Brubeck dowiaduje się o nowym rodzaju niezwykle niebezpiecznej broni, która może uszkodzić system zasilania w energię elektryczną na całym świecie. Wysyła Holliday i Davisa, aby pomogli Monkowi wytropić ludzi, którzy za tym stoją. Tymczasem Prima, dawna ukochana Monka, a teraz tajny współpracownik obcego wywiadu, chce zdradzić swoją organizację. Zwraca się po pomoc do Monka. Na początku agent jest podejrzliwy, ale kiedy wraz z Primą cudem wychodzi cało z zamachu na ich życie, zdaje sobie sprawę, jak bardzo Trinity obawia się wycieku informacji. Vargas, przywódca organizacji, grozi, że użyje swojej nowej broni, jeśli Prima natychmiast do niego nie wróci. Brubeck decyduje się poświęcić kobietę w imię dobra ogółu. Jednak Monkowi i Primie udaje się uciec. W odwecie Vargas odcina od prądu cały Manhattan. Szefowie Brubecka’a chcą poświęcić życie Monka, jeśli to będzie konieczne. Jednak Holiday przekonuje Davisa, że życie ich kolegi jest ważniejsze niż wykonanie rozkazu.

Monk i Holiday tropią złodziei zabójczego wirusa ospy. Wkrótce tożsamość rabusiów zostaje ustalona. To Arno i Oslo Keinbacher. Teraz najważniejsze wydaje się ustalenie, kto jest zleceniodawcą tej kradzieży. Pod uwagę brane są dwie osoby; dr Julius Marigold, naukowiec i jego była asystentka, dr Serena Talbot. Dr Marigold był bliski odkrycia szczepionki przeciwko temu rodzajowi wirusa. Monk zajmuje się rozpracowaniem dr Sereny Talbot, natomiast Holiday zostaje wysłana do szkoły, do której uczęszcza Jessica, córka dr Marigolda. Tymczasem Serena zostaje porwana przez braci Keinbacher. Jest to jednak tylko mistyfikacja. Monk obserwuje w laboratorium jak Serena i Arno zabijają Oslo Keinbachera. Agent próbuje zastawić pułapkę na przebiegłą kobietę. Przekonuje ją, że dr Marigoldowi udało się opracować szczepionkę przeciwko skradzionemu wirusowi. Serena porywa Jessicę i grozi, że zabije ją , jeśli nie otrzyma szczepionki.

Aby zabezpieczyć dane na temat nowego, super tajnego rodzaju broni o nazwie Shiva, jego wynalazca dr Wendell Livingston, zostaje poddany praniu mózgu i od nowa zaprogramowany jako zawodowy zapaśnik Buff Bobby Barnett. Organizacja Trinity chce wykraść sekrety nowej broni. Monk i jego współpracownicy mają za zadanie ochronę dr Livingstona. Brubeck otrzymuje informację, że agent Stanów Zjednoczonych, Jean Henri LeCoq, przeszedł na stronę wrogiej organizacji i otrzymał zadanie zdobycia informacji na temat Shiva’y. Aby dowiedzieć się, jak dużo LeCoq wie już o nowej broni, Monk i Holiday zakradają się do jego biura. Tymczasem agentowi Trinity udaje się porwać dr Livingstona, a LeCoq poddaje jego mózg działaniu prądu pod wysokim napięciem, aby naukowiec odzyskał pamięć. Davis otrzymuje zadanie - uwolnić dr Livingstona lub zabić go.

Z niewyjaśnionych przyczyn zabłąkany pocisk niszczy własne centrum dowodzenia w pobliżu Iraku. Davis podejrzewa, że stoi za tym wirus komputerowy rozprzestrzeniający się w wojskowej sieci informatycznej. Prawdopodobnie jest to sprawka przestępczej organizacji o nazwie Trinity. Brubeck za wszelką cenę chce odnaleźć siedzibę jej szefa –Vargasa. Ślady prowadzą Monka i Holiday do Minneapolis, jednak gdy agenci przybywają na miejsce, Vargasa już tam nie ma. Brubeck postanawia poprosić o pomoc emerytowanego agenta o pseudonimie Armstrong, który jest ojcem Monka. Podążając tropem kolejnej awarii spowodowanej przez śmiercionośny wirus, Armstrong jedzie do Kopenhagi. W tym mieście znajduje się sklep zaopatrujący Vargasa w ekskluzywne kubańskie cygara. Kolejna katastrofa spowodowana przez wirus zagraża życiu samego prezydenta Stanów Zjednoczonych. Zdesperowany Brubeck prosi Vargasa o wyznaczenie okupu.

