W pewnym miasteczku dochodzi do plagi zgonów, a ciała zmarłych pokryte są karaluchami. Pracująca z domu Scully ma na to wszystko wytłumaczenie naukowe, ale Mulder – będący na miejscu zbrodni w towarzystwie atrakcyjnej pani entomolog – podejrzewa, że insekty mogą być pochodzenia nieorganicznego lub pozaziemskiego.
Mulder i Scully prowadzą śledztwo w sprawie dziwnych morderstw w New Hampshire, mogących mieć związek z rzadkim układem planet, który wpływa na ludzkie zachowanie.
Agenci dołączają do byłego mentora Muldera, głównego profilera w FBI, by wspólnie zająć się sprawą seryjnego zabójcy, który twierdzi, iż opętały go demony. Śledztwo robi się jeszcze bardziej tajemnicze po tym, jak sprawca zostaje ujęty, a morderstwa nadal nie ustają. Mulder angażuje się w tę sprawę głębiej niż można by się spodziewać, przez co Scully i Skinner zaczynają się martwić.
Gdy francuski statek poszukiwawczy wysyła grupę nurków, w celu odzyskania tajemniczego wraku samolotu z okresu drugiej wojny światowej, ekipa pada ofiarą dziwacznej choroby. Mulder i Scully jadą do San Diego, by przyjrzeć się sprawie. W trakcie dochodzenia pojawia się znajoma twarz, a życie Skinnera ponownie znajduje się w niebezpieczeństwie.
Podczas gdy Mulder nadal stara się ustalić przyczynę dziwacznej choroby, która dotknęła poszukiwaczy pogrążonego na morskim dnie, tajemniczego wraku samolotu, wielu przedstawicieli rządu stara się powstrzymać to śledztwo. W miarę jak Skinner dochodzi do siebie po strzelaninie, Scully odkrywa, że dyrektor wciąż znajduje się w niebezpieczeństwie, a zagraża mu ten sam człowiek, który zabił jej siostrę.
Agenci Mulder i Scully poproszeni zostają o udział w sprawie dotyczącej mężczyzny, który rzekomo jest w stanie naginać ludzi do swojej woli. Podejrzany wykorzystuje swoje tajemnicze umiejętności do zmanipulowania Muldera do wzięcia udziału w ostatecznej rozgrywce.
Ekipa amerykańskich archeologów pracujących w Ameryce Południowej odkrywa urnę zawierającą prochy szamanki Amaru, indiańskiego plemienia. Kiedy przywódca ekspedycji, dr Roosevelt, postanawia przetransportować urnę do USA, zostaje zabity przez jaguara. Wkrótce ginie też pracownik muzeum. Mulder wierzy, że są to skutki wywiezienia urny, Scully natomiast odnosi się do tego sceptycznie, dopóki sama nie zostaje zaatakowana przez wściekłe koty.
Łańcuch tajemniczych zgonów niedawno przybyłych do Ameryki emigrantów z Chin sprowadza Muldera i Scully do chińskiej dzielnicy San Francisco. Agenci łączą siły z detektywem chińskiego pochodzenia, aby lepiej zrozumieć język i kulturę tego kraju, ale jedna rzecz pozostaje przerażająco jasna – wszystkie ciała pozbawione są różnych organów wewnętrznych.
Gdy pewna para nastolatków twierdzi, że porwali ich kosmici, agenci Mulder i Scully starają się dociec prawdy, ale każda strona przedstawia inną wersję tej samej historii, w tym sami „obcy”.
W trudnym okresie w swoim życiu, dyrektor Skinner poznaje w barze prostytutkę i spędza z nią noc. Następnego ranka, kobieta jest martwa, a on zostaje posądzony o morderstwo. Agenci Mulder i Scully przyłączają się do śledztwa, aby oczyścić imię przełożonego. W miarę jak odkrywają wątki spisku, dowiadują się również więcej na temat osobistych spraw Skinnera.
W pewnym jeziorze w stanie Georgia podejrzanie zmniejsza się populacja żab. Jeden z badających to zjawisko naukowców, dr Bailey, ginie w tajemniczych okolicznościach. W okolicy chodzą słuchy o zamieszkującym jezioro potworze. Na miejsce tych wydarzeń przybywają dzielni agenci Mulder i Scully, tym razem w towarzystwie psa. Wkrótce giną kolejne osoby. Agenci wypływają łódką, by zbadać jezioro. W wodzie coś pływa...
W miarę jak agenci prowadzą dochodzenie w sprawie serii morderstw popełnionych przez zwykłych obywateli, rozzłoszczonych wskutek obejrzenia iluzorycznych obrazów w telewizji, zaufanie Scully do Muldera zostaje poddane ostatecznej próbie.
