Umiera ojciec Scully. Tymczasem ginie dwoje nastolatków, a pewien skazaniec, oczekujący na egzekucję, twierdzi, że jest jasnowidzem i może doprowadzić Muldera do seryjnego zabójcy, w zamian za złagodzenie wyroku z kary śmierci na dożywocie. Scully jest skłonna mu uwierzyć, ale Mulder pozostaje sceptyczny.
Seria identycznych morderstw na tle seksualnym, gdzie zabójca wydaje się być zarówno kobietą, jak i mężczyzną, naprowadza Muldera i Scully na tajemniczą sektę, przypominającą Amiszów i jednego z jej członków, który jest w stanie zmieniać swoją płeć.
Napad na bank kończy się strzelaniną pomiędzy rabusiami a agentami FBI. Jeden z agentów rannych w strzelaninie który jest jednocześnie byłym chłopakiem Scully, zostaje opętany przez ducha zabitego w trakcie napadu kryminalisty.
Uznany za zmarłego morderca, którego Mulder niegdyś pomógł schwytać, powraca aby zemścić się na agencie. Fox i Dana rozpoczynają pościg kierując się zaszyfrowanymi wiadomościami wysyłanymi przez psychopatę.
Zestrzelony na Bliskim Wschodzie niezidentyfikowany obiekt jest w tajemnicy przewożony do Stanów Zjednoczonych. Mulderowi i Scully udaje się trafić na ślad pozaziemskiego pasażera transportowanego statku.
Muldera dręczą wizje dotyczące uprowadzenia przez kosmitów jego siostry. Agent prowadzi śledztwo w sprawie rzekomego cudotwórcy, który wykorzystuje swój talent zarówno do leczenia jak i do zabijania.
Mulder i Scully jadą do indiańskiego rezerwatu w północno-zachodniej Montanie, aby przeprowadzić śledztwo w sprawie nieumyślnego spowodowania śmierci. Mulder wierzy, że sprawa łączy się z pierwszym, kiedykolwiek stworzonym Archiwum X w FBI, którego głównym przedmiotem jest likantropia, inaczej wilkołactwo.
Trzydziestu drwali pracujących w lasach Waszyngtonu zostaje uznanych za zaginionych. Okazuje się, że podobny przypadek miał już miejsce w latach 30-tych a związek z tajemniczą sprawą może mieć nieznany gatunek owadów zamieszkujący okolice.
Eugene Tooms, seryjny morderca a zarazem mutant żywiący się ludzką wątrobą który został schwytany przez Muldera i Scully, zostaje zwolniony z więzienia. Para agentów musi go powstrzymać, zanim ten znów zacznie zabijać.
Po tym, jak pewien detektyw i jego były partner giną w niewyjaśnionych okolicznościach, oba wypadki powiązane zostają z dziewczynką, która była świadkiem tych zgonów. Mulder wierzy, że ośmiolatka może być reinkarnacją policjanta, zamordowanego przez swoich kolegów.
Giną naukowcy z pewnego ośrodka badawczego, pracujący nad silnikiem najnowszej generacji. Ku zdziwieniu agentów, wszystko wskazuje na to, że za morderstwa odpowiedzialny jest opóźniony umysłowo sprzątacz.
Próbując uratować Muldera z rąk porywaczy, Scully znajduje dowody tajnych, rządowych eksperymentów. Okazuje się, że prowadzone są badania których celem jest połączenie ludzkiego DNA z DNA przybyszów z kosmosu.
Archiwum X zostaje zamknięte. Scully wraca do pracy w charakterze wykładowcy w Akademii FBI. Natomiast Mulder, po otrzymaniu informacji od senatora Mathesona, jedzie do Puerto Rico, by zbadać sytuację w opuszczonej stacji nasłuchowej. Na miejscu dochodzi do kontaktu z obcym.
W jednym z podziemnych kanałów w New Jersey zostają znalezione zwłoki. Coraz więcej wskazuje na to, że sprawcą morderstwa nie jest zwykły człowiek ale niezidentyfikowana istota zamieszkująca podziemne rejony miasta.
Mulder i Scully prowadzą śledztwo w sprawie serii wyjątkowo brutalnych zbrodni. Wszystko wskazuje na to, że morderstw dopuścili się spokojni i niczym nie wyróżniający się mieszkańcy małego miasteczka.
Naukowiec specjalizujący się w badaniach nad zaburzeniami snu zostaje znaleziony martwy tuż po tym jak dokonał zgłoszenia na policję pożaru niedaleko swojego domu. Przybyła na miejsce policja nie zauważa żadnych śladów ognia, jednak Mulder i Scully dokonują zaskakujących odkryć.
Duane Barry, pacjent który utrzymuje że został wielokrotnie uprowadzony przez obcych, ucieka ze szpitala biorąc ze sobą jednego z lekarzy jako zakładnika. Agent Mulder włącza się w negocjacje z porywaczem.
Mulder stara się odnaleźć Duane'a Barry'ego na podstawie informacji które zostawiła mu zaginiona Scully. Agent Krycek mimo początkowej niechęci zgadza się mu pomóc. Tymczasem Skinner reaktywuje Archiwum X.
Agentka Scully nadal uznawana jest za zaginioną. Tymczasem dochodzi do serii morderstw które władze oficjalnie łączą z atakami niedźwiedzi. Mulder odkrywa, że związek ze sprawą może mieć grupa współczesnych wampirów.
Dana Scully zostaje odnaleziona w prowincjonalnym szpitalu. Agentka znajduje się w stanie śpiączki. Mulder podejrzewa, że za jej zniknięcie i obecny stan, jest odpowiedzialny rząd. Odpowiedzi zamierza szukać u Palacza.
Ginie członek ekipy zajmującej się badaniem wnętrza wulkanu. Ostatnim ujęciem zarejestrowanym przez należącego do naukowców robota jest dziwna forma życia. Agenci Mulder i Scully rozpoczynają śledztwo.
W Delta Glen w stanie Wisconsin dochodzi do serii porwań nastolatków. Odurzone ofiary znajdywane są potem w samej bieliźnie, z enigmatycznymi napisami na plecach. Mulder i Scully jadą na miejsce, by przeprowadzić dochodzenie w sprawie tych niewyjaśnionych zdarzeń, chociaż najdziwniejszą rzeczą, w tym produkującym mięso regionie, okazuje się tajemnicza sekta wegetarian.
W Excelsis Dei - domu opieki dla starszych, niedołężnych ludzi, zostaje brutalnie zaatakowana pielęgniarka. Kobieta twierdzi, że napastnik był niewidzialny. Mulder i Scully starają się dowiedzieć, kto odpowiada za napad. Czy są to rzeczywiście złe duchy...?