Wewnętrzne śledztwo Doggetta w sprawie dyrektora Alvina Kersha przysparza mu wielu wrogów. Jest wśród nich nowy dyrektor, Brad Follmer, który miał kiedyś romans z agentką Reyes. Okazuje się, że wszystkie dowody zostały zatuszowane. Mulder znika, a Scully odmawia podania obecnego miejsca jego pobytu. Na wolności grasuje topiąca mężczyzn piękna kobieta, która potrafi przebywać bez tlenu pod wodą. Jej wskazówki mogą pomóc Doggettowi w zakończeniu prowadzonego przez niego dochodzenia.
FBI rozpoczyna wewnętrzne śledztwo dotyczące nadużywania władzy przez agentów z Archiwum X. Doggett zaczyna działać praktycznie na własną rękę. Reyes i Skinner starają się go od tego odwieść. Shannon McMahon, która służyła kiedyś z Doggettem wyjawia mu, że jest jednym z prototypów super żołnierza. Nowe wskazówki naprowadzają agenta na tajne laboratorium na statku z okresu drugiej wojny światowej. Przeprowadzane tam eksperymenty mogą pomóc w wyjaśnieniu stanu zdrowia małego Williama Scully. Niespodziewanie na drodze Doggetta i McMahon staje uznany za zmarłego Knowle Rohrer.
Agenci starają się znaleźć powiązania pomiędzy pacjentem szpitala psychiatrycznego i szeregiem dziwacznych morderstw o podłożu satanistycznym. Podejrzenia padają na pewnego charyzmatycznego profesora leczącego się w zakładzie, który może wpływać na innych mężczyzn i zmuszać ich do popełniania rytualnych morderstw. Doggett uważa jego działania za zwykłą manipulację. Tymczasem Reyes ma wrażenie, że ma do czynienia z samym diabłem, który przejął w swoje władanie ciało i umysł profesora.
W czasie akcji Reyes zostaje zabita, a Doggett w ciężkim stanie trafia do szpitala. Zdarza się to w świecie alternatywnym i Reyes stwierdza, że zabójca potrafi podróżować między wymiarami.
Agenci Doggett i Reyes prowadzą śledztwo w sprawie przerażającego zgonu. Ofiarą jest nastolatek, którego mózg został zjedzony przez muchy. Podejrzenie pada na Dylana Lokensgarda, syna dyrektora szkoły i społecznego odrzutka. Chłopak wydaje się kontrolować zachowanie owadów, ale agenci nie są w stanie stwierdzić, na ile jego działania są świadome. Wkrótce okazuje się, że nie on jeden posiada takie umiejętności.
Scully zaprzyjaźnia się z małżeństwem, które wierzy, że ich dziecko posiada nadprzyrodzone zdolności, takie jak u małego Williama. Tymczasem tajny agent stara się przekonać Danę do skontaktowania się z Mulderem i wyciągnięcia go z ukrycia. Jednakże zaufanie do obcego może sprowadzić na Muldera jeszcze większe niebezpieczeństwo.
Doggett budzi się w opanowanym przez przemoc i korupcję meksykańskim miasteczku. Nie pamięta swojego nazwiska i nie wie, jak się tu znalazł. Od czasu do czasu doświadcza przebłysków pamięci, w których pojawiają się jego żona i syn, ale nie ma pojęcia kim oni są. Kluczem do rozwiązania sprawy okazuje się szef narkotykowego kartelu, kradnący wspomnienia wszystkim tym, którzy zagrażają jego działalności.
Dogget i Reyes udają się do Novi w stanie Wirginia, by przeprowadzić śledztwo w sprawie serii makabrycznych morderstw. Wszystkie ofiary to byli skazańcy, którzy zostali żywcem obdarci ze skóry. Podobne przypadki miały miejsce w latach sześćdziesiątych, jak również ponad sto lat temu. Odkryte przez Reyes wycinki ze starych gazet dowodzą, że zarówno ofiary, jak szukająca zemsty dusza mściciela utknęły w cyklu kolejnych inkarnacji.
W Dakocie Północnej patrol graniczny zauważa motocyklistę usiłującego nielegalnie przekroczyć granicę z Kanadą. Podczas pościgu, kurier ulega wypadkowi i zostaje rzekomo spalony żywcem, chociaż nigdzie nie można znaleźć jego ciała. Na miejscu zdarzenia znalezione zostają dokumenty z hieroglifami z poszycia statku pozaziemskiej cywilizacji, podobne do tych, które dwa lata temu Scully badała w Afryce. FBI rozpoczyna dochodzenie, ukrywając je przez agentami z Archiwum X. Tymczasem Scully zmuszona jest do podjęcia drastycznych kroków, ponieważ okazuje się, że życie Williama jest w niebezpieczeństwie.
Członkowie religijnej sekty przygotowują się do wejścia na pokład odkopanego statku kosmicznego. Ciężko ranny Doggett przebywa w szpitalu. Scully, nieufna w stosunku do Skinnera i Follmera, rozpoczyna własne śledztwo w sprawie porwania Williama. Pomagają jej w tym agentka Reyes i Samotni Strzelcy. Wkrótce okazuje się, że dziecko zostało porwane na zlecenie lidera sekty, który uważa, że syn Dany jako jedyny może uchronić ludzkość przed kosmitami. W sprawę angażuje się Człowiek z Wykałaczką, członek Nowego Syndykatu.
