Dziwne rzeczy zaczynają zdarzać się w New York City i Żółwie są potrzebne miastu bardziej niż kiedykolwiek. Jednak Rafaello, Donatello i Michelangelo są lekko zagubieni i błąkają się bezcelowo po świecie. Podczas gdy miastu grozi niebiezpieczeństwo, Leonardo i Mistrz Splinter muszą przywrócić drużynie jedność i dyscyplinę.