W Afryce, Scully szuka odpowiedzi na przypadłość Muldera, usiłując odszyfrować dziwne znaki pochodzące z zatopionego statku kosmicznego. Z powrotem w Waszyngtonie, Skinner stara się pomóc Mulderowi, prowadząc na jego życzenie poszukiwania Michaela Kritschgaua, który może wiedzieć, co powoduje przyspieszoną aktywność mózgu agenta.
Stan Muldera nadal się pogarsza. Agent zostaje porwany ze szpitala przez Palacza z pozornie niewinnych powodów. Mulder doświadcza snów z innego życia, z dala od Archiwum X. Scully gorączkowo prowadzi poszukiwania partnera zanim będzie za późno.
Rob Roberts jest uzależniony od spożywania ludzkich mózgów. W miarę jak stara się opanować swój wszechogarniający głód i odmienić swoje życie, Mulder i Scully usiłują dowiedzieć się, kto jest zjadającym mózgi potworem.
W miarę jak zbliża się rok 2000, pewien religijny fanatyk, zwerbowany przez Grupę Millennium, doprowadza do zmartwychwstania czterech zmarłych członków tej grupy w postaci zombie, które mają sprowadzić na Ziemię koniec świata. Mulder i Scully proszą o pomoc Franka Blacka, byłego członka Millennium, usiłując jednocześnie powstrzymać apokaliptyczne plany organizacji.
Pewien licealista zostaje posądzony o brutalne zamordowanie zastępcy szeryfa. Mulder wierzy, że chłopak jest niewinny. Agenci wkrótce odkrywają, że podejrzanym może być ktoś, kto dysponuje nadludzką szybkością.
Pewien człowiek zostaje zrzucony przez gangsterów z 29. piętra budynku. Co niesamowite, podnosi się i odchodzi, nie odnosząc żadnych obrażeń. Mulder podejrzewa, że mężczyzna może posiadać paranormalne zdolności, ale wszystko wskazuje na to, że ten jest po prostu najbardziej fartownym człowiekiem na świecie.
Minęło pięć lat odkąd Scully udało się uciec od Donniego Pfastera, ogarniętego obsesją fetyszysty śmierci. Gdy wielebny Orison pomaga szaleńcowi w ucieczce z więzienia, ten niezwłocznie zwraca się ku tej, której udało się wymknąć… Scully.
Mulder i Scully prowadzą śledztwo w sprawie zabójstwa magika, któremu ścięto głowę na kilka minut przed wykonaniem triku polegającego na obróceniu głowy o 360 stopni. Agenci są skonsternowani, gdy podczas autopsji Scully odkrywa, że nieboszczyk zmarł o wiele wcześniej niż uprzednio zakładano.
W zamkniętym samochodzie znalezione zostaje ciało zmarłego mężczyzny, który zginął wskutek setek ukąszeń węży. Jednakże w pobliżu nie ma dowodów na ich obecność. Mężczyzna był byłym członkiem religijnej sekty, która wierzy w zaklinanie węży. Mulder i Scully uważają, że śmierć nie była przypadkowa i może być morderstwem, za którym stoi owa sekta.
Mulder składa prośbę o możliwość wzięcia udziału w wydawałoby się rutynowej sprawie – zniknięcia małej dziewczynki. Agent znajduje powiązanie pomiędzy tym przypadkiem i starą sprawą z Archiwum X, dotyczącą zaginionych dzieci. Scully wierzy, że Mulder podchodzi do śledztwa zbyt osobiście, z powodu porwania jego siostry Samanthy.
Mulder zatrudnia do pomocy Harolda Pillera, policyjnego jasnowidza, w ramach poszukiwań Amber Lynn LaPierre. Tymczasem Scully szuka odpowiedzi na temat porwania Samanthy, co naprowadza ją na Palacza. Oba śledztwa pozwalają Mulderowi w końcu dowiedzieć się prawdy na temat zniknięcia jego siostry.
Ekipa filmowa ze znanego serialu telewizyjnego podąża śladami Muldera i Scully, którzy usiłują złapać tajemnicze stworzenie, terroryzujące mieszkańców Los Angeles.
Samotni Strzelcy proszą Muldera i Scully o pomoc w rozwiązaniu sprawy szeregu morderstw w pewnej firmie komputerowej. Do testowanej przed wypuszczeniem na rynek gry wideo wkrada się błąd w postaci urodziwej i niezniszczalnej kobiety. Problem w tym, że z jej rąk giną gracze w realnym świecie. Mulder i Scully wchodzą do gry, usiłując odnaleźć i powstrzymać prawdziwego zabójcę.
Gdy rodzina wybitnego lekarza staje się ofiarą rzadkich chorób, Mulder zaczyna podejrzewać, że za sprawą kryje się ktoś znający się na czarach. Sprawcą okazuje się pewien mężczyzna, który szuka zemsty za śmierć swojej córki.
Agentka Scully pozwala, by współczucie zamgliło jej zdrowy rozsądek, gdy zgadza się na towarzyszenie Palaczowi w wyjeździe, po czym zastanawia się, czy ten jest tak zły, jak jej się zawsze wydawało.
Podczas świąt wielkanocnych, agenci prowadzą obserwację w związku z serią zabójstw popełnianych na prostytutkach. Wkrótce Mulder zostaje odwołany przez Skinnera, by zająć się sprawą zniknięcia córki sędziego federalnego. Dziwne pojawienie się kruka na krótko przed zaginięciem dziewczyny sprawia, że agent zaczyna wierzyć, iż prowadzone przez niego śledztwo może mieć charakter paranormalny.
Scully kończy autopsję pewnej osoby w szpitalu. Wskutek pomieszania dokumentacji związanej z sekcją zwłok ze zdjęciami rentgenowskimi innego pacjenta, agentka dowiaduje się, że jej były kochanek został przyjęty do szpitala. Ponowne z nim spotkanie sprawia, że Scully na nowo egzaminuje podjęte w życiu decyzje, które doprowadziły ją do miejsca, w jakim się dzisiaj znajduje.
Potencjalny świadek szeroko rozpowszechnionej sprawy koncernu tytoniowego, nadzorowanej przez Skinnera, ginie w dramatycznych okolicznościach przed złożeniem zeznań. Skinner prosi Muldera i Scully o pomoc w przeprowadzeniu śledztwa. Agenci znajdują mężczyznę, który pali unikalny rodzaj papierosów, a wdychanie pochodzącego z nich dymu przez drugą osobę wiąże się z zabójczymi konsekwencjami.
Wskutek nalegań Skinnera, Mulder i Scully muszą znosić irytującą obecność Wayne’a Federmana, producenta z Hollywood, w trakcie przeprowadzania śledztwa w sprawie podłożenia ładunków wybuchowych w kościele. Wayne jest kolegą Skinnera z czasów studiów, który zbiera materiały do filmu o FBI, a Mulder i Scully stają się niechętnie inspiracją dla jego głównych postaci.
Dwie uderzająco podobne do siebie kobiety, które nie wiedzą o swoim istnieniu, sprawiają, że za każdym razem, gdy znajdą się w swoim pobliżu, wokół dochodzi do aktów przemocy i zniszczenia. Mulder i Scully starają się rozwiązać tajemnicę niewytłumaczalnej więzi, łączącej obie kobiety.
W miarę jak audytor grozi zamknięciem Archiwum X, Mulder wraz z niedomagającą Scully powracają do Oregonu i sprawy sprzed niemal dekady, od której rozpoczęła się ich współpraca… ale plątanina sobowtórów i porwań przez kosmitów może sprawić, że ucierpi na tym ich partnerstwo i życie.