Brubeck wysyła Monka, Holiday i Davisa do Paryża, aby sprawdzili, dlaczego w stolicy Francji w ostatnim czasie zostali zamordowani najlepsi agenci. Holiday otrzymuje zadanie ochrony szefa miejscowego biura, a Monk musi odnaleźć zabójcę o pseudonimie Lacey. Jest to piękna kobieta, która pracuje jako znana modelka. Monk zaczyna od przesłuchania Arielli, kobiety z agencji modelingu, która zatrudnia Lacey. Testy DNA próbek pobranych z ubrań, które nosiła morderczyni, wykazują, że Lacey jest genetycznie ulepszonym superczłowiekiem obdarzonym wyjątkową siłą. Tymczasem Holiday nie udaje się uchronić powierzonego jej opiece szefa przed zabójstwem. Okazuje się, że człowiekiem, który zajmuje się inżynierią genetyczną i programowaniem super zabójców jest nieuchwytny Salvador Pagnol. Monk nie potrafi się oprzeć wdziękom pięknej Arielli. Umawia się z nią w pokoju hotelowym. Kobieta nie jest świadoma, że ona również została zaprogramowana przez Pagnola. Kiedy Arielli nie udaje się zlikwidować agenta, Pagnol aktywuje mechanizm samounicestwienia, aby pozbyć się nieprzydatnej podopiecznej. Holiday i Monk zdają sobie sprawę, że są następnymi ofiarami na liście szalonego zabójcy. Próbują zwabić przeciwnika do podziemnego laboratorium, w którym Pagnol opracowuje swoje wynalazki.

Kandydat na prezydenta, Lawrence Murphy, zostaje zamordowany na kilka dni przed wyborami. Brubeck uważa, że za zabójstwem stoi super tajne stowarzyszenie Starszych - elitarna grupa do podejmowania ważnych decyzji w państwie, która od dwustu lat wywiera wpływ na wybór najważniejszej osoby w Stanach Zjednoczonych. Brubeck przydziela Holiday do ochrony kandydata na wice prezydenta, Franka Pierce’a, który również jest w niebezpieczeństwie. Monk zastanawia się, jak poznać jedną z członkiń tajnego stowarzyszenia, Trish Fiord. Tymczasem Holiday odkrywa, że Pierce jest byłym sowieckim szpiegiem. Agenci starają się uniemożliwić wybór zdrajcy na prezydenta.

Monk i Holiday zajmują się sprawą kradzieży cennego meteorytu. Wszelkie ślady prowadzą do sekty, która wierzy, że życie miało swój początek na Marsie. Agenci udając małżeństwo zafascynowane tą teorią zostają zaproszeni na przyjęcie organizowane w posiadłości przywódcy sekty, dawnego naukowca pracującego dla NASA - Marshalla Gildera. W trakcie imprezy Monk poznaje asystentkę Gildera, Talę Krone. Okazuje się, że jest to agentka FBI, pracująca pod przykrywką, od pięciu lat zajmująca się sprawą sekty. Tymczasem meteoryt jest zasiedlony przez groźnego mikroba, który jest w stanie zainfekować całą planetę w ciągu zaledwie kilku tygodni.

W wodach przybrzeżnych Stanów Zjednoczonych czai się bezzałogowa radziecka łódź podwodna, która może przypuścić atak rakietowy na Nowy Jork. Rosyjska agentka Lara Tupolew odkrywa, że zapomniana jednostka została aktywowana i zagraża bezpieczeństwu całego świata. Aby dowiedzieć się, kto przejął kontrolę nad niebezpieczną bronią, Lara w towarzystwie Monka i Holiday spotyka się z naukowcem dr Siergiejem Jurowem. Następnym krokiem jest poszukiwanie śladów w tajnych archiwach Rosyjskiej Marynarki wojennej. Tymczasem uśpiony sowiecki agent, Gregor Boiduk, dostaje zlecenie dopilnowania przeprowadzenie udanego ataku na Nowy Jork.

