Gdy pani detektyw z małego miasteczka, z niewiadomych powodów, odkrywa szczątki agenta FBI, który zniknął w latach 40., w trakcie przeprowadzania śledztwa w sprawie morderstwa, upiornie przypominającego przestępstwo, nad którym ona właśnie pracuje, Mulder i Scully dochodzą do wniosku, że pierwotny zbójca przekazał genetyczny ślad przemocy jednemu ze swoich wnuków.
W Minneapolis, ktoś rozkopuje groby i wyjmuje narządy ze zwłok. Mulder i Scully zostają zaangażowani w tę sprawę, ponieważ prowadzący dochodzenie agent wierzy, że jest to robota obcych. Jednakże Mulder szybko odrzuca ten pomysł, uważając, że sprawca jest fetyszystą. Gdy później pojawiają się kluczowe dowody, Scully dochodzi do wniosku, że sprawa jest bardziej osobista niż jej się wydawało.
W New Hampshire, grupa nastolatków symuluje okultystyczny rytuał, mając nadzieję, że w ten sposób „zaliczy” dziewczyny, tym samym nieumyślnie doprowadzając do zamordowania i okaleczenia jednego z chłopców. Gdy Mulder i Scully zostają wezwani, by przyjrzeć się sprawie, prawdziwi czciciele diabła w miasteczku usiłują pozacierać za sobą ślady, chociaż wydaje się, że działa tu jeszcze inna, tajemnicza siła, której nawet oni się obawiają.
Pewnego ranka, po doznaniu dwóch makabrycznych halucynacji, szeregowiec Jack McAlpin wjeżdża swoim samochodem w drzewo, na którym narysowany jest znak voodoo. W ciągu ostatnich dwóch tygodni, to już druga śmierć żołnierza piechoty morskiej, której towarzyszy ten sam symbol. Okazuje się, że obaj zabici pełnili straż w ośrodku dla uchodźców z Haiti. Gdy odwiedzają to miejsce, Mulder i Scully dowiadują się, że oba zgony wcale nie były tak niespodziewane jakby się mogło wydawać.
Mulder prowadzi śledztwo w sprawie tajemniczych zaginięć trójki identycznych lekarzy i tropi mordercę, który potrafi zmieniać kształt ciała. W tym odcinku pojawia się też kobieta podająca się za Samanthę, zaginioną przed laty siostrę Foxa.
Polujący na kosmitów łowca nagród porywa Scully i chce ją wymienić na siostrę Muldera, Samanthę. Mulder prosi Skinnera o pomoc w dokonaniu wymiany i przekonuje dyrektora FBI do wzięcia z nimi snajpera, którego zadaniem będzie zabicie łowcy nagród.
Mulder i Scully badają okoliczności śmierci robotnika drogowego oraz zniszczeń szeregu budynków w Fairfield w stanie Idaho. Sprawcą wydaje się być słoń, który uciekł z zoo, ale świadkowie twierdzą, że na miejscu zdarzenia nie widziano żadnych zwierząt. Wkrótce agenci trafiają do miejscowego ogrodu zoologicznego, który znany jest z tego, iż nigdy nie doszło w nim do narodzin żadnego zwierzęcia.
Znaleziona zostaje łódź pełna rozbitków z niszczyciela eskortowego Marynarki Stanów Zjednoczonych. Szczególnie rzuca się w oczy fakt, iż w ciągu zaledwie paru dni marynarze postarzeli się o dziesiątki lat. Mulder i Scully jadą do Norwegii, gdzie znajdują rybaka, który zgadza się popłynąć z nimi do ostatniej, znanej pozycji okrętu.
Mulder i Scully muszą znaleźć to, co nadprzyrodzone w tym, co nienormalne, przeprowadzając śledztwo w sprawie mających miejsce od wielu lat rytualnych morderstw, które nie pasują do żadnych, znanych wzorców. Ostatnie z nich dotyczy „Człowieka Aligatora”, drugorzędnego wykonawcy estradowego, mieszkającego w Gibsonton na Florydzie.
Zdjęcie, zrobione na krótko przed śmiercią dwuletniego chłopca, świadczy o nadprzyrodzonej interwencji, co wzbudza ciekawość Muldera. Gdy w tej samej rodzinie dochodzi do kolejnego zgonu, babka pozostałego przy życiu dziecka prosi o pomoc rumuńskich uzdrowicieli, w celu wypędzenia z domu zła.
Po tym, jak w pewnym więzieniu kilku mężczyzn umiera na tajemniczą chorobę, Scully stara się odkryć przyczynę, podczas gdy Mulder usiłuje odnaleźć dwóch zbiegów, którzy mogą potencjalnie rozprzestrzenić zarazę.
Była studentka Scully prosi agentów o pomoc przy jej pierwszym śledztwie, w którym w grę wchodzą liczne zaginięcia przy niewielkiej ilości wskazówek. Mulder wpada na pomysł spontanicznego, ludzkiego samozapłonu, ale zmienia zdanie po tym, jak znaleziony zostaje mężczyzna, który obawia się własnego cienia. Człowiekiem tym jest dr Banton, naukowiec badający czarną materię.
