wyjawia Jo emocjonalny sekret.

Meredith wskakuje z powrotem do pracy, ale trudno jej jest pogodzić macierzyństwo z byciem dobrym chirurgiem. Stephanie stara się zrobić dobre wrażenie na mamie Jacksona, a Jo za bardzo się angażuje w swojego nowego pacjenta. Tymczasem Callie i Owen muszą poradzić sobie z emocjonalną sytuacją dotyczącą pacjenta.

Derek i Callie pracują przy projekcie mapowania mózgu, Richard zachęca stażystów do używania jego stanu fizycznego jako narzędzia do nauki, a po dyskusji z Callie, Meredith rozważa kontynuowanie badań swojej matki. Tymczasem Shane nadal czuje się winny z powodu śmierci Heather.

Jest Halloween i na lekarzy ze szpitala Grey Sloan Memorial spada grad nawiedzonych pacjentów, którzy wpływają na ich własne plany i stwarzają zagrożenie dla dobra jednego z lekarzy. Tymczasem Derek współpracuje z Benem nad nową techniką chirurgiczną, a Richard powoduje gniew Bailey, gdy prosi drugorocznego rezydenta, żeby wykonał jego kolejną operację.

Problemy pomiędzy Meredith i Cristiną sięgają temperatury wrzenia, gdy jedna z nich w końcu zdradza drugą na rzecz szpitala. Derek mówi Jacksonowi, że ten musi odpuścić i pozwolić lekarzom na drugim roku stażu zajmować się jego pacjentami, a April i Matthew podejmują śmiałą decyzję odnośnie ich związku. Tymczasem Bailey ma trudności związane z powrotem Bena.

Gdy niespodziewany pozew o błąd w sztuce lekarskiej wywraca świat Callie do góry nogami, przyjeżdża jej wspierający ojciec (Hector Elizondo) i dzieli się z nią ciekawym sekretem. Tymczasem retrospektywnie dowiadujemy się paru niespodziewanych szczegółów na temat małżeństwa Callie i Arizony.

Ben martwi się, że luźna rozmowa z Derekiem mogłaby potencjalnie spowodować problemy dla Bailey, Cristina zwraca się do Shane’a, w miarę jak rośnie napięcie w relacjach z Meredith, a nadchodzący ślub April doprowadza do niewygodnej sytuacji pomiędzy Jacksonem i Stephanie. Tymczasem Meredith planuje w swoim domu obiad z okazji Święta Dziękczynienia.

Przyjeżdżają siostry April, aby pomóc w świętowaniu nadchodzącego wesela i szybko zaczynają działać jej na nerwy. Matthew i Jackson zostają zmuszeni do pracy razem, gdy stają się świadkami strasznego wypadku. Callie i Arizona ciężko pracują, żeby odbudować swój związek, a Cristina ulega naciskom, by transmitować na żywo zbliżającą się operację. Tymczasem znajoma twarz powraca do szpitala.

W dniu ślubu April, lekarze ze szpitala Grey Sloan Memorial wszyscy są zajęci swoimi własnymi dramatami. Meredith i Cristina nadal spierają się w kwestii ich badań i kariery, Bailey mówi Benowi całą prawdę na temat swoich uczuć odnośnie jego powrotu do Seattle, a Shane stawia siebie w ryzykownej sytuacji. Tymczasem Derek odbiera telefon, który zmieni jego życie.