Monk wykrada tajne plany obrony chińskiej armii. Dowództwo wynajmuje Cerbera - "zabójcę bez twarzy", aby odzyskał cenne dokumenty i zabił amerykańskiego szpiega. W drodze powrotnej do kwatery głównej Agencji, Monk cudem unika śmierci w zamachu. Pomaga mu miejscowy łobuziak o imieniu Lettie. Dziewczynka proponuje, że pomoże mężczyźnie przedostać się przez pełne niebezpieczeństw ulice Hong Kongu, jednak agent nie korzysta z jej usług. Tymczasem Brubeck wysyła do Hong Kongu Holiday i Davisa, aby spotkali się ze specjalistą od zarządzania zasobami, Lingiem. Monk po raz drugi wpada w pułapkę zastawiona przez Cerbera i po raz drugi z opresji ratuje go Lettie.

Holiday opiniuje podanie o powołanie Monique Bujold na stanowisko szefa regionalnego biura agencji w Paryżu. W tym czasie inni agenci zajęci są ściganiem zabójcy handlarza bronią, który był ściśle powiązany z organizacją Trinity. Istnieje podejrzenie, że diler został okradziony. Łupem złodzieja padła rosyjska bomba nuklearna. Holiday i Monk lecą do Paryża, aby odwiedzić pewną galerię sztuki, która jest według nich przykrywką dla przestępczej działalności Trinity. Wpadają w pułapkę zastawioną przez agentkę o pseudonimie Mirage. Kobieta w przebraniu Holiday porywa super nowoczesny samolot, którym Brubeck miał wrócić do domu, aby przetransportować w nim bombę do Stanów Zjednoczonych.

W tajemniczych okolicznościach znika dziesięcioletni chłopiec narodowości rumuńskiej, który posiada ponadprzeciętne zdolności wykorzystywania energii telekinetycznej. Istnieje podejrzenie, że dziecko potrafi kontrolować siłą woli działanie wojskowych satelitów. Brubeck uważa, że chłopiec został porwany przez agenta, który prawdopodobnie przeszedł na stronę obcego wywiadu. Rozpoczynają się poszukiwania. Monk nie chce uwierzyć, że w sprawę może być zamieszana Prima, jego dawna miłość. Kiedy jednak cudem uchodzi z zamachu na swoje życie, zmienia zdanie. Monk i jego ekipa szybko ustalają, że Prima przebywa w Szwajcarii i starają się dowiedzieć, czy to ona przetrzymuje chłopca. Kobieta jednak wymyka się z rąk agentom zastawiając pułapkę, z której Monk cudem wychodzi bez szwanku. W końcu udaje mu się odnaleźć Henry’ego w Chinach, gdzie chłopak oddaje się swojemu hobby - samolotom. Monk zyskuje jego zaufanie i namawia na powrót do Stanów, gdzie opiekę nad nim mają sprawować tajni agenci. W czasie podróży powrotnej zatrzymują się w parku rozrywki, gdzie zasadzkę zastawiła Prima. Agenci rozpoczynają pościg za porywaczką i jej ofiarą. Kiedy są już blisko ujęcia kobiety, Prima nakazuje chłopcu zmianę parametrów jednego z satelitów wojskowych, co wywołuje panikę w Chinach i może doprowadzić do odpalenia rakiet z bombami nuklearnymi w kierunku Stanów Zjednoczonych.

Prima chce ukraść tajne bazy danych z Agencji. Wysyła w tym celu swojego szpiega, wyjątkowo przebiegłą i nieuchwytną Wydrę. Kobieta przedostaje się do siedziby Agencji. Tego dnia Brubeck bierze urlop i swoje obowiązki przekazuje Holiday. Jej pierwszy dzień na najwyższym stanowisku jest wyjątkowo nerwowy. Prima uszkadza system informatyczny, aby Wydra mogła bez przeszkód poruszać się po budynku. Holiday wysyła na poszukiwanie intruza Monka i Davisa. Wydrze udaje się skopiować bazy danych i uciec na zewnątrz. Agenci ruszają w pościg.