Niezwykle rzadki i tajemniczy pokemon Deoxys, przybywa na ziemię z kosmosu. Zostaje zaatakowany przez równie rzadkiego pokemona, który także nie zamieszkuje Ziemi - Rayquaze. Zamienia on Deoxysa w kryształ po czym owy kryształ wpada do morza, oddzielając Deoxysa od klejnotu, który pokemon miał ze sobą. Ów klejnot odnajdują naukowcy, którzy zabierają go by wykorzystać w swoich badaniach. 4 lata później Deoxys uwalnia się - i jego jedynym celem jest odnalezienie cennego klejnotu. Na jego drodze staje Rayquaza, a do walki staje niczego nie świadomy młody trener Ash.