Mulder i Scully dowiadują się, że nie są jedynymi osobami, które desperacko starają się odszukać swojego dawno utraconego syna Williama, a od tego może zależeć los całego świata.
Seria zgonów, które wskazują na to, że ofiary skatowane zostały przez swoich własnych sobowtórów, naprowadza Muldera i Scully na parę bliźniąt zaangażowanych w bardzo niebezpieczną grę.
Badając zjawisko efektu Mandeli, które objawia się tym, że większe grupy ludzi pamiętają alternatywną historię, Mulder i Scully dowiadują się jaki sposób doszło do powstania Archiwum X.
Para nastolatek atakuje się nawzajem. Obu dziewczętom wydaje się, że ta druga jest potworem. Mulder i Scully odkrywają, że prowadzone przez nich śledztwo może być powiązane z Williamem, ich dawno zaginionym synem.
W świecie nieustannie rozwijającej się robotyzacji oraz sztucznej inteligencji, Mulder i Scully muszą stawić czoło zabójczemu przeciwnikowi, który bawi się z nimi w kotka i myszkę.
Mulder i Scully prowadzą śledztwo w sprawie brutalnego, zwierzęcego ataku na małego chłopca w stanie Connecticut. Agenci podejrzewają, iż w grę wchodzą jakieś ciemne moce.
W trakcie prowadzenia śledztwa w sprawie kradzieży ludzkich organów, Mulder i Scully odkrywają istnienie tajemniczej sekty, która przeprowadza makabryczne rytuały.