W Akademii Skylanders najdzielniejsi młodzi wojownicy przybyli z odległych królestw Skylands — Spyro, Eruptor, Stealth Elf, Jet-Vac i Pop Fizz — są szkoleni do obrony wszechświata przed złoczyńcami.
Wszyscy kadeci mają spotkać się na zakończeniu roku. Jednak Spyro, zanim dołączy do grona Skylanderów, będzie musiał uporać się ze swoim wybujałym ego.
Młodzi Skylanderzy mają za zadanie spędzić dzień w charakterze strażników w więzieniu Cloudcracker. Więźniowie widzą w tym doskonałą okazję do ucieczki.
Eruptor bierze udział w szkoleniu opanowywania gniewu. Wkrótce jednak okazuje się, że jego wybuchowy charakter czasem przynosi więcej pożytku niż szkody.
Skylanderzy dowiadują się, że Pop Fizz grał kiedyś w zespole z Wolfgangiem, który wkrótce zamierza zamienić publiczność festiwalu muzycznego w armię dronów.
Wynalazek pod nazwą „zło-skop” pomaga Skylanderom powstrzymać złe uczynki, zanim te się wydarzą. Co jednak stanie się z nagromadzoną w ten sposób złą energią?
W niewyjaśniony sposób w świecie Skylanderów pojawia się Crash Bandicoot. Młodzi kadeci chcą odesłać go do domu, dlatego muszą odnaleźć pewien mroczny relikt.
Rektor Eon zapada na ciężką chorobę, Skylanderzy muszą więc odnaleźć źródło energii, które go uleczy. Tymczasem Jeźdźcy Zagłady przypuszczają atak na akademię.