W miejscowości Arlington w stanie Virginia pewien mężczyzna w barze mówi przypadkowym gościom o swoich życiowych niepowodzeniach. Nagle, w akcie rozpaczy, zaczyna do nich strzelać. Kiedy sam zostaje postrzelony przez policję, świadek zdarzenia, Jeremiah Smith, cudownie uzdrawia postrzelonych, po czym znika niezauważony. Tymczasem "Palacz" spotyka się z matką Muldera. Wkrótce potem pani Mulder doznaje rozległego udaru. W szpitalu przekazuje Mulderowi wskazówkę, która pomaga mu odnaleźć ukryty w domu matki sztylet....
Mulder zmaga się z doprowadzeniem Jeremiaha Smitha do swojej matki, by uratować jej życie. Ścigani przez łowcę kosmitów, w drodze trafiają do wioski, gdzie mieszkają i pracują klony porwanych dzieci, w tym siostry Muldera, Samanthy.
W małym, spokojnym miasteczku, agenci prowadzą śledztwo w sprawie śmierci noworodka, który urodził się z poważnymi i niepokojącymi defektami. Ślady prowadzą do pewnej rodziny genetycznych mutantów, którzy od pokoleń płodzą dzieci wyłącznie między sobą.
W Filadelfii znikają w tajemniczych okolicznościach młodzi czarni mężczyźni. Zaginięcia te łączą się z przybyciem z afrykańskiego kraju Burkina Faso, młodego emigranta, niejakiego Samuela Aboah. Okazuje się, że jest on członkiem plemienia, które pozbawione jest przysadki mózgowej i aby przeżyć, musi żerować na hormonach innych ludzi. Agent Mulder rozwiązuje zagadkę na podstawie starej afrykańskiej baśni, ale zanim się to stanie znajdzie się w poważnym niebezpieczeństwie.
Agenci Mulder i Scully prowadzą dochodzenie w sprawie szeregu dziwacznych porwań, a jedyną wskazówką są niewytłumaczalne zdjęcia. Jednak gdy Scully staje się kolejną, zamierzoną ofiarą, Mulder musi wejść w umysł zabójcy.
W Apison, w stanie Tennessee, po otrzymaniu informacji na temat nielegalnego arsenału broni oraz o znęcaniu się nad dziećmi, FBI dokonuje nalotu na kompleks sekty o nazwie Świątynia Siedmiu Gwiazd. Nie są jednak w stanie nic znaleźć. Wkrótce potem Mulder doświadcza déjà vu, co naprowadza agentów na miejsce, w którym ukrył się przywódca sekty w towarzystwie swoich sześciu żon. Jedna z nich twierdzi, że pamięta Muldera z poprzedniego życia.
Na oddziale chirurgii plastycznej, w jednym ze szpitali leżącym na elitarnym przedmieściu Chicago, ma miejsce seria zabójstw. Giną pacjenci, zamordowani w trakcie zabiegów lekarskich. Lekarze twierdzą, że działali nieświadomie, a nawet, że byli w tym czasie opętani przez siłę nieczystą. Agenci FBI, Mulder i Scully, z narażeniem życia tropią lekarza - satanistę.
Mulder, Scully i Byers spotykają się z Frohikem, który ujawnia im szczegóły z prawdziwego życia Palacza, w tym udział w zamachu na prezydenta Kennedy’ego oraz Martina Luthera Kinga.
Dyplomatyczny kurier, wiozący zabójczą przesyłkę, wciąga Muldera i Scully w niebezpieczną sieć intryg. W paczce znajdują się fragmenty skały pochodzenia pozaziemskiego, która może zawierać niebezpieczną bakterię. Mulder w towarzystwie Kryceka wyjeżdża do Rosji, gdzie obaj trafiają do gułagu.
Scully i Skinner biorą udział we wzbudzającym podejrzenia przesłuchaniu w Senacie, podczas gdy Mulder bierze Kryceka, jak się okazuje podwójnego agenta, jako zakładnika i ucieka z rosyjskiego gułagu. Tymczasem KGB wysyła do Stanów swojego emerytowanego agenta, by zabił wszystkich, którzy mieli kontakt ze skałą.
Muldera prześladuje stara sprawa dotycząca młodych dziewcząt, którym po dokonaniu zabójstwa wycinano serca w ich nocnych koszulach. Wkrótce agent nabiera podejrzeń, gdy odsiadujący dożywocie morderca zaczyna z nim pogrywać twierdząc, że jedną z jego ofiar była Samantha.