Początek XVI wieku. Leonardo da Vinci zostaje oskarżony o zamordowanie swojej muzy, Caterine da Cremony. Podczas przesłuchania snuje opowieść, w której ujawnia historie stojące za swoimi kolejnymi dziełami.
W 1506 roku w Mediolanie Leonardo da Vinci zostaje aresztowany za otrucie Cateriny da Cremona. Po zapewnieniach o swojej niewinności, Leonardo wraca pamięcią do czasów, gdy po raz pierwszy spotkał modelkę Caterinę.
Gdy sukcesy Leonarda zostają docenione, a jego reputacja rośnie, ryzykowna decyzja może zniszczyć wszystko, na co pracował. Po zdobyciu nieoczekiwanego sojusznika, Leonardo otrzymuje wsparcie w postaci nowych zleceń.
Kiedy Ludwik prosi Leonarda o stworzenie rzeźby na cześć jego ojca, ambicje artysty nabierają rozmachu. Leonardo stara się przekroczyć pokładane w nim oczekiwania.
Po śmierci żony Ludwika, Leonardo otrzymuje nowe zlecenie, ale zmaga się z wewnętrznym niepokojem. Po wysłuchaniu kilku mądrych słów, Leonardo szuka pomocy u swoich najbliższych towarzyszy.
Po powrocie do Florencji, pozbawiony inspiracji Leonardo otrzymuje nowe możliwości, ale nie ma ochoty ich wykorzystywać. Do czasu, gdy zostaje poproszony o namalowanie portretu Lisy del Giocondo.
Leonardo wytrwale pracuje, ale jest sfrustrowany rosnącym sukcesem młodszego artysty, Michała Anioła. Odkładając na bok swoje uczucia, Leonardo zostaje przekonany do przyjęcia nowego zlecenia.
Stefano spieszy się, by uratować Leonardo i w końcu odkrywa prawdę kryjącą się za jego największym sekretem. Wkrótce zwraca się o pomoc w nieoczekiwane miejsce.