Wyrzucone do nowojorskich kanałów cztery żółwie stykają się z tajemnicza substancją Ooze. W efekcie wszystkie cztery zaczynają mutować i stają się niemal jak ludzie. Pod czujnym okiem Sprintera, zmutowanego szczura i mistrza karate, żółwie rozpoczynają treningi sztuk walki. Kilka lat później do miasta przybywa Shredder, dawny wróg ich mistrza, który wraz ze swoimi ludźmi planuje zawładnąć światem. Teraz tylko od czterech żółwi zależy czy mu się to uda.