Akcja kolejnej części rozpoczyna się tuż po wydarzeniach z ostatniego odcinka „Młodego papieża”, kiedy Lenny Belardo (Jude Law), znany światu jako papież Pius XIII, zapada w śpiączkę. Po niespodziewanym i tajemniczym zwrocie akcji sekretarzowi stanu Voiello (Silvio Orlando) udaje się osadzić na Piotrowym Tronie Sir Johna Brannoxa (John Malkovich) – uroczego i wyrafinowanego angielskiego arystokratę, który przyjmuje imię Jana Pawła III. Nowy papież wydaje się idealnym wyborem, ale skrywa tajemnice i ma pewną słabość. Voiello szybko uświadamia sobie, że zastąpienie charyzmatycznego Piusa XIII nie będzie łatwym zadaniem. Zawieszony między życiem i śmiercią Lenny Belardo staje się świętym – obiektem kultu tysięcy ludzi, co potęguje rozłam między różnymi odłamami fundamentalizmu. W tym samym czasie Kościół boryka się z atakami ze strony zewnętrznych oponentów oraz skandalami, które dotykają najważniejszych symboli chrześcijaństwa i mogą bezpowrotnie podważyć istniejącą od stuleci hierarchię. Tradycyjnie nic w Watykanie nie jest takie, na jakie wygląda. Dobro i zło jednoczą się, by na nowo napisać historię, ale zanim dojdzie do ostatecznego rozstrzygnięcia, sprawy muszą potoczyć się własnym torem.