Mulder dociera do tajnego obiektu badawczego, w którym może znajdować się lek na chorobę Scully. Tymczasem ona przeprowadza eksperyment w nadziei na ustalenie pochodzenia wirusa.
Wskutek zapaści Scully trafia do szpitala, a Mulder wciąż prowadzi poszukiwania leku na jej chorobę, jak również stara się ustalić tożsamość kreta, działającego w szeregach FBI. Nieoczekiwanie otrzymuje pomoc z najmniej spodziewanego źródła.
Jadąc z dwoma innymi agentami na seminarium integracyjne, odbywające się na Florydzie, Scully i Mulder natrafiają na sprawę zaginięcia mężczyzn na zalesionym terenie. W pobliskim miasteczku rozchodzą się plotki o istnieniu leśnych potworów, zatem agenci postanawiają sprawdzić, na ile są one prawdziwe.
Agenci jadą do małego miasteczka w Indianie po tym, jak Mulder otrzymuje list z prośbą o pomoc w rozwiązaniu pewnej tajemnicy. Tutejsi mieszkańcy wierzą, że w okolicy grasuje przypominający Frankensteina potwór. Scully oczywiście uważa to za nonsens, ale wkrótce zmienia zdanie, gdy na własne oczy widzi postać, która wydaje się być straszliwie zdeformowanym mężczyzną.
Tajemniczy telefon oraz rzekome samobójstwo naprowadzają Scully na trop dziewczynki, która może być córką jej siostry, Melissy. Dalsze śledztwo wykazuje, że dziecko zostało adoptowane, a jego przybrana matka zamordowana. Zlecone przez Scully badania DNA dają interesujące rezultaty.
Wyniki badań DNA wskazują na to, że Scully jest faktycznie matką Emily. Mulder uważa, że sprawa ma związek z wcześniejszym porwaniem jego partnerki. Tymczasem dziewczynka zapada na ciężką chorobę. Poszukując informacji na temat jej dolegliwości, Mulder trafia na ślad łowców kosmitów oraz odnajduje miejsce narodzin Emily, dokonując przy tym szokującego odkrycia.
Mulder i Scully prowadzą poszukiwania Roberta Modella, znanego jako Nagabywacz po tym, jak ten ucieka z więzienia. Dana i dyrektor Skinner obawiają się, że Modell będzie chciał się zemścić na Mulderze. Jednakże w miarę jak rośnie ilość ofiar, okazuje się, że mordercą wcale nie musi być Nagabywacz, który ma w głowie całkiem inny cel.
Scully i Mulder prowadzą dochodzenie w sprawie śmierci mężczyzny, który prawdopodobnie został pogrzebany żywcem. Głównym podejrzanym staje się pasierb ofiary, nastolatek z problemami natury psychologicznej. Gdy po kłótni z córką ginie drugi rodzic, agenci FBI zaczynają wierzyć, że w grę wchodzi coś bardziej złowieszczego. Okazuje się również, że dzieci były molestowane.
Scully wyjeżdża na weekend do miasteczka Ammab Beach w Nowej Anglii. W tamtejszym sklepie spożywczym wpada na grupę ludzi usiłujących wydłubać sobie oczy, nie mając pojęcia dlaczego to robią. Jedyną osobą, której nic się nie dzieje jest Melissa Turner, uważana w okolicy za czarownicę. Scully skupia swoje śledztwo na córce kobiety, a w szczególności na jej lalce.
Śledztwo Muldera i Scully w sprawie masowej strzelaniny w kawiarni dowodzi, że celem nie byli zabici handlarze narkotyków, ale Donald Geldman, zaginiony przed laty geniusz komputerowy. Jego laptop naprowadza agentów na hakerkę, a ta opowiada im o szeroko zakrojonym, rządowym spisku związanym ze sztuczną inteligencją, która zapewnia wgląd do wszystkiego i pozwala na likwidowanie przeciwników.
Po tym, jak Mulder wbija pal w serce niedoszłego wampira, on i Scully starają się sobie przypomnieć, co się faktycznie wydarzyło zanim spotkają się z dyrektorem Skinnerem. Jednakże ich wersje przebiegu śledztwa w Teksasie, które dotyczyło śmierci wskutek wykrwawienia się, znacząco się od siebie różnią.
