Da Vinci widzi i przewiduje rzeczy, których inni nie dostrzegają. Jednak jego prawdziwym powołaniem jest odkrycie tajemnic wszechświata. Młody geniusz poszukuje Księgi Liści, mistycznego kompendium tajnej, zakazanej wiedzy, która według legendy opisuje sekrety naszego istnienia. Aby posiąść tę wiedzę i wyzwolić ludzkość, Leonardo będzie w stanie zaryzykować wszystko, co ma i stawić czoło potędze Watykanu.
Pasja, ambicja i niebezpieczeństwo to dopiero początek tej historii. W swoich poszukiwaniach prawdy Leonardo trafi do rzekomo nawiedzonego miasta, stanie oko w oko ze środkowoeuropejskim władcą i szaleńcem – Władem Drakulą i włamie się do Tajnego Archiwum Watykańskiego. Żeby bronić Florencji, stworzy broń masowego rażenia. Będzie jednak zmuszony ponieść konsekwencje swoich czynów. Za chaos, który wywoła dla dobra ludzkości, przyjdzie mu zapłacić wysoką cenę.
Atak Pazzich pozostawia losy Florencji w rękach Leonarda (Tom Riley), podczas gdy Riario (Blake Ritson) kuje żelazo póki gorące w swoich poszukiwaniach, których celem jest zdobycie Księgi Liści.
Leonardo korzysta ze swoich sztuczek, w celu przywrócenia ładu we Florencji, podczas gdy papież Sykstus (James Faulkner) werbuje potężnych sojuszników, a Nico (Eros Vlahos) stara się nie ulec pokusom Riaria.
Leonardo nadal poszukuje Księgi Liści. Papież Sykstus agresywnie rozprawia się z Florencją, co skłania Lorenza do poświęceń. Lukrecja podejmuje się misji w Rzymie, mającej na celu stworzenie sojuszu.
Leonardo usiłuje nawigować po Atlantyku bez korzystania z map. Lukrecja (Laura Haddock) zostaje ukradkiem wprowadzona do Watykanu na ważne spotkanie, a Wawrzyniec (Elliot Cowan) rozpoznany w drodze do Neapolu.
Leonardo (Tom Riley), Riario (Blake Ritson) i Nico Eros Vlahos) spotykają się ponownie w Nowym Świecie. Usiłującemu ratować Florencję Wawrzyńcowi udziela pomocy dawna kochanka. Natomiast pozycja Klarysy (Lara Pulver) w banku Medyceuszy jest zagrożona.
Leonardo i Riario zostają poddani próbie przed wejściem do Sfery Niebieskiej. Wawrzyniec bierze udział w krwawych zawodach króla Ferdynanda, a Lukrecja spotyka Turka w drodze do Konstantynopola.
Poszukiwania Księgi Liści przez Leonarda (Tom Riley) i jego sojuszników przyjmują śmiertelny obrót. Karol (Ray Fearon) przychodzi Klarysie (Lara Pulver) z pomocą, a na Wschodzie, syn sułtana zaintrygowany jest Lukrecją (Laura Haddock).
Podczas gdy Leonardo i Riario przygotowują się na śmierć, Zoroaster i Nico planują ich ucieczkę. Tymczasem Wawrzyniec usiłuje spotkać się z królem Neapolu, a Bajazyd (Akin Gazi) odwiedza Rzym.
Podczas gdy Wawrzyniec negocjuje z królem Ferdynandem, Leonardo powraca do Florencji i odkrywa, że książę Fryderyk sprawuje tu rządy twardej ręki. W Rzymie, Riario szuka odkupienia za swoje grzechy.
Ottomański atak na Włochy wydaje się prawdopodobny. Tymczasem Riario (Blake Ritson) ponownie staje w obliczu niebezpieczeństwa, a los Vanessy (Hera Hilmar) spoczywa w rękach Nico (Eros Vlahos).