Agenci FBI Fox Mulder i Dana Scully prowadzą swoje pierwsze wspólne dochodzenie w sprawie z Archiwum X. Śledztwo dotyczy serii tajemniczych śmierci powiązanych, jak sądzi Mulder, z uprowadzeniem przez istoty pozaziemskie.
Mulder i Scully udają się do Idaho, gdzie prowadzą śledztwo w sprawie zaginięcia wojskowego pilota testowego, który pracował w tajnej bazie lotniczej. Na miejscu wpadają na trop eksperymentalnych samolotów, a Mulder podejrzewa, że wojsko wykorzystuje technologie pozyskane ze statku obcych, który rozbił się w Roswell.
Mulder i Scully prowadzą śledztwo w sprawie serii tajemniczych zabójstw, przy czym nie wiadomo, w jaki sposób morderca przedostaje się na miejsce zbrodni. Głównym podejrzanym jest niejaki Eugene Victor Tooms, całkiem przeciętny dozorca. Mulder podejrzewa jednak, że człowiek ten jest mutantem, który zabija swojej ofiary i pozyskuje ich wątroby, w celu przedłużania sobie życia.
W małym miasteczku w stanie Iowa, znanym z dużej aktywności UFO, znika dziewczyna, w okolicznościach zbliżonych do zaginięcia siostry agenta Muldera. Młodszy brat zaginionej, który był świadkiem zajścia, zaczyna odkodowywać szum pochodzący z przekazu satelitarnego. Mulder wierzy, że jest to klucz do rozwiązania zagadki.
Zabójstwo pewnego bezdomnego mężczyzny, które w szczegółach bardzo przypomina zbrodnię popełnioną w 1947 roku, naprowadza Muldera i Scully na ślad legendarnej bestii, znanej jako Diabeł z Jersey, która od 40 lat grasuje po lasach okalających Atlantic City.
Dwójka terrorystów zostaje znaleziona martwa w jednym z zaułków Filadelfii. Mimo to ich temperatura jak i zachowanie mięśni wydają się być charakterystyczne dla żywej osoby. W trakcie śledztwa Mulder i Scully odkrywają kobietę wokół której dochodzi do niewyjaśnionych morderstw.
W nowoczesnym biurowcu dochodzi do niewyjaśnionych, śmiertelnych wypadków. Mulder i Scully odkrywają, że może być w to zamieszany system komputerowy zarządzający budynkiem który zyskał własną świadomość.
Mulder i Scully prowadzą dochodzenie w stacji badawczej na Antarktydzie. Okazuje się, że zarówno im jak i ekipie naukowców zagraża pasożyt niewiadomego pochodzenia który potrafi przejąć kontrolę nad ludzkimi umysłami.
Wskutek sabotażu misja promu kosmicznego kończy się fiaskiem. Agent Mulder zaczyna podejrzewać, że jeden z astronautów został opętany przez pozaziemską, niematerialną istotę. Sytuację komplikuje fakt, że jest nim pułkownik Marcus Belt którego Fox podziwia od czasów dzieciństwa.
Mulder otrzymuje informacje, że nieznany obiekt latający rozbił się w Townsend. Agent na własną rękę rozpoczyna śledztwo w obszarze objętym rządową kwarantanną, próbując odnaleźć pilota statku szybciej od wojskowych.
Gdy dwaj ojcowie, mieszkający po przeciwnych stronach kraju, zostają w niewytłumaczalny sposób zamordowani dokładnie o tej samej godzinie i w ten sam sposób, Mudler i Scully dowiadują się, że ich ośmioletnie córki są bliźniaczkami jednojajowymi i zostały stworzone w ramach kontynuacji eksperymentu eugenicznego z lat 50., który polegał na klonowaniu chłopców o imieniu Adam i dziewczynek o imieniu Ewa. Klony były silniejsze i bardziej inteligentne, ale jednocześnie skłonne do zaburzeń psychotycznych.
W tym odcinku agenci Archiwum X pracują wraz z inspektorem ze Scotland Yardu. Mają odnaleźć człowieka, który potrafi wzniecać ogień siłą umysłu, i który wybrał na swe ofiary członków brytyjskiej arystokracji.
Umiera ojciec Scully. Tymczasem ginie dwoje nastolatków, a pewien skazaniec, oczekujący na egzekucję, twierdzi, że jest jasnowidzem i może doprowadzić Muldera do seryjnego zabójcy, w zamian za złagodzenie wyroku z kary śmierci na dożywocie. Scully jest skłonna mu uwierzyć, ale Mulder pozostaje sceptyczny.
Seria identycznych morderstw na tle seksualnym, gdzie zabójca wydaje się być zarówno kobietą, jak i mężczyzną, naprowadza Muldera i Scully na tajemniczą sektę, przypominającą Amiszów i jednego z jej członków, który jest w stanie zmieniać swoją płeć.
Napad na bank kończy się strzelaniną pomiędzy rabusiami a agentami FBI. Jeden z agentów rannych w strzelaninie który jest jednocześnie byłym chłopakiem Scully, zostaje opętany przez ducha zabitego w trakcie napadu kryminalisty.
Uznany za zmarłego morderca, którego Mulder niegdyś pomógł schwytać, powraca aby zemścić się na agencie. Fox i Dana rozpoczynają pościg kierując się zaszyfrowanymi wiadomościami wysyłanymi przez psychopatę.
Zestrzelony na Bliskim Wschodzie niezidentyfikowany obiekt jest w tajemnicy przewożony do Stanów Zjednoczonych. Mulderowi i Scully udaje się trafić na ślad pozaziemskiego pasażera transportowanego statku.
Muldera dręczą wizje dotyczące uprowadzenia przez kosmitów jego siostry. Agent prowadzi śledztwo w sprawie rzekomego cudotwórcy, który wykorzystuje swój talent zarówno do leczenia jak i do zabijania.
Mulder i Scully jadą do indiańskiego rezerwatu w północno-zachodniej Montanie, aby przeprowadzić śledztwo w sprawie nieumyślnego spowodowania śmierci. Mulder wierzy, że sprawa łączy się z pierwszym, kiedykolwiek stworzonym Archiwum X w FBI, którego głównym przedmiotem jest likantropia, inaczej wilkołactwo.
Mulder i Scully udają się w odległe tereny leśne stanu Waszyngton po tym, jak zostaje zgłoszone zaginięcie grupy trzydziestu drwali. Wkrótce odkrywają, że wybudzono niewidzialną siłę, która przez lata znajdowała się w uśpieniu.
Eugene Tooms, seryjny morderca a zarazem mutant żywiący się ludzką wątrobą który został schwytany przez Muldera i Scully, zostaje zwolniony z więzienia. Para agentów musi go powstrzymać, zanim ten znów zacznie zabijać.
Po tym, jak pewien detektyw i jego były partner giną w niewyjaśnionych okolicznościach, oba wypadki powiązane zostają z dziewczynką, która była świadkiem tych zgonów. Mulder wierzy, że ośmiolatka może być reinkarnacją policjanta, zamordowanego przez swoich kolegów.
Giną naukowcy z pewnego ośrodka badawczego, pracujący nad silnikiem najnowszej generacji. Ku zdziwieniu agentów, wszystko wskazuje na to, że za morderstwa odpowiedzialny jest opóźniony umysłowo sprzątacz.
Próbując uratować Muldera z rąk porywaczy, Scully znajduje dowody tajnych, rządowych eksperymentów. Okazuje się, że prowadzone są badania których celem jest połączenie ludzkiego DNA z DNA przybyszów z kosmosu.