Ofiary porwań przez obcych zaczynają być masowo zabijane, co wprowadza zamieszanie w szeregach grupy odpowiedzialnej za spisek dotyczący zatajenia obecności kosmitów na Ziemi. Pojawia się dodatkowy problem, gdy Krycek wraca z Rosji do Stanów. Tymczasem Mulder i Scully mają odmienne zdania odnośnie zaistniałych zdarzeń. Pozbawiony złudzeń Mulder uważa, że obcy nie istnieją, a cały spisek miał na celu ukrycie rządowych eksperymentów. Natomiast Scully wierzy, że kosmici są prawdziwi i postanawia odwiedzić Cassandrę Spender, która podobnie jak ona została porwana i ma wszczepiony implant.
Scully udaje się przeżyć masowe zabójstwo, ale nic nie pamięta. Poddaje się zatem regresji hipnotycznej i przypomina sobie, co się wydarzyło, w tym fakt, iż Cassandra Spender została ponownie porwana. Tymczasem spiskowcy zdają sobie sprawę, że doszło do wojny pomiędzy obcymi. Człowiek o wypielęgnowanych dłoniach ujawnia również, że dzięki Krycekowi mają teraz szczepionkę na czarnego raka, ale jej skuteczność wkrótce zostaje podważona.
Ostatnim słowem wypowiedzianym przez umierającego w 1990 roku mężczyznę jest „Mulder”. Fox uważa, że może to dotyczyć jego ojca. Śledztwo wykazuje, że człowiek ten zmarł w 1952 roku, ale informacje od emerytowanego agenta FBI potwierdzają, że rzekomy nieboszczyk widziany był żywy po swojej śmierci.
Mulder i Scully wspierają lokalną policję w sprawie o morderstwo, rzekomo popełnione przez niewidomą od urodzenia kobietę. Mulder uważa, że podejrzana nie była w stanie dopuścić się zbrodni, chociaż dużo wie na temat miejsca zdarzenia i jest w stanie je szczegółowo opisać. Podejrzewa natomiast, że kobieta potrafi „widzieć” całkiem inaczej niż normalny człowiek.
Po tym, jak na ulicy zostaje znalezione martwe ciało młodej kobiety, ksiądz z lokalnej parafii prosi Scully o pomoc, jako że rodzice ofiary należą do tego samego kościoła. Nikt nie ma pojęcia, jak dziewczyna znalazła się poza domem, ponieważ była niepełnosprawna i nie mogła się samodzielnie poruszać. W miarę rozwoju śledztwa, Scully będzie musiała zmierzyć się ze złem i pogodzić ze stratą własnej córki.
Scully martwi się o Muldera po tym, jak podczas tajnej operacji ten pozwala uciec podejrzanemu, Jacobowi Haleyowi, który jest członkiem prawicowej, antyrządowej milicji. Po ucieczce Haleya, znalezione zostają kolejne ofiary morderstwa z wyżartą większością ciała. Zaniepokojony faktem, iż członkowie milicji mogą być w posiadaniu broni biologicznej, Skinner dopuszcza Scully do tajemnicy i mówi jej, co jest naprawdę grane.
Mulder i Scully zostają wysłani do Chicago po tym, jak firma telemarketingowa otrzymuje serię anonimowych pogróżek. Jeden z jej pracowników, Gary Lambert, twierdzi, że ich szef jest dosłownie potworem, chociaż nikt inny tego nie widzi, po czym przetrzymuje wszystkich obecnych w biurze, łącznie z Mulderem, jako zakładników. Wkrótce jednak okazuje się, że uważany za wariata Lambert, może mówić prawdę.
Podczas turnieju szachowego dochodzi do zamachu. Okazuje się, iż celem był chłopiec o nadprzyrodzonych zdolnościach, który może być kluczem do rozwiązania spraw z Archiwum X. Tymczasem ktoś z przeszłości agenta Muldera powoduje tarcia w jego relacjach z agentką Scully.