Minęły dwa lata od dewastującego ataku Godzilli na Japonię. Wydawało się wtedy, że ludzie wyszli zwycięsko z tej bitwy. Pomimo ciężko odniesionych obrażeń potwór regenerował się jednak powoli z resztek swojego ciała i wraca do życia. Obserwujemy kontynuację historii rodziny Shikishima, która staje w obliczu zupełnie nowego zagrożenia. Sytuacja staje się napięta, kiedy Godzilla mutuje pod wpływem nuklearnych ataków ze strony USA i staje się jeszcze bardziej potężniejsza niż kiedykolwiek wcześniej.