Dudley w stanie Arkansas staje się miejscem najnowszego dochodzenia Muldera i Scully, których przysłano tu, by odnaleźli zaginionego inspektora sanitarnego. W sprawie dokonuje się przełom, gdy pracownica przetwórni drobiu dostaje ataku szału i zostaje zastrzelona przez szeryfa, a Mulder zaczyna przeczuwać, że mieszkańcy miasteczka są naprawdę tym, co jedzą.
Zaufanie pomiędzy Mulderem i Scully poddane zostaje bolesnej próbie po tym, jak on zaczyna się dziwnie zachowywać. Jego nienormalny stan ulega dalszemu pogorszeniu, gdy Samotni Strzelcy kierują go do hakera, któremu udało się włamać do bardzo pilnie strzeżonych dokumentów. Pliki są zakodowane w języku plemienia Navaho i może je odczytać jedynie indiański szyfrant z czasów drugiej wojny światowej.
Palacz pracuje w pośpiechu nad odzyskaniem skradzionych plików komputerowych, ale jego działania zostają pokrzyżowane przez człowieka, o którym ten myślał, że nie żyje. Tymczasem Scully czuje się zagubiona i nie wie, co ma dalej robić, zwraca się więc o wsparcie do swojej rodziny, podczas gdy Mulder nadal walczy o przeżycie w indiańskim rezerwacie.
Agenci szukają odpowiedzi dotyczących starego zdjęcia, na którym widnieje ojciec Muldera w towarzystwie mężczyzn o nieustalonej tożsamości. Poszukiwania doprowadzają ich do opuszczonej kopalni, gdzie odkrywają mroczny sekret.
W pewnym miasteczku w stanie Oklahoma dochodzi do pięciu kolejnych zgonów w wyniku porażenia piorunem. Śledztwo w sprawie ostatniej śmierci wydaje się wskazywać na to, że sprawcą może być jedyna osoba, która przeżyła porażenie – pewien emocjonalnie niestabilny młodzieniec.
W St. Paul w stanie Minnesota, dochodzi do zabójstw i okaleczeń ciał osób zajmujących się wróżbiarstwem. Lokalna policja zatrudnia do pomocy znane medium, ale Mulder sceptycznie podchodzi do jego umiejętności. Wkrótce jednak znajduje kogoś, kto według niego posiada prawdziwy dar jasnowidzenia. Tym niemniej, złapanie zabójcy może okazać się trudne, ponieważ wygląda na to, że on również potrafi zajrzeć w przyszłość.
Skazany na śmierć więzień spełnia swoją obietnicę powrotu zza grobu i zabicia pięciu osób, które znęcały się nad nim w więzieniu. Strach związany z jego odwetem sprawia, że wszyscy miotają się, chcąc ustalić, czy znajdują się na liście. Tymczasem Mulder i Scully starają się dowiedzieć, w jaki sposób udało mu się powrócić, by teraz dokonywać egzekucji na swoich prześladowcach.
Seryjny zabójca umawia się z niepewnymi siebie kobietami, korzystając z internetowego serwisu randkowego, po czym uwodzi je i morduje. Jednakże Mulder i Scully ustalają, że zabójstwa te odbiegają od normy, z powodu dziwnej mazi pokrywającej ofiary, substancji, która wydaje się trawić kwasy tłuszczowe z ciała.
Kolejna nieudana próba samobójcza pacjenta szpitala dla weteranów zaciekawia Muldera, z powodu opowieści o „żołnierzu-widmie”, który nie dopuścił do śmierci mężczyzny. Dowodzący generał jest początkowo przeciwny zaangażowaniu FBI, dopóki zjawa nie zaczyna go nawiedzać. Jednak gdy głównym podejrzanym staje się weteran po amputacji rąk i nóg, agenci zostają wyśmiani.
Młoda nastolatka zostaje porwana z własnego domu, a w tym samym czasie, w restauracji oddalonej o wiele kilometrów od miejsca zdarzenia, jedna z jej pracownic traci przytomność, ponieważ odczuwa dokładnie to samo, co zaginiona dziewczynka. Mulder dowiaduje się, że kobieta została w dzieciństwie porwana i latami była trzymana jako zakładniczka, zaczyna więc wierzyć, że może odegrać kluczową rolę w znalezieniu porwanego dziecka.
Zamówione drogą pocztową wideo z nagraniem autopsji obcego stanowi początek bardzo skomplikowanego śledztwa po tym, jak Mulder i Scully znajdują dystrybutora taśmy zamordowanego we własnym domu, rzekomo przez wysoko postawionego japońskiego dyplomatę. Podczas gdy poszukiwania wideo naprowadzają Muldera na wagon pociągu, Scully sprawdza grupę wsparcia dla porwanych przez UFO i odkrywa wiele kobiet, które twierdzą, że ją znają.
Mulder wpada w pułapkę zastawioną w wagonie kolejowym, w którym, jak twierdzi zabójca podający się za agenta NSA, znajdować się może uzbrojona bomba. Tymczasem Scully zagłębia się w sekrety dotyczące okoliczności jej porwania.
Mulder namierza cały szereg morderstw o podłożu religijnym. Każda z jedenastu ofiar twierdziła, iż jest stygmatykiem, ale wszyscy okazali się oszustami. Gdy Mulder i Scully odkrywają chłopczyka, który ma na ciele niewytłumaczalne rany o religijnym znaczeniu, robią wszystko, co w swojej mocy, by ochronić go przed czyhającym na niego zabójcą.