Zabójczy deszcz w jednym z kalifornijskich obozów, w którym mieszkają nielegalni pracownicy z Meksyku, sprowadza Muldera i Scully na trop mitycznej bestii – Chupacabry. Imigranci twierdzą, że stworem odpowiedzialnym za śmierć młodej kobiety jest jeden z nich, a Scully dowiaduje się, że mężczyzna jest nosicielem zabójczego grzyba. Ale skąd on pochodzi?
Pracownik karetki pogotowia, świetnie znający się na medycynie, "zabiera" komórki nowotworowe ludziom chorym na raka, aby sam mógł przeżyć. Leonard Betts, sanitariusz posiada niespotykaną zdolność diagnozowania chorób. Po jego tragicznej śmierci w wypadku samochodowym, jego ciało znika z kostnicy. Agenci FBI zjawiają się w Pittsburgu, by poprowadzić śledztwo w sprawie kradzieży zwłok.
Scully przyjmuje zaproszenie na randkę, nieświadoma faktu, iż mężczyzna popełnił wcześniej morderstwo, zmotywowany głosem w swojej głowie, który, jak twierdzi, pochodzi z jego tatuażu.
Agentka Scully jest chora na raka. Jest to wyjątkowo trudny w leczeniu nowotwór, który umiejscowiony jest w pobliżu mózgu. Mudler przekonuje ją, że jest to wynik eksperymentów przeprowadzanych na niej podczas jej uprowadzenia przez domniemane UFO. Scully początkowo jest temu przeciwna i chce poddać się tradycyjnemu leczeniu, wkrótce jednak Mudler ujawnia niezaprzeczalne dowody i Scully daje się przekonać, że jedyną szansą na wyleczenie jest odkrycie prawdy.
Jeden z trzech nastoletnich sprawców, którzy pobili i zastrzelili żydowskiego właściciela sklepu, zostaje później znaleziony martwy – z odciskami palców zmarłej ofiary napadu na ciele, zmuszając Muldera i Scully do ustalenia, czy w grę wchodzi zemsta czy jakaś siła nadprzyrodzona.
Tajemniczy zamach na wysoko postawionego wojskowego sprawia, że Mulder i Scully ścigają się z czasem, by ująć sprawcę, posiadającego niezwykłą zdolność ukrywania się przed ludzkim wzrokiem. Zamachowcem okazuje się weteran z Wietnamu, uznany za poległego były żołnierz Zielonych Beretów, który teraz mści się za pozostawienie go na pewną śmierć w jenieckim obozie.
W trakcie świętowania urodzin Scully, Mulder dowiaduje się o śmierci Maxa Feninga w katastrofie samolotu. Agenci wkrótce odkrywają, że okoliczności związane z wypadkiem mogą mieć coś wspólnego z UFO.
Mulder i Scully nadal prowadzą śledztwo w sprawie rzekomego zestrzelenia lotu 549 przez UFO. Napotykają na zaciekły opór ze strony wojska, które zaciera wszystkie ślady incydentu. Tymczasem Mulderowi udaje się spojrzeć na zawartość tajemniczego i poszukiwanego plecaka Maxa.
Mulder i Scully prowadzą śledztwo w sprawie morderstwa, przy czym główny podejrzany przedstawia niesamowite alibi – śmierć została przepowiedziana, przez starszego człowieka, zdolnego przewidzieć, co się wydarzy w przyszłości.
W małym miasteczku rodzą się dzieci z ogonami. Mulder i Scully przyjeżdżają na miejsce, gdzie mają do czynienia z podejrzanym, który okazuje się prawie niemożliwy do rozpoznania.
Agent Mulder rozpoczyna dochodzenie w sprawie dziwnej śmierci, która, jak udaje się mu ustalić, powiązana jest z dyrektorem Skinnerem. Tymczasem Skinner podpisuje swój własny pakt z diabłem, desperacko starając się uratować Scully przed rakiem, który zaczął się przerzucać na resztę ciała.
Mulder i Scully podążają śladem serii morderstw, które prowadzą do pewnego zakładu dla chorych psychicznie, kierując się pozornie nie mającą sensu wskazówką – każda ofiara rzekomo została ostrzeżona przez kogoś zmarłego. Podczas gdy Mulder dokonuje zaskakujących odkryć, Scully zostaje przypomniana jej własna śmiertelność.
Mulder budzi się w motelowym pokoju z krwią na rękach, nie pamiętając niczego z dwóch ostatnich dni, po czym zaczynają go prześladować wizje z przeszłości jego rodziny. Wkrótce staje się głównym podejrzanym w sprawie o brutalne, podwójne morderstwo.
Mulder i Scully starają się dociec prawdy po tym, jak w północnej Kanadzie pewien antropolog odkrywa coś, co może być zamarzniętymi szczątkami życia pozaziemskiego.
Mulder dociera do tajnego obiektu badawczego, w którym może znajdować się lek na chorobę Scully. Tymczasem ona przeprowadza eksperyment w nadziei na ustalenie pochodzenia wirusa.
Wskutek zapaści Scully trafia do szpitala, a Mulder wciąż prowadzi poszukiwania leku na jej chorobę, jak również stara się ustalić tożsamość kreta, działającego w szeregach FBI. Nieoczekiwanie otrzymuje pomoc z najmniej spodziewanego źródła.
Jadąc z dwoma innymi agentami na seminarium integracyjne, odbywające się na Florydzie, Scully i Mulder natrafiają na sprawę zaginięcia mężczyzn na zalesionym terenie. W pobliskim miasteczku rozchodzą się plotki o istnieniu leśnych potworów, zatem agenci postanawiają sprawdzić, na ile są one prawdziwe.
Agenci jadą do małego miasteczka w Indianie po tym, jak Mulder otrzymuje list z prośbą o pomoc w rozwiązaniu pewnej tajemnicy. Tutejsi mieszkańcy wierzą, że w okolicy grasuje przypominający Frankensteina potwór. Scully oczywiście uważa to za nonsens, ale wkrótce zmienia zdanie, gdy na własne oczy widzi postać, która wydaje się być straszliwie zdeformowanym mężczyzną.
Tajemniczy telefon oraz rzekome samobójstwo naprowadzają Scully na trop dziewczynki, która może być córką jej siostry, Melissy. Dalsze śledztwo wykazuje, że dziecko zostało adoptowane, a jego przybrana matka zamordowana. Zlecone przez Scully badania DNA dają interesujące rezultaty.
Wyniki badań DNA wskazują na to, że Scully jest faktycznie matką Emily. Mulder uważa, że sprawa ma związek z wcześniejszym porwaniem jego partnerki. Tymczasem dziewczynka zapada na ciężką chorobę. Poszukując informacji na temat jej dolegliwości, Mulder trafia na ślad łowców kosmitów oraz odnajduje miejsce narodzin Emily, dokonując przy tym szokującego odkrycia.