Mulder i Scully prowadzą poszukiwania Roberta Modella, znanego jako Nagabywacz po tym, jak ten ucieka z więzienia. Dana i dyrektor Skinner obawiają się, że Modell będzie chciał się zemścić na Mulderze. Jednakże w miarę jak rośnie ilość ofiar, okazuje się, że mordercą wcale nie musi być Nagabywacz, który ma w głowie całkiem inny cel.
Scully i Mulder prowadzą dochodzenie w sprawie śmierci mężczyzny, który prawdopodobnie został pogrzebany żywcem. Głównym podejrzanym staje się pasierb ofiary, nastolatek z problemami natury psychologicznej. Gdy po kłótni z córką ginie drugi rodzic, agenci FBI zaczynają wierzyć, że w grę wchodzi coś bardziej złowieszczego. Okazuje się również, że dzieci były molestowane.
Scully wyjeżdża na weekend do miasteczka Ammab Beach w Nowej Anglii. W tamtejszym sklepie spożywczym wpada na grupę ludzi usiłujących wydłubać sobie oczy, nie mając pojęcia dlaczego to robią. Jedyną osobą, której nic się nie dzieje jest Melissa Turner, uważana w okolicy za czarownicę. Scully skupia swoje śledztwo na córce kobiety, a w szczególności na jej lalce.
Śledztwo Muldera i Scully w sprawie masowej strzelaniny w kawiarni dowodzi, że celem nie byli zabici handlarze narkotyków, ale Donald Geldman, zaginiony przed laty geniusz komputerowy. Jego laptop naprowadza agentów na hakerkę, a ta opowiada im o szeroko zakrojonym, rządowym spisku związanym ze sztuczną inteligencją, która zapewnia wgląd do wszystkiego i pozwala na likwidowanie przeciwników.
Po tym, jak Mulder wbija pal w serce niedoszłego wampira, on i Scully starają się sobie przypomnieć, co się faktycznie wydarzyło zanim spotkają się z dyrektorem Skinnerem. Jednakże ich wersje przebiegu śledztwa w Teksasie, które dotyczyło śmierci wskutek wykrwawienia się, znacząco się od siebie różnią.
Ofiary porwań przez obcych zaczynają być masowo zabijane, co wprowadza zamieszanie w szeregach grupy odpowiedzialnej za spisek dotyczący zatajenia obecności kosmitów na Ziemi. Pojawia się dodatkowy problem, gdy Krycek wraca z Rosji do Stanów. Tymczasem Mulder i Scully mają odmienne zdania odnośnie zaistniałych zdarzeń. Pozbawiony złudzeń Mulder uważa, że obcy nie istnieją, a cały spisek miał na celu ukrycie rządowych eksperymentów. Natomiast Scully wierzy, że kosmici są prawdziwi i postanawia odwiedzić Cassandrę Spender, która podobnie jak ona została porwana i ma wszczepiony implant.
Scully udaje się przeżyć masowe zabójstwo, ale nic nie pamięta. Poddaje się zatem regresji hipnotycznej i przypomina sobie, co się wydarzyło, w tym fakt, iż Cassandra Spender została ponownie porwana. Tymczasem spiskowcy zdają sobie sprawę, że doszło do wojny pomiędzy obcymi. Człowiek o wypielęgnowanych dłoniach ujawnia również, że dzięki Krycekowi mają teraz szczepionkę na czarnego raka, ale jej skuteczność wkrótce zostaje podważona.
Ostatnim słowem wypowiedzianym przez umierającego w 1990 roku mężczyznę jest „Mulder”. Fox uważa, że może to dotyczyć jego ojca. Śledztwo wykazuje, że człowiek ten zmarł w 1952 roku, ale informacje od emerytowanego agenta FBI potwierdzają, że rzekomy nieboszczyk widziany był żywy po swojej śmierci.
Mulder i Scully wspierają lokalną policję w sprawie o morderstwo, rzekomo popełnione przez niewidomą od urodzenia kobietę. Mulder uważa, że podejrzana nie była w stanie dopuścić się zbrodni, chociaż dużo wie na temat miejsca zdarzenia i jest w stanie je szczegółowo opisać. Podejrzewa natomiast, że kobieta potrafi „widzieć” całkiem inaczej niż normalny człowiek.
Po tym, jak na ulicy zostaje znalezione martwe ciało młodej kobiety, ksiądz z lokalnej parafii prosi Scully o pomoc, jako że rodzice ofiary należą do tego samego kościoła. Nikt nie ma pojęcia, jak dziewczyna znalazła się poza domem, ponieważ była niepełnosprawna i nie mogła się samodzielnie poruszać. W miarę rozwoju śledztwa, Scully będzie musiała zmierzyć się ze złem i pogodzić ze stratą własnej córki.
Scully martwi się o Muldera po tym, jak podczas tajnej operacji ten pozwala uciec podejrzanemu, Jacobowi Haleyowi, który jest członkiem prawicowej, antyrządowej milicji. Po ucieczce Haleya, znalezione zostają kolejne ofiary morderstwa z wyżartą większością ciała. Zaniepokojony faktem, iż członkowie milicji mogą być w posiadaniu broni biologicznej, Skinner dopuszcza Scully do tajemnicy i mówi jej, co jest naprawdę grane.
Mulder i Scully zostają wysłani do Chicago po tym, jak firma telemarketingowa otrzymuje serię anonimowych pogróżek. Jeden z jej pracowników, Gary Lambert, twierdzi, że ich szef jest dosłownie potworem, chociaż nikt inny tego nie widzi, po czym przetrzymuje wszystkich obecnych w biurze, łącznie z Mulderem, jako zakładników. Wkrótce jednak okazuje się, że uważany za wariata Lambert, może mówić prawdę.
Podczas turnieju szachowego dochodzi do zamachu. Okazuje się, iż celem był chłopiec o nadprzyrodzonych zdolnościach, który może być kluczem do rozwiązania spraw z Archiwum X. Tymczasem ktoś z przeszłości agenta Muldera powoduje tarcia w jego relacjach z agentką Scully.
Komisja rewizyjna prowadzi dochodzenie w sprawie twierdzeń Muldera odnośnie istnienia obcych i rządowego spisku. Tymczasem Mulder i Scully prowadzą pościg za zabójczą istotą pochodzenia pozaziemskiego.
Zakrzywienie w czasoprzestrzeni na obszarze Trójkąta Bermudzkiego sprawia, że Mulder trafia na pokład luksusowego liniowca w 1939 roku, na którym znajdują się morderczy naziści… i kilka znajomych twarzy. Wkrótce okazuje się, że los świata spoczywa w jego rękach.
Po tym, jak jej partner zaczyna się dziwnie zachowywać i okazuje się, że oznacza to coś więcej niż się wydaje, Scully zaczyna szukać sposobu na odwrócenie procesu, który spowodował, że Mulder i Morris Fletcher zamienili się tożsamościami.
W wigilię świąt Bożego Narodzenia, Mulder i Scully obserwują dom, rzekomo nawiedzany przez duchy dwojga kochanków, którzy pozabijali się nawzajem 81 lat temu. Wewnątrz obiektu agenci znajdują dwie zjawy, chętne dać im wgląd w ich relacje i osobowości.