Reyes zostaje poważnie ranna w wypadku samochodowym i przebywa w stanie śpiączki. Uwięziona między życiem i śmiercią, agentka trafia do miejsca przypominającego opuszczony szpital, w którym po kolei zaczynają znikać inni pacjenci. Jedyną nadzieją na ratunek jest pracująca na oddziale intensywnej terapii Audrey Pauley. Kobieta potrafi stworzyć pomost pomiędzy oboma światami. Dzięki niej Doggett nawiązuje kontakt z Reyes i dowiaduje się, że ktoś eksperymentuje na chorych.
Po trzynastu latach spędzonych w więzieniu, seryjny morderca o nazwisku Fassl zostaje z niego zwolniony i oczyszczony z zarzutów. Badania DNA wykazały, że nie miał nic wspólnego z zabójstwem, chociaż był obecny na miejscu zdarzenia. Doggett, który osobiście dokonywał aresztowania, nie wierzy w niewinność Fassla i otwiera na nowo śledztwo. Musi wsadzić przestępcę z powrotem za kratki zanim ten uderzy ponownie.
Reyes, Doggett i Scully zostają wplątani w dziwaczne śledztwo dotyczące serii morderstw młodych kobiet. Monica uważa, że kluczem do rozwiązania sprawy może być numerologia. Podczas autopsji, Scully odkrywa na ciele każdej z ofiar ten sam wzór. Okazuje się również, że podejrzany zabija swoje ofiary po trzy, w kolejności blondynka, ruda, brunetka. Szukając dodatkowych materiałów dowodowych agentki natykają się na mordercę w windzie. Wkrótce potem zostają uwięzione w podziemnym parkingu w towarzystwie zagadkowego pana Burta, który proponuje im grę w warcaby. Sytuacja robi się krytyczna, gdy gaśnie światło i okazuje się, że w ciemnościach czai się zabójca.
Reyes i Doggett, z pomocą młodej, nadgorliwej agentki, która darzy Muldera uwielbieniem, prowadzą śledztwo w sprawie chłopca, odizolowanego od świata przez własnego ojca. Matka dziecka popełniła samobójstwo, dźgając się nożyczkami w szyję. Mały Tommy uważa natomiast, że zarówno jego mama, jak i jego kot Spanky, padli ofiarą ataku przerażających potworów. Chociaż opowieści chłopca można uznać za wytwór jego wybujałej wyobraźni, wkrótce agenci przekonują się na własnej skórze, że w sprawę zamieszana jest dziwna istota, która potrafi ukrywać się w ludzkim ciele.
Oszust Morris Fletcher zwraca się do Reyes i Doggetta z prośbą o ochronę. Przy okazji wspomina, że posiada informacje na temat pewnej kobiety związanej z programem super żołnierzy. Agenci szukają wsparcia u Samotnych Strzelców. Ci na przekazanym przez Fletchera zdjęciu rozpoznają ich znajomą hakerkę, Yves Adele Harlow, która zaginęła przed rokiem. Kobieta jest podejrzana o zamordowanie profesora college’u.
Agenci zatrzymują straszliwie oszpeconego mężczyznę, który włamuje się do biura Archiwum X i napada na Doggetta. Nieznajomy twierdzi, że zna Muldera i szukał dowodów na to, co mu zrobiono. Doggett podejrzewa nawet, że może to być sam Fox Mulder. Scully zabiera mężczyznę do Quantico, by ustalić jego tożsamość i poddać badaniom. Okazuje się, że to były agent FBI, Jeff Spender, który jest synem Palacza i chce się na nim zemścić. Wykazuje również niezdrowe zainteresowanie małym Williamem.
Rudolph Hayes, kadet FBI, uczęszczający na zajęcia prowadzone przez Scully, ma nieprawdopodobny talent do rozwiązywania zagadkowych zbrodni. Naprowadza on Doggetta na będącą w toku sprawę morderstwa, która może mieć ścisły związek z nierozwiązanym przypadkiem zbrodni sprzed dziewięciu lat, zabójstwem małego Luke’a Doggetta, synka agenta.
Agenci starają się połączyć elementy układanki po tym, jak dochodzi do serii dziwnych zgonów w domu będącym dokładną repliką tego, w którym rezydowała rodzina Bradych z kultowego serialu telewizyjnego z lat 60. „Grunt to rodzinka”. Podejrzenie pada na właściciela posesji, Olivera Martina. Mężczyzna posiada zdolności telekinetyczne i zgadza się poddać dalszym testom w Waszyngtonie. Jednak za każdym razem, gdy demonstruje swoje umiejętności, stan jego zdrowia ulega pogorszeniu.
Mulderowi udaje się przedostać do strzeżonych przez wojsko budynków rządowych w Bluemont w Wirginii. Na miejscu zostaje zaatakowany przez Knowle Rohrera – super żołnierza i członka Nowego Syndykatu. W wyniku szarpaniny Rohrer spada na kable elektryczne i pozornie ginie. Mulder zostaje aresztowany i oskarżony o morderstwo. Armia doprowadza do procesu, podczas którego świadkowie obrony składają zeznania, wspierające teorie Muldera na temat rządowego spisku oraz istnienia życia pozaziemskiego. W wyniku procesu, Mulder zostaje skazany na śmierć za zamordowanie Knowle’a Rohrera. Dzięki pomocy przyjaciół z FBI udaje mu się uciec z wojskowego aresztu. Wraz ze Scully wyrusza na poszukiwania człowieka, który może rzucić światło na prawdę odnośnie rządowej konspiracji. Agentom udaje się dotrzeć do Palacza, który ukrywa się w południowo-zachodniej części Stanów. Po piętach depcze im Rohrer, wspierany przez oddziały specjalne.