Bohaterami są dwaj bracia Edward i Alphonse Elric, którzy wraz ze swoją matką żyją w małej wsi Resembool. Są oni początkującymi alchemikami. Pewnego dnia ich matka zapada na tajemniczą chorobę i wkrótce potem umiera zostawiając chłopców zupełnie samych. Obaj bracia nie mogąc się z tym pogodzić chcą ją ożywić za pomocą alchemii wiedząc, iż jest to zabronione. Transmutacja kończy się dla obu tragicznie. Brama którą otworzyli wciąga do siebie Ala i zabiera lewą nogę Eda. Ten chcąc ratować swego brata poświęca swoją prawą rękę zatrzymując duszę Ala w zbroi. Niedługo potem razem wyruszają w długą podróż by znaleźć sposób na odzyskanie własnych ciał.