Komisja rewizyjna prowadzi dochodzenie w sprawie twierdzeń Muldera odnośnie istnienia obcych i rządowego spisku. Tymczasem Mulder i Scully prowadzą pościg za zabójczą istotą pochodzenia pozaziemskiego.
Zakrzywienie w czasoprzestrzeni na obszarze Trójkąta Bermudzkiego sprawia, że Mulder trafia na pokład luksusowego liniowca w 1939 roku, na którym znajdują się morderczy naziści… i kilka znajomych twarzy. Wkrótce okazuje się, że los świata spoczywa w jego rękach.
Po tym, jak jej partner zaczyna się dziwnie zachowywać i okazuje się, że oznacza to coś więcej niż się wydaje, Scully zaczyna szukać sposobu na odwrócenie procesu, który spowodował, że Mulder i Morris Fletcher zamienili się tożsamościami.
W wigilię świąt Bożego Narodzenia, Mulder i Scully obserwują dom, rzekomo nawiedzany przez duchy dwojga kochanków, którzy pozabijali się nawzajem 81 lat temu. Wewnątrz obiektu agenci znajdują dwie zjawy, chętne dać im wgląd w ich relacje i osobowości.
Mulder (David Duchovny) bada sprawę kobiety która twierdzi, że jej nienarodzone dziecko zostało porwane przez diabła. Wszystko wskazuje na to, że kobieta zabiła swoje własne dziecko, jednak Fox zaczyna wierzyć, że w sprawę jest zamieszany jej mąż.
Burmistrz małego miasteczka prosi Muldera i Scully o przeprowadzenie dochodzenia w sprawie Daryla Mootza, człowieka, który rzekomo jest w stanie wywołać deszcz. Mootz podejrzany jest o spowodowanie lokalnej suszy po to, by mógł wyłudzać pieniądze od farmerów w zamian za sprawienie, by na ich terenie padało.
Skinner zapada na tajemniczą chorobę, która w ciągu 24 godzin może doprowadzić do jego zgonu. Mulder i Scully ścigają się z czasem, aby znaleźć lek na jego przypadłość. Dowiadują się również, że nieuchronnie zbliżająca się śmierć ich szefa jest w jakiś sposób powiązana z ustawą senatu nr 819, na mocy której Światowa Organizacja Zdrowia ma otrzymać pieniądze i zaopatrzenie.
Agentce Scully zostaje przydzielony nowy partner, w celu przeprowadzenia pojedynczego śledztwa. Fotograf Alfred Fellig ma talent do pojawiania się na miejscu zbrodni, wkrótce po dokonaniu morderstwa i na długo przed przybyciem policji. Miejscowe władze podejrzewają, że Fellig może sam zabijać ofiary zanim je uwieczni na swoich zdjęciach.
W niemal rok po swoim porwaniu, pojawia się ponownie Cassandra Spender, w idealnym stanie fizycznym, jako pierwsza udana hybryda człowieka i obcego. Konsorcjum walczy o przetrwanie, w miarę jak pozbawieni twarzy kosmiczni rebelianci dążą do ujawnienia ich spisku z kolonizującymi Ziemię obcymi. Mulder i Scully starają się poznać tożsamość Palacza i chronić Cassandrę przed konsorcjum, które pragnie jej śmierci.
Agenci Mulder i Scully zostają poddani rygorystycznej kwarantannie po tym, jak wchodzą w kontakt z Cassandrą Spender. Tymczasem podejrzliwa Diana Fowley robi się coraz bardziej lojalna w stosunku do Palacza.
Na prośbę Arthura Dalesa, Mulder i Scully udają się na opanowaną przez huragan Florydę, by przeprowadzić śledztwo w sprawie zniknięcia jego sąsiadów, pary biologów morskich i ich syna. Podczas burzy, agenci zostają pozostawieni samym sobie w apartamentowcu, w którym grasuje morski potwór.
Nieudany napad na bank kończy się dla Muldera i Scully katastrofą. Mulder zostaje postrzelony przez napastnika, po czym on i Scully, wraz z wszystkimi pozostałymi, przebywającymi w banku, giną w wyniku eksplozji bomby, którą rabuś miał przymocowaną do swojego torsu. Ten sam dzień wciąż się powtarza w nieustannym cyklu i zawsze kończy się tak samo.
Mulder i Scully pracują pod przykrywką męża i żony, w celu zbadania pewnej zamożnej społeczności po tym, jak miejscowe śledztwo w sprawie serii tajemniczych zgonów par utrudnia zmowa milczenia.
Uciekinier z więzienia rzekomo posiada zdolność przechodzenia przez obiekty stałe i ukrył gdzieś 90 tysięcy dolarów z napadu na bank, za który został skazany. Mulder i Scully muszą odnaleźć niebezpiecznego skazańca zanim ten dotrze do swojej byłej dziewczyny i pieniędzy.
Pewien introwertyczny pisarz, Philip Padgett, dostaje obsesji na punkcie Scully i przeprowadza się do budynku Muldera, żeby być bliżej niej. Wkrótce zaczyna pisać historię o skrywanej miłości i seryjnych morderstwach, której głównymi bohaterami są on i Scully. Jednakże opisywane przez niego zbrodnie zaczynają wydarzać się naprawdę, w taki sam sposób jak na kartach powieści. Zmagając się ze skończeniem swojej książki, Padgett zdaje sobie sprawę, że jedynym, idealnym jej zakończeniem jest uśmiercenie agentki.
Mulder odkrywa historię czarnego bejsbolisty z lat 40., który grał w drużynie małej ligi w Roswell. Gdy na fotografii zauważa łowcę obcych zakłada, że Josh Exley, rzeczony bejsbolista, może sam być kosmitą.
Samotni Strzelcy przebywają na konwencie przedsiębiorców przemysłu obronnego w Las Vegas, starając się pozyskać wewnętrzne informacje na temat tajemnic wojskowych. Gdy Byers zauważa w kasynie Susanne Modeski, przekonuje swoich kolegów do skłonienia Scully do przyjazdu do Las Vegas i wyśledzeniu, co Modeski tu robi i jakie są jej plany.
W trzy dni po zgłoszeniu zaginięcia, na górskim terenie odnalezione zostają szkielety młodego małżeństwa. Obszar, na którym je znaleziono, znany jest z aktywności UFO, zatem Mulder i Scully udają się tam, w celu przeprowadzenia śledztwa. Mulder znajduje parę żywą, a wszystkie znaki wskazują na porwanie przez obcych. Jednak nie wszystko jest takie, jakim się wydaje.
U wybrzeży Afryki zostaje odkryty pewien artefakt z wyrytymi na nim dziwnymi znakami. Po ich potarciu, Mulder zaczyna słyszeć w swojej głowie niejasne szmery. Agenci zamierzają poznać pochodzenie tego tajemniczego przedmiotu i dowiedzieć się, dlaczego oddziałuje on jedynie